reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列

用法：

mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")"

input.fasta 的内容如下：

>1

AGCAGCATCGACGACGACGACTC

运行成功后，会输出一个 input.rc.fasta 文件，该文件中就是input.fasta 的反向互补序列

input.rc.fasta 的内容如下：

>1

GAGTCGTCGTCGTCGATGCTGCT

mothur reverse.seqs 将序列反向互补的更多相关文章

  1. C语言 序列反向互补函数

    1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+ ...

  2. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  3. mothur trim.seqs 去除PCR引物

    trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个 ...

  4. [LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II

    Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1-> ...

  5. HDOJ 1266 Reverse Number（数字反向输出题）

    Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my bes ...

  6. EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器

    https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator ...

  7. Reverse complement DNA

    用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的 ...

  8. 文件格式——Sam&bam文件

    Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当 ...

  9. bam/sam格式说明

    在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比 ...

随机推荐

  1. js 去掉html标签

    方法一: /// <summary> /// 去除HTML标记 /// </summary> /// <param name="NoHTML"> ...

  2. 普通用户无法su到root用户

    问题描述: 普通用户切换回root用户时,密码输入正确仍然报密码错误. 问题解决: 1.1 检查/etc目录下passwd的权限 [root@dev /]# ll/etc/passwd-rw-r--r ...

  3. hdu1217(spfa，存在环，但需要将环的元素历遍一次.....求乘积的最大)

    题意:有n个国家货币,给出m种两个国家之间的货币兑换率,求是否可以盈利....... 思路:其实就是看国家货币兑换间是否存在一个环,使得从v点出发时,dis[v]=1,经过环回到v点时,dis[v]& ...

  4. 基于html5背景图片自适应代码

    基于html5背景图片自适应代码是一款背景不随滚动条滚动,会根据分辨率不同自动匹配对应的背景图片.效果图如下: 在线预览   源码下载 实现的代码. css代码: .jawbone-hero .jaw ...

  5. 朴素贝叶斯分类器的应用 Naive Bayes classifier

    一.病人分类的例子 让我从一个例子开始讲起,你会看到贝叶斯分类器很好懂,一点都不难. 某个医院早上收了六个门诊病人,如下表. 症状 职业 疾病 打喷嚏 护士 感冒  打喷嚏 农夫 过敏  头痛 建筑工 ...

  6. [转]Oracle存储过程总结

    原文地址:https://www.cnblogs.com/tingbogiu/p/5641000.html 1.存储过程结构 1.1 第一个存储过程 create or replace procedu ...

  7. iOS美丽约网络请求分析

    网络请求分析html, body {overflow-x: initial !important;}html { font-size: 14px; } body { margin: 0px; padd ...

  8. InstallShield安装jdk并设置环境变量

    1. 检查是否安装jdk function OnBegin() begin Disable (BACKBUTTON); if(!MAINTENANCE)then SdLicense2 ("L ...

  9. C语言 · 算年龄

    算年龄 英国数学家德摩根出生于19世纪初叶(即18xx年). 他年少时便很有才华.一次有人问他的年龄,他回答说: “到了x的平方那年,我刚好是x岁”. 请你计算一下,德摩根到底出生在哪一年. 题中的年 ...

  10. android开发(41) Fragment中使用POP_BACK_STACK_INCLUSIVE达到一次跳转到栈底。类似Activity的 采用FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP

    需求场景: 在开发中遇到下面这样场景: 1.创建 Fragment A 显示.  这时栈的结构是: .Fragment A 2.创建 Fragment B 并 显示.  从下到上看,这时栈的结构是: ...