Trim Galore是一个非常流行的用于「去接头序列」的软件,用于处理高通量测序得到的原始数据。通常我们从测序公司拿到数据后,第一步就是评估数据的质量以及对raw data去接头处理。公司拿来的数据通常附带了clean data以及去接头的说明文件,我自己重新实现了一下trim的过程。参数都是根据公司的说明文件来设定的。

软件说明

版本信息

  1. Trim Galore version: 0.4.1
  2. Cutadapt version: 1.11
  3. FastQC version:0.11.3

依赖环境

  1. FastQC
  2. Cutadapt

软件安装

Trim Galore直接在官网下载解压后即可使用(perl文件,无需任何安装)。

参数概览

这里只讨论了部分参数(与我的数据相关的部分,数据情况请参照下面)。其余参数的设定可以参考「官方文档」(Trim_Galore_User_Guide)。

  • -q/–quality :控制的质量分数阈值
  • –length :丢弃小于此长度的读段
  • -e:允许的错误率
  • –stringency:限定最少与adaptor序列重叠的碱基数(用来trim的标准)
  • -o:输出文件路径

案例分析

测序数据

Illumina Hiseq3000

Paired-end RNA-seq

代码展示

/.../trim_galore /.../*_R1.fastq /.../*_R2.fastq -q 25 --length 50 -e 0.1 --stringency 5 -o /.../ -a adapter1 -a2 adapter2 --paired

软件输出

Trimming mode: paired-end
Trim Galore version: 0.4.1

Cutadapt version: 1.11

Quality Phred score cutoff: 25

Quality encoding type selected: ASCII+33

Adapter sequence: …

Maximum trimming error rate: 0.1 (default)

Optional adapter 2 sequence (only used for read 2 of paired-end files): …

Minimum required adapter overlap (stringency): 5 bp

Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 50 bp

参考资料

http://www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/trim_galore/

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