以下是引用Arcgis知乎的:

【解决办法】:
步骤1,删除旧许可。具体方法如下:切换至 arcgis server 账户,导航至【ArcGIS for Server 安装目录】/framework/runtime/.wine/drive_c/Program Files/ESRI/License10.2/sysgen 目录,删除keycodes文件; 
步骤2,在终端采取静默授权的方式授权新许可。具体方法如下:切换至 arcgis server 账户,导航至【ArcGIS for Server 安装目录】/tools目录,运行./authorizeSoftware -f XXXXX.ecp 完成授权。关于授权的其他用法,请直接输入./authorizeSoftware -h 以获取更详细的信息。

鄙人自己的记录:

1.将新的许可粘贴到所属arcgis server服务器上:

2.进入安装server服务的目录,进入到tools目录下,然后执行./authorizeSoftware -f /gisapp/authorization_938AFE3F.ecp :

3.登录Server Manager进行验证:

到此,证明已经更新许可成功了。

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