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本节内容:

  • pssm生成
  • pssm简化
  • 标准的pssm构建
  • 滑动pssm生成

在基于蛋白质序列的相关预測中。使用PSSM打分矩阵会得将预測效果大大提高,同一时候,假设使用滑动的PSSM,效果又会进一步提高。这里主要以分享代码为主,以下介绍下PSSM从生成到处理的全过程。

1.PSSM的生成

PSSM的生成有多种方式,这里使用的psiblast软件。ncbi-blast-2.2.28+/bin/psiblast。下载地址:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastNews#1 用法。输入一个序列,加上相关參数,直接输出PSSM文件

代码

#一个命令函数,依据pdb文件。使用blast生成pssm文件
def command_pssm(content, output_file,pssm_file):
os.system('/ifs/share/lib/blast/ncbi-blast-2.2.28+/bin/psiblast \
-query %s \
-db /ifs/data/database/blast_data/nr \
-num_iterations 3 \
-out %s \
-out_ascii_pssm %s &' %(content, output_file,pssm_file))

上面是运行的命令,封装成函数,以下为实际代码:

#对每一个序列进行PSSM打分
def pssm(proseq,outdir):
inputfile = open(proseq,'r')
content = ''
input_file = ''
output_file = ''
pssm_file = ''
chain_name = []
for eachline in inputfile:
if '>' in eachline:
if len(content):
temp_file = open(outdir + '/fasta/' + chain_name,'w')
temp_file.write(content)
input_file = outdir + '/fasta/' + chain_name
output_file = outdir + '/' + chain_name + '.out'
pssm_file = outdir + '/' + chain_name + '.pssm'
command_pssm(input_file, output_file,pssm_file)
temp_file.close
content = ''
chain_name = eachline[1:5] + eachline[6:7]
content += ''.join(eachline)
#print content
#print chain_name
if len(content):
temp_file = open(outdir + '/fasta/' + chain_name,'w')
temp_file.write(content)
input_file = outdir + '/fasta/' + chain_name
output_file = outdir + '/' + chain_name + '.out'
pssm_file = outdir + '/' + chain_name + '.pssm'
command_pssm(input_file, output_file,pssm_file)
temp_file.close
inputfile.close()

測试用例:

'''
#生成pssm文件,迭代次数为3
proseq = '/ifs/home/liudiwei/experiment/step2/data/protein.seq'
outdir = '/ifs/home/liudiwei/experiment/step2/pssm'
pssm(proseq,outdir)
'''

PSSM输出例子:

2.简化PSSM数据

通常我们须要的仅仅是前面的20列

以下通过代码来实现上面的功能:

#格式化pssm每行数据
def formateachline(eachline):
col = eachline[0:5].strip()
col += '\t' + eachline[5:8].strip()
begin = 9
end = begin +3
for i in range(20):
begin = begin
end = begin + 3
col += '\t' + eachline[begin:end].strip()
begin = end
col += '\n'
return col

简化pssm。仅仅要得到前面的20个氨基酸的打分值

def simplifypssm(pssmdir,newdir):
listfile = os.listdir(pssmdir)
for eachfile in listfile:
with open(pssmdir + '/' + eachfile,'r') as inputpssm:
with open(newdir + '/' + eachfile,'w') as outfile:
count = 0
for eachline in inputpssm:
count +=1
if count <= 3:
continue
if not len(eachline.strip()):
break
oneline = formateachline(eachline)
outfile.write(''.join(oneline))
''' Test example
pssmdir = '/ifs/home/liudiwei/experiment/step2/pssm/oldpssm'
newdir = '/ifs/home/liudiwei/experiment/step2/pssm/newpssm'
simplifypssm(pssmdir, newdir)
'''

3.得到标准的PSSM

通过上面抽取出来的PSSM,以下通过代码来获得一个滑动的PSSM

#标准的pssm,直接依据标准的pssm滑动
def standardPSSM(window_size,pssmdir,outdir):
listfile = os.listdir(pssmdir)
for eachfile in listfile:
outfile = open(outdir + '/' + eachfile, 'w')
with open(pssmdir + '/' + eachfile, 'r') as inputf:
inputfile = inputf.readlines()
for linenum in range(len(inputfile)):
content = []
first = [];second = [];third=[];last=[]
if linenum < window_size/2:
for i in range((window_size/2 - linenum)*20):
second.append('\t0')
if window_size/2 - linenum > 0:
countline = window_size - (window_size/2 - linenum)
else:
countline = window_size #get needed line count linetemp = 0
for eachline in inputfile:
if linetemp < linenum-window_size/2:
linetemp += 1
continue
if linetemp == linenum:
thisline = eachline.split('\t')
for j in range(0,2):
if j>0:
first.append('\t')
first.append(thisline[j].strip())
if countline > 0:
oneline = eachline.split('\t')
for j in range(2,len(oneline)):
third.append('\t' + oneline[j].strip())
countline -=1
else:
break
linetemp += 1
while countline:
for i in range(20):
last.append('\t0')
countline -=1
content += first + second + third + last
outfile.write(''.join(content) + '\n')
outfile.close() '''Test example
pssmdir = '/ifs/home/liudiwei/experiment/step2/pssm/newpssm'
newdir = '/ifs/home/liudiwei/experiment/step2/pssm/standardpssm'
window_size = 5
standardPSSM(window_size,pssmdir, newdir)
'''

4.依据滑动窗体求出滑动的PSSM

#依据窗体大小,计算出滑动后的20个氨基酸打分值
def computedPSSM(window_size,pssmdir,outdir):
listfile = os.listdir(pssmdir)
for eachfile in listfile:
outfile = open(outdir + '/' + eachfile, 'w')
with open(pssmdir + '/' + eachfile, 'r') as inputf:
inputfile = inputf.readlines()
for linenum in range(len(inputfile)):
content = []
first = [];second = []
if window_size/2 - linenum > 0:
countline = window_size - (window_size/2 - linenum)
else:
countline = window_size #get needed line count linetemp = 0
for eachline in inputfile:
if linetemp < linenum-window_size/2:
linetemp += 1
continue
if linetemp == linenum:
thisline = eachline.split('\t')
for j in range(0,2):
if j>0:first.append('\t')
first.append(thisline[j].strip())
if countline > 0:
oneline = eachline.split('\t')[2:len(eachline)]
tline = []
for i in range(len(oneline)):
tline.append(int(oneline[i]))
if len(second)==0:
second += tline
else:
second = list(map(lambda x: x[0]+x[1], zip(second, tline)))
countline -=1
else:
break
linetemp += 1
format_second = []
for i in range(len(second)):
format_second.append('\t' + str(second[i]))
content += first + format_second
outfile.write(''.join(content) + '\n')
outfile.close()
'''
pssmdir = '/ifs/home/liudiwei/experiment/step2/pssm/newpssm'
newdir = '/ifs/home/liudiwei/experiment/step2/pssm/computedpssm'
window_size = 5
computedPSSM(window_size,pssmdir, newdir)
'''

平滑的PSSM,仅仅是pssmdir不同,直接调用standardPSSM函数

def smoothedPSSM(window_size,pssmdir,outdir):
standardPSSM(window_size,pssmdir, outdir) '''Test example
pssmdir = '/ifs/home/liudiwei/experiment/step2/pssm/computedpssm'
newdir = '/ifs/home/liudiwei/experiment/step2/pssm/smoothedpssm'
window_size = 5
smoothedPSSM(window_size,pssmdir,newdir)
'''

最后得到的是一个滑动的PSSM矩阵,特征的维数随窗体的大小逐渐增减。


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