awk之match函数
功能:match函数是用于个性化定制搜索模式。
例子:
文件内容:
this is wang ,not wan
that is chen, not che
this is chen ,and wang ,not wan che
思路:
比如你想提取is后面的第一个单词,和not 后面的第一个单词,
这时候利用位置来提取是不可行的,因为第三行的模式和前两行不一致,这种情况在基因注解里经常会碰到。
这是就可以用awk的match函数啦!!
[wangjq@mgmt humandb]$ cat test
this is wang,not wan
that is chen,not che
this is chen,and wang,not wan che
[wangjq@mgmt humandb]$ awk '{match($0,/.+is([^,]+).+not(.+)/,a);print a[1],a[2]}' test
wang wan
chen che
chen wan che
格式:match(string,regexp,array) 和string~regexp的作用类似
没有array的情况下:通过regexp,在string中寻找最左边,最长的substring,返回substring的index位置。
有array的情况下:在regexp中用()将要组成的array的内容按顺序弄好,a[1]代表第一个()的内容,a[2]代表第二个()的内容,以此类推。
echo "gene_type "mrna";gene_name "typ""|awk 'match($0,/(gene_type).+(".+?");gene_name/,a){print a[1]}'
gene_type echo "gene_type "mrna";gene_name "typ""|awk 'match($0,/(gene_type).+("+?");gene_nae/,a){print a[2]}'
mrna
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