1、简介

RepeatMasker是一款基于Library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N)。提供有在线服务。RepeatMasker在进行序列比对时可以选用常见的几种算法,包括nhmmer、cross_match、ABBlast/WUBlast、RMBlast 、Decypher(可以安装多个比对引擎,但每次只能使用其中一个)。
Repbase是由美国遗传信息研究所(GIRI)创建并维护,收录了转座子和其他重复序列及其注释信息。

2、本地安装

本地安装RepeatMasker,除了需要RepeatMasker主程序外,还需要TRF(Tandem Repeats Finder)、序列搜索引擎(以RMBlast为例)以及Repbase数据库。
 

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