le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site

le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$b"}' | less -S >indel_site

5、提取snp indel 位点的更多相关文章

  1. bcftools 提取vcf（snp/indel）文件子集

    做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools ...

  2. shapeit提取或去除指定SNP和样本（shapeit extract or exclude SNP, sample）

    shapeit最大的功能是对双链DNA进行phase和基因型进行impute.除此之外,还能提取SNP和样本,同样的,也能去除SNP和样本.下面简单介绍这两个功能. 一.提取SNP 提取SNP用到“- ...

  3. NGS检测SNP

    1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq &g ...

  4. GATK4.1 call SNP

    GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化. 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/downlo ...

  5. plink提取指定样本的数据（keep函数）

    提取样本见命令行: plink --bfile file --noweb --keep sampleID.txt --recode --make-bed --out sample 其中,sampleI ...

  6. eQTL | Expression quantitative trait loci | 数量性状位点 | 表达数量性状基因座

    一篇通俗的文章:eQTL Expression quantitative trait loci (eQTLs) are genomic loci that explain all or a fract ...

  7. eQTL | Expression quantitative trait loci | 表达数量性状基因座 | QTL | 数量性状位点

    到底什么是eQTL? eQTL和QTL之间有什么联系?为什么说QTL比eQTL难很多? QTL和GWAS有什么关系? GTEx数据库里的eQTL数据如何利用? 说eQTL之前必须先解释QTL,QTL, ...

  8. Pooled genome sequence strategies |representative genome assembly approaches|Domestication|GERP|selective sweep|Hybridization|Introgression|iHS|SNP genotyping arrays|haplotype

    Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进 ...

  9. 【转】GATK使用方法详解（包含bwa使用）

    一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验 ...

随机推荐

  1. Python 3 并发编程多进程之进程与线程

    Python 3 进程与线程 进程即正在执行的一个过程.进程是对正在运行程序的一个抽象. 进程的概念起源于操作系统,是操作系统最核心的概念,也是操作系统提供的最古老也是最重要的抽象概念之一.操作系统的 ...

  2. 前端绘图方式Canvas和SVG的区别

    Canvas和SVG是html5中支持2种可视化技术,都是可以在画布上绘制图形和放入图片.下面来介绍和分析一下他们. 一.Canvas 和 SVG 简介 1.什么是Canvas? Canvas 是H5 ...

  3. codeforces 60B bfs

    题意:给出一个六面体分为k层,每层n行m列,每个小立方体有'.'(空)与'#'(障碍)的状态,第一层某个空的位置有一个水龙头,水流每次往六个方向流动(...).最少时间水流能把立方体空的部分填满. 思 ...

  4. Centos安装SZRZ方便文件传输

    方便Centos服务器传输文件, 要用到szrz命令, 具体安装如下: # wget  http://freeware.sgi.com/source/rzsz/rzsz-3.48.tar.gz# ta ...

  5. 分享知识-快乐自己：遍历Map集合

    import java.util.HashMap; import java.util.Iterator; import java.util.Map; public class TestMap { pu ...

  6. POJ 3349 Snowflake Snow Snowflakes （哈希表）

    题意:每片雪花有六瓣,给出n片雪花,六瓣花瓣的长度按顺时针或逆时针给出,判断其中有没有相同的雪花(六瓣花瓣的长度相同) 思路:如果直接遍历会超时,我试过.这里要用哈希表,哈希表的关键码key用六瓣花瓣 ...

  7. beans.factory.BeanCreationException beans.factory.annotation.Autowired(required=true)

    主要是这三个方面排查: 1,注入写成这样 @Autowired   private BrandServiceImpl      brandServiceImpl; 2,jar冲突,在pom.xml中 ...

  8. uva1160 易爆物

    #include<iostream>#include<cstdio>#include<algorithm>#include<cstdlib>using ...

  9. VS2008中宽字节和普通字节的使用

    由于麻烦,所以并没有使用宽字节,留待以后.

  10. 【转】 Pro Android学习笔记（六一）：Preferences（5）：组织Preference

    目录(?)[-] PreferenceCategory Child Preference PreferenceCategory 如果有多个preference,我们希望能在他们组织在一起.有两种方式, ...