reverse.seqs 命令可以得到输入序列的反向互补序列

用法：

mothur "#reverse.seqs(fasta = "input.fasta")"

input.fasta 的内容如下：

>1

AGCAGCATCGACGACGACGACTC

运行成功后，会输出一个 input.rc.fasta 文件，该文件中就是input.fasta 的反向互补序列

input.rc.fasta 的内容如下：

>1

GAGTCGTCGTCGTCGATGCTGCT

mothur reverse.seqs 将序列反向互补的更多相关文章

  1. C语言 序列反向互补函数

    1 static char *revers(char *s) 2 { 3 int len=strlen(s); 4 char *s2=(char *)malloc(sizeof(char)*(len+ ...

  2. mothur summary.seqs 统计fasta文件中每条序列的长度

    在介绍summary.seqs的用法之前,我们首先需要搞清楚两个概念: 1)ambiguous bases 中文叫做模糊碱基,对于DNA序列来说,只有ATCG 4种碱基,在IUPAC定义的碱基标准中, ...

  3. mothur trim.seqs 去除PCR引物

    trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个 ...

  4. [LeetCode] 92. Reverse Linked List II 反向链表II

    Reverse a linked list from position m to n. Do it in-place and in one-pass. For example:Given 1-> ...

  5. HDOJ 1266 Reverse Number（数字反向输出题）

    Problem Description Welcome to 2006'4 computer college programming contest! Specially, I give my bes ...

  6. EntityFramework Reverse POCO Code First 反向生成器

    https://marketplace.visualstudio.com/items?itemName=SimonHughes.EntityFrameworkReversePOCOGenerator ...

  7. Reverse complement DNA

    用法:python rev_comp.py input.fa out.fa 输入文件为 fasta 格式文件,若输入文件中序列的 header 有 '+' 或 '-' 号标记正负链,则带有 '+' 的 ...

  8. 文件格式——Sam&bam文件

    Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当 ...

  9. bam/sam格式说明

    在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比 ...

随机推荐

  1. 百度地图API-搜索地址、定位、点击获取经纬度并标注

    百度地图api:http://developer.baidu.com/map/jsdemo.htm api申请ak:http://lbsyun.baidu.com/ 一.搜索地址.定位.点击获取经纬度 ...

  2. error: insufficient permissions for device（解决adb shell问题）

    今天在linux下连接平板usb,试用adb shell时出现error: insufficient permissions for device, 而且我们输入adb devices显示: xxna ...

  3. sbt编译spark程序提示value toDF is not a member of Seq()

    sbt编译spark程序提示value toDF is not a member of Seq() 前提 使用Scala编写的Spark程序,在sbt编译打包的时候提示value toDF is no ...

  4. yum卸载失败Error in PREUN scriptlet in rpm package postgresql-server

    yum --setopt=tsflags=noscripts remove 参考 https://serverfault.com/questions/613256/yum-error-in-preun ...

  5. 通用性好的win2003序列号: (推荐先用这个里面的)

    通用性好的win2003序列号: (推荐先用这个里面的)FJ8DH-TQPYG-9KFHQ-88CB2-Y7V3Y GRD4P-FTQQF-JCDM8-4P6JK-PFG7MJD7JX-KCDTH-7 ...

  6. Python（九）之网络编程

    一般的网络通信: Python中利用socket模块实现网络主机间通讯: socket.socket(family,type) family:套接字类型 AF_INET AF_UNIX type: S ...

  7. python Anaconda 安装管理包,开发环境

    在自己的电脑上安装Anaconda,用conda create创建一个python 2.7版本的environment.今后我们的程序都在这个环境下执行 0.download anaconda and ...

  8. JD 题目1040：Prime Number （筛法求素数）

    OJ题目:click here~~ 题目分析:输出第k个素数 贴这么简单的题目,目的不清纯 用筛法求素数的基本思想是:把从1開始的.某一范围内的正整数从小到大顺序排列, 1不是素数,首先把它筛掉.剩下 ...

  9. nginx servername配置域名网站可以正常登录，servername配置IP+Port却无法正常登录

    由于业务的原因,需要将网站从通过域名访问变换为通过IP+PORT的访问方式: 以前的配置: server { listen ; server_name wx.xxxx.com; } 以前的登录页面: ...

  10. PostgreSQL Table Partitioning<转>

    原创文章,转载请务必将下面这段话置于文章开头处(保留超链接).本文转发自Jason’s Blog,原文链接 http://www.jasongj.com/2015/12/13/SQL3_partiti ...