SimpleITK 和 Nibabel 读取医学图像 nii 数据(2D显示)
SimpleITK 和 Nibabel 区别在于:(nii图像可以看成2维,也可以看成三维)
SimpleITK读取数据是(X,Y,Z)显示,Nibabel读取图像是(Z,Y,X)显示,也就是Nibabel加载的图像会旋转90°,其中X表示通道数,即切片层数。详情
import SimpleITK as sitk
import skimage.io as io def read_img(path):
img = sitk.ReadImage(path)
data = sitk.GetArrayFromImage(img)
return data
#显示一个系列图
def show_img(data):
for i in range(data.shape[0]):
io.imshow(data[i,:,:], cmap = 'gray')
print(i)
io.show()
#单张显示
def show_img(ori_img):
io.imshow(ori_img[60], cmap = 'gray')
io.show()
path = 'F:/BaiduNetdiskDownload/COVID-19CTSeg/data/volume-0.nii'
data = read_img(path)
show_img(data)
import nibabel as nib
import matplotlib.pyplot as plt def read_data(path):
image_data = nib.load(path).get_data()
return image_data
# 单张显示
def show_img(ori_img):
plt.imshow(ori_img[:,:,60], cmap = 'gray')
plt.show() path = 'F:/BaiduNetdiskDownload/COVID-19CTSeg/data/volume-0.nii'
data = read_data(path)
show_img(data)
SimpleITK图像:
Nibabel图像:
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