Bowtie2
如何使用Bowtie2
相似功能的有:
创建索引
创建索引bowtie2-build
使用的命令。 -f
指定要索引文件后,再给予索引的名称。名称可以连接到任何。
bowtie2 build-f reference_dna.fa INDEX_NA
转载:https://translate.google.co.jp/translate?hl=zh-CN&sl=ja&u=http://bi.biopapyrus.net/transcriptome/map/bowtie2.html&prev=search
Bowtie2的更多相关文章
- bowtie1和bowtie2的比较
1.对于长度大于50bp的reads,bowtie2更精确:而小于50bp的reads,bowtie1更精确更快速 2.bowtie2支持的reads长度没有上限,当然reads长度在50~1000b ...
- 安装生物信息学软件-bowtie2
好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio ...
- 生物信息学工具--bowtie&bowtie2
Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowt ...
- bowtie2 Linux安装
目前最新版本为2.3.2,网址为:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安装分为简单的下载可执行文件和源编译安 ...
- Hisat2 bowtie2比对结果解读(Hisat2 Alignment summary)
RNA-seq数据的比对结果怎么解读?网上有很多人问,这里做一个大致的总结. Hisat2和bowtie2比对后产生的Alignment summary的格式是一样的,如下: Alignment su ...
- Bowtie2的安装与使用
Bowtie2的安装与使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不 ...
- bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列
今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not f ...
- bowtie2用法
bowtie2的功能:短序列的比对 用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r&g ...
- 30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法
转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, ...
随机推荐
- php黑魔法之解析问题
code如下: <?php $a=$_GET[a]; $b=is_file($a); var_dump($b); ?> 可以看到1.ph< 返回了true 这样不就可以绕过这个的过滤 ...
- struts2学习:配置篇之namespace
把namespace单独拉出来讲一方面是因为它实际上不是一个element,而只是一个attribute,前面已经说了,它是package的一个attribute:另外一方面是因为这个属性是我接触St ...
- C#虚方法
若一个实例方法声明前带有virtual关键字,那么这个方法就是虚方法.虚方法与非虚方法的最大不同是,虚方法的实现可以由派生类所取代,这种取代是通过方法的重写实现的(以后再讲)虚方法的特点:虚方法前不允 ...
- 无法嵌入互操作类型“Microsoft.Office.Interop.Excel.ApplicationClass”。请改用适用的接口
解决 把Microsoft.Office.Interop.Excel.DLL的嵌入互操作类型改为ture就可以了
- js 扩展Array支持remove方法
/* * 方法:Array.remove(dx) 通过遍历,重构数组 * 功能:删除数组元素. * 参数:dx删除元素的下标. */ Array.prototype.remove = function ...
- Objective-C( 语法二)
分类(Category):可以给某一个类扩充一些方法(不修改原来类的代码) 作用:在不改变原来类内容基础上,可以为类增加一些方法 使用注意: 1. 只能增加方法,不能增加成员变量 2. 分类方法 ...
- guava学习--File
使用Files类来执行那些基本的任务,比如:移动或复制文件,或读取文件内容到一个字符串集合 Closer类,提供了一种非常干净的方式,确保Closeable实例被正确的关闭 ByteSource 和 ...
- linux 基本命令操作
1.ls 命令 ls -a 列出所有文件,包括隐藏文件 ls -l 列出文件详细信息 ls -r 列出所有文件包括文件夹 查询具体文件可以在命令后面加 |grep 要匹配的字符串,方便我们查找, ...
- 超实用的JavaScript技巧及最佳实践
众所周知,JavaScript是一门非常流行的编程语言,开发者用它不仅可以开发出炫丽的Web程序,还可以用它来开发一些移动应用程序(如PhoneGap或Appcelerator),它还有一些服务端实现 ...
- 【仿真】【modelsim】:verilog功能仿真流程
一.编写verilog源文件,在diamond中编译.编写testbench文件.在diamond设置中将仿真工具设置为modelsim,运行仿真向导 二.自动进入modelsim, 编译全部 运行仿 ...