1、简介

RepeatMasker是一款基于Library-based，通过相似性比对来识别重复序列，可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列（默认将其替换成N）。提供有在线服务。RepeatMasker在进行序列比对时可以选用常见的几种算法，包括nhmmer、cross_match、ABBlast/WUBlast、RMBlast 、Decypher（可以安装多个比对引擎，但每次只能使用其中一个）。
Repbase是由美国遗传信息研究所（GIRI）创建并维护，收录了转座子和其他重复序列及其注释信息。

2、本地安装

本地安装RepeatMasker，除了需要RepeatMasker主程序外，还需要TRF（Tandem Repeats Finder）、序列搜索引擎（以RMBlast为例）以及Repbase数据库。
 

RepeatMasker的更多相关文章

  1. RepeatMasker使用中的问题

    RepeatMasker在运行时会先产生如下一个中间文件夹如RM_23346.WedAug301137422017,最后生成结果文件,例如.out,.masked,.tbl等 软件特性:软件运行很慢, ...

  2. RepBaseRepeatMaskerEdition下载 | RepeatMasker

    开源的生物信息世界居然有这么个需要注册才能下载的工具,开源世界不是怎么方便怎么来吗? 这个注册真的麻烦,这里上传了一个可以使用的版本. RepBaseRepeatMaskerEdition-20170 ...

  3. RepeatMasker使用

    RM是library-based,通过相似性比对来识别重复序列,可以屏蔽序列中转座子重复序列和低复杂度序列(默认将其替换成N).使用数据库Dfam和Repbase. The Dfam database ...

  4. 生信 - 从repeatmasker传送门过来的 blast

    以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisite ...

  5. 【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑

    目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库 后记 1.co ...

  6. 生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  7. GATK使用说明-GRCh38（Genome Reference Consortium）（二）

    Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent pop ...

  8. maker 2008年发表在genome Res

    http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial 简单好用 identify repeats, to align ESTs and proteins to the genome, ...

  9. perl5

    1.perl包加入环境 export PERL5LIB=/export/personal1/wanglh/.software/perl/lib:$PERL5LIB

随机推荐

  1. （转）CSS书写规范、顺序

    原文地址 写了这么久的Css,但大部分前端er都没有按照良好的CSS书写规范来写CSS代码,这样会影响代码的阅读体验,这里总结一个CSS书写规范.CSS书写顺序供大家参考,这些是参考了国外一些文章以及 ...

  2. MYSQL 存储 while 统计每个表

    群里一朋友,有一需求就是获取数据库每个表的总计(条数)思路:动态传入表名, count(1) -- 1.执行这句.获取所有表名 as num ) b where t.table_schema='tes ...

  3. 安装配置fastDFS文件服务器 - Linux

    一.配置linux环境 1.新建虚拟机 把上次安装的CentOS7的文件复制一份,并改名 打开VM>打开虚拟机,选择刚才复制好的虚拟机,并启动.这样做的目的主要是为了保留一份最基础的母本,为了将 ...

  4. jq-杂记

    点击消失 <script src="https://cdn.bootcss.com/jquery/1.10.2/jquery.min.js"> </script& ...

  5. JAVA 中文 unicode 相互转换 文件读取

    package com.test; import org.junit.Test; public class JunitTest { @Test public void test(){ String p ...

  6. Tomcat相关的配置和设置

    1.Tomcat环境配置方法见百度文库.略. 2.查看. webapps:所有课执行的WEB项目都放在次目录中 work:此文件保存了所有临时文件,当开发中发现一个程序无法正确执行的时候,就可以考虑将 ...

  7. idea 设置某项目路径下的文件在点击浏览器预览时的前缀

    01,我们在开发 HTML 页面的时候,可以通过点击右上角的浏览器图标,直接打开浏览器访问,大大方便了开发 02,但是我们在开发 PHP 的时候,一般会自己安装集成环境或者编译环境,从上面的截图我们会 ...

  8. Shell 编程（实例二）

    创建一个脚本,为指定硬盘创建分区 1.列出当前系统所有磁盘,让用户选择,如果选择quit则退出脚本:如果选择错误,则重新选择 2.当用户选择完成后,询问是否继续 3.抹除选择磁盘上的分区,为其创建三个 ...

  9. Shell 编程（实例一）

    创建一个脚本 admin.sh 完成如下作用: -h | --help : 提供帮助信息 --add  Users : 完成用户添加 -del User | --delete : 完成用户删除 -v ...

  10. delphi RTTI 三 属性读取与赋值

    delphi RTTI 读取属性 运行期 通过RTTI给属性赋值 http://docwiki.embarcadero.com/CodeExamples/Berlin/en/Event_RTTI_In ...