pseudogene|鉴定功能基因|expressed se|quence tag
基因
(鉴定DNA:可以直接利用DNA序列鉴别基因,但存在3个问题)
1.intron太长(使用用来连接的算法不可及)
2.因为通常功能基因的第一个oxen中有非编码区和启动子最后一个oxen中有终止子和非编码区,但是有些功能基因的第一个oxen或最后一个oxen只有非编码区,这样就很难识别
3.假基因(pseudogene):通常是有功能的序列突变而成的无功能序列,在鉴定时会被误认为是有功能的序列(特别是具有相对完整编码序列同时具有突变转录信号的假基因)
(鉴定mRNA:因为鉴定基因是否具有功能的依据是是否产生mRNA,所以鉴定功能基因也可以去鉴定mRNA。)
可以使用mRNA反转录形成cDNA,在通过PCR扩增得到大规模序列分析(map 各种别的物种基因,因为同源序列(不同物种之间同源序列的相似度很高,仅是选择了不同基因家族扩张)上的基因位置是成对的,称为共线性synteny,如果不成对,则有可能缺失的一方是假基因)的方式,该方式称为反转录聚合酶链式反应。
(鉴定RNA:比mRNA数量大,但是受到以上比较同源基因共线性的启发,在鉴定RNA时,也可以采用比较的方法。)
(针对单一基因序列,想确认其是否被转录,可以采用表达序列标签(expressed sequence tag,EST),这个标签是cDNA的末端,通过识别该末端来确立在染色体上的位置)
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