mothur reverse.seqs 将序列反向互补
reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列
用法:
mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")"
input.fasta 的内容如下:
>1
AGCAGCATCGACGACGACGACTC
运行成功后,会输出一个 input.rc.fasta 文件,该文件中就是input.fasta 的反向互补序列
input.rc.fasta 的内容如下:
>1
GAGTCGTCGTCGTCGATGCTGCT
mothur reverse.seqs 将序列反向互补的更多相关文章
- C语言 序列反向互补函数
1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+ ...
- mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度
在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...
- mothur trim.seqs 去除PCR引物
trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个 ...
- [LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II
Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1-> ...
- HDOJ 1266 Reverse Number(数字反向输出题)
Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my bes ...
- EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器
https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator ...
- Reverse complement DNA
用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的 ...
- 文件格式——Sam&bam文件
Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当 ...
- bam/sam格式说明
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比 ...
随机推荐
- 【ARM】ARM程序规范
1.函数名单词之间用_隔开,每一个字母大写 Uart_Printf() //这个由三星的TEST风格延续下来,因此没有参数时,必须加void,否则ADS会编译报警 void Te ...
- Leetcode:Interleaving String 解题报告
Interleaving StringGiven s1, s2, s3, find whether s3 is formed by the interleaving of s1 and s2. For ...
- 【Math】协方差矩阵
一.统计学的基本概念 统计学里最基本的概念就是样本的均值.方差.标准差.首先,我们给定一个含有n个样本的集合,下面给出这些概念的公式描述: 均值: 标准差: 方差: 均值描述的是样本集合的中间点,它告 ...
- Zabbix监控JVM内存
上篇最后提到了jstat,jstat可以查看统计JVM内存信息,那么结合Zabbix,就可以监控多实例的JVM内存了. 1.下面两个脚本部署在被监控主机: vm.py 用于JVM实例PID查找,ps命 ...
- 如何生动形象、切中要点地讲解 OSI 七层模型和两主机传输过程
作者:繁星亮与鲍包包链接:https://www.zhihu.com/question/24002080/answer/31817536来源:知乎著作权归作者所有.商业转载请联系作者获得授权,非商业转 ...
- Server.MapPath 出现未将对象引用设置到对象的实例
此文仅在于使遇到相似问题的朋友能少走弯路 asp.net中我用一个页面的cs文件调用一个自定义类,这个自定义类再调用 System.Web.HttpContext.Current.Server.Map ...
- [转]手把手教你--Bootstrap Table表格插件及数据导出(可导出Excel2003及Exce2007)
原文地址:https://blog.csdn.net/javayoucome/article/details/80081771 1.介绍 Bootstrap Table介绍见官网:http://boo ...
- 【转】mybatis 自增主键配置
mybatis自增主键配置(?) mybatis进行插入操作时,如果表的主键是自增的,针对不同的数据库相应的操作也不同.基本上经常会遇到的就是Oracle Sequece 和 MySQL 自增主键,至 ...
- BMP位图文件格式详解及编程建议
BMP文件渊源流长,虽然对JPG.PNG等格式图像文件来说,确实有点土,但是毕竟BMP文件格式相对简单,容易理解,至于BMP众多的位图格式也不能责怪微软,主要是早期谁也没料到图片技术会发展的这么快,而 ...
- FileChannel类的理解和使用
FileChannel类的理解和使用(java.nio.channels.FileChannel) 知识点: 1.FileChannel类及方法理解:2.普通输入输出流复制文件:3.FileChann ...