前言

一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析。虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。

DAVID

DAVID地址

以前我会首选DAVID,原因是方便简单。有人说它数据库更新慢,不准确(据说被science点名批评了),也有人说它运行慢,数据库更新慢是硬伤,但我只是大概看下基因集的功能,总体结果不会差到哪里去。至于运行速度我反而觉得比其他工具更快。

使用方法:





注释结果有很多,挑自己感兴趣的数据库,我一般看GO和KEGG。



校正下超几何检验的Pvalue值,查看结果,结果都有链接,很方便查看。



但是DAVID没有可视化结果,临时看一看还行。

Metascape

Meatascape地址

Metascape是Cytoscape的一个插件,其数据更新快,覆盖面广泛。整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据库,使其不仅能完成通路富集和生物过程注释,还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析。

默认分析Express Analysis

针对小白,直接生成一个简单明了的报告,图文并茂,结果包括富集总括、基因列表、基因注释、富集分析、蛋白互作富集等。并且可以下载excel表,ppt和zip压缩文件。

网络图还可保存为CYS格式,后续放到cytoscape中进行编辑。

定制分析CustomAnalysis

Annotation可以根据自己的需要,选择感兴趣的,想在结果中体现的基因注释查看与基因注释 相关的文章")项目来进行勾选。勾选完成之后,点击左上角的Apply按钮运行。

Membership支持用户自行选择通路富集、生物过程富集、功能相关和产物分析等每一个注释步骤所用到的数据集,并可以在搜索框中输入感兴趣的字段,比如GO中的某一个或某几个term,或者一些功能性的描述,以便进行更有针对性地分析。

输入完成感兴趣的字段之后,点击左侧的Search按钮进行查找,之后点击左上方Apply生成这一步骤的结果。

Enrichment支持用户选择通路和功能富集过程中的各项指标,以及蛋白质互作网络形成过程中的各项指标。用户可以根据自己的需求,来设定显著性阈值,网络中包含元素的最大或最小值,以及分析步骤中想用到的数据集等参数。

生成报告

报告形式同上。

Enrichr

Enrichr地址

除了支持gene list,还支持bed文件,但支持的gene ID种类比较少。

Enrichr结果将多个数据库进行比较。除了常用的富集分析,还可展示表观修饰、转录因子结合以及疾病和不同细胞类型中的表达。

但是它展示结果比较单一,各个数据库结果差异也较大,个人不是很喜欢。

ClueGO

ClueGO也是Cytoscape的插件,在cytoscape中本地化安装使用,除了做功能富集外,主要是具有强大的绘图功能,目前被很多文章引用。

以上工具中,DAVID和Metascape甚至clusterProfiler等R包的结果我都只作为参考,真正做分析的时候还是需要用最新的数据库。当然,Metascape和ClueGO可作为后期绘图补充。

富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO的更多相关文章

  1. DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

    何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生 ...

  2. 基因探针富集分析(GSEA)& GO & pathway

    http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子 ...

  3. 利用GSEA对基因表达数据做富集分析

      image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a p ...

  4. R: 修改镜像、bioconductor安装及go基因富集分析

    1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirr ...

  5. GO富集分析

    GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析.例如,给定一组在特定条件下上调的基因,富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示(或未充分表示). 富集分析工具    用户可以直接从GOC网站的 ...

  6. OS Tools-GO富集分析工具的使用与解读详细教程

    我们的云平台上的GO富集分析工具,需要输入的文件表格和参数很简单,但很多同学都不明白其中的原理与结果解读,这个帖子就跟大家详细解释~ 一.GO富集介绍:       Gene Ontology(简称G ...

  7. GO富集分析示例【华为云技术分享】

    版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/devcloud/article/detai ...

  8. webgestalt 通路富集分析

    http://www.webgestalt.org/ 通路富集分析 参考 http://www.sci666.com.cn/9596.html

  9. GSEA 基因集富集分析

    http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)是一种生物信息学的计算方法,用于 ...

随机推荐

  1. NOIP模拟83(多校16)

    前言 CSP之后第一次模拟赛,感觉考的一般. 不得不吐槽多校联测 OJ 上的评测机是真的慢... T1 树上的数 解题思路 感觉自己思维有些固化了,一看题目就感觉是线段树. 考完之后才想起来这玩意直接 ...

  2. Java:HashTable类小记

    Java:HashTable类小记 对 Java 中的 HashTable类,做一个微不足道的小小小小记 概述 public class Hashtable<K,V> extends Di ...

  3. C语言链表实例--玩转链表

    下图为最一简单链表的示意图: 第 0 个结点称为头结点,它存放有第一个结点的首地址,它没有数据,只是一个指针变量.以下的每个结点都分为两个域,一个是数据域,存放各种实际的数据,如学号 num,姓名 n ...

  4. Spring:面向切面编程的AOP

    一.前言 除了依赖注入(DI),Spring框架提供的另一个核心功能是对面向方面的编程(AOP)的支持. AOP通常被称为实现横切关注点的工具.横切关注点一词是指应用程序中的逻辑不能与应用程序的其余部 ...

  5. stat命令的实现

    任务详情 学习使用stat(1),并用C语言实现 提交学习stat(1)的截图 man -k ,grep -r的使用 伪代码 产品代码 mystate.c,提交码云链接 测试代码,mystat 与st ...

  6. clnt_create: RPC: Port mapper failure - Unable to receive: errno 111 (Connection refused)

    clnt_create: RPC: Port mapper failure - Unable to receive: errno 111 (Connection refused) 关闭防火墙,可以连, ...

  7. 2万字|30张图带你领略glibc内存管理精髓(因为OOM导致了上千万损失)

    前言 大家好,我是雨乐. 5年前,在上家公司的时候,因为进程OOM造成了上千万的损失,当时用了一个月的时间来分析glibc源码,最终将问题彻底解决. 最近在逛知乎的时候,发现不少人有对malloc/f ...

  8. Redis这15个“雷坑”,别问我咋知道的……

    来源:https://dbaplus.cn/news-158-3836-1.html

  9. String你会用吗?

    1. 如果不是在循环体中进行字符串拼接的话,直接使用 String 的 "+" 就好了. 2. 单线程循环中操作大量字符串数据 → StringBuilder.append() 3 ...

  10. redis如何解决key冲突?

    1.业务隔离 不同的业务使用不同的redis集群,或者协议使用redis的不同db. 2.良好的Redis Key的设计 格式:业务标识:系统名称:模块名称:关键词简写 比如:保险:用户管理:用户申请 ...