植物基因组|注释版本问题|重测序vs泛基因组

生命组学：

细菌和其他物种比，容易发生基因漂移，duplication和重排。

泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene，研究其调控机制（即通过一维发现特殊三维结构，再利用一维结构解释特殊结构的形成机制eg：基因保守与保守空间结构vs非保守空间结构，同时找两种不同结构的物理位置分布），并向应用上扩展。

重测序与泛基因组的差异在于，重测序是将新测得的genome与referencegenome比较，辨别其中的差异，而泛基因组是将同一个物种中不同亚种中通过n vs n得到gain loss，以此推断其演化情况。

测序：

pacbio是三代测序，三代测序的错误主要是碱基数量错误，这样会移码导致基因判断错误，可以采用二代测序校正，现在最新的测序技术是纳米孔测序。

注释：

注释版本不同造成genome basic information差异，因为原先存在测不出的sequence，或者判定为假基因的gene，或者错误的注释版本，总之与新做的实验数据在处理流程上有差异，为了缩小该差异造成的损失应该用自己的流程再跑一遍。

原先测序若低depth，则无法得到复杂结构信息。

有些原先测序得到的reference genome有部分无序列信息，所以对于新测得的genome参考价值低，所以选择合适的reference或者自己建立。

突变常识：如果突变数量少则一般是SNP，数量多是基因重组。Indel常以3的倍数出现，影响比较小，其他数目会发生移码，影响大。

植物基因组的特点是有大量重复序列，杂合度高且染色体多倍化。

Conclusion：泛基因组学的内容是通过比较基因组学找到Core gene&dispensable gene（share gene）&strain-specific gene，采用三种分类基因的角度对基因组学的重新分类，从而发现并解决生物学问题。eg发病机制，耐药性和环境适应性等。