新建项目里面的（ASP.NET Web 应用程序）主要是做B/S系统的，与winform的开发方式类似。新建网站（ASP.NET 网站）是主要开发网站的。其实你只要跟着教程做就行了。具体区别如下（借鉴csdn）：
web应用程序Default.aspx显示有两个原有文件及Default.aspx.cs和Default.aspx.designer.cs；Web网站Default.aspx显示有一个原有文件Default.aspx.cs。 
web应用程序有重新生成和发布两项；Web网站只有一个发布网站。 
web应用程序和一般的winform没有什么区别都有引用的是命名空间等；Web网站在引用后出现一个bin文件夹那里存放dll和pdb文件。 
web应用程序可以作为类库被引用；Web网站则不可以作为类库被引用。 
web应用程序可以添加ASP.Net文件夹中不包括bin、App_Code；Web网站可以添加ASP.Net文件夹包括bin、App_Code。 
web应用程序还可添加组件和类；Web网站则没有。 
源文件虽然都是Default.aspx.cs但是web应用程序有命名空间，多了一项System.Collections空间引用。 
Web应用程序在修改了页面底层的代码之后需要重新进行编译 
网站不需要重新编译 
网站可以添加APS文件夹，Web应用程序不可以 
Web应用程序的项目会生成Dll文件 
网站在发布的时候，会自动生成Dll文件，但是每次的Dll文件名都不一样 
Web应用程序会有解决方案和项目文件

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