扩展名为.Rnw(Rtex)的文件就是包含了R代码的LaTeX文档。编译的时候,先用Rscript调用Knitr处理,生成.TeX文档,然后用pdfLaTeX/XeLaTeX编译成PDF。

最方便的编译.Rnw文档的工具是使用RStudio!(TeXStudio/SublimeText/VSC都比较慢),TeXStudio(2.12.16)最适合编写.Rnw文档

谢益辉为LyX制作了可用Knitr的模板,使用也十分方便。

Knitr主页:https://yihui.name/knitr/

Knitr示例:https://yihui.name/knitr/demos/

编辑器配置:https://yihui.name/knitr/demo/editors/

下面结合一些工具说明Knitr的使用方法。在TeXStudio/ST/VSC中编辑,在RStudio编译!

使用RStudio

  1. 安装某个LaTeX发行版,如TeXLive(https://tug.org/texlive/acquire.html)
  2. 安装R(https://r-project.org),并安装KnitR包
    install.packages('knitr')
  3. 安装RStudio Desktop(https://rstudio.com/)
  4. 启动RStudio,点击“Tools-Global setting: Sweave”:
    • Wave Rnw files using "Knitr"
    • Typeset LaTeX into PDF using "pdfLaTeX"(中文选用"XeLaTeX")
  5. 新建Rnw文件:“File-New File-R Sweave”,在文档区输入
    <<>>=
    plot(rnorm(100),type='l')
    @

    保存文件为test.rnw。扩展名必须为.rnw!

  6. 点击"Compile PDF",生成PDF文档。

RStudio的优点:方便的编译环境;R代码自动提示;样式比较漂亮。

:没有LaTeX自动补全、提示。

上面步骤1、2是必须的。

使用 TeXStudio

  • "Options-Config-Build:user Commands"添加命令Knitr:Knitr,命令为

    Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')"|xelatex -synctex=1 -shell-escape -interaction=nonstopmode %.tex | txs:///view-pdf



    Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')" | txs:///xelatex | txs:///xelatex | txs:///view-pdf

    如果有参考文献,用如下命令:

    Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')"|xelatex %.tex |bibtex %|xelatex -synctex=1 -shell-escape -interaction=nonstopmode %.tex | txs:///view-pdf



    Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')" | txs:///xelatex | txs:///bibtex | txs:///xelatex | txs:///view-pdf
  • 文件扩展名必须为.rnw!
  • "Tools - user:Knitr"编译文件(要定义快捷键!)。

TeXStudio(2.12.16)的优点:方便的编译环击;LaTeX提示、自动补全;样式比较漂亮。

不足:没有R代码自动提示补全。感觉是最好的.Rnw的编辑/译器

编译问题

设置后,编译总是先调用pdflatex,然后才是rscript??

如果用knit2pdf替换knit,XeLaTeX编译时总提示:"tlmgr search --file --global "/article.cls",然后寻找文件或安装(导致速度慢)。

TeXStudio的配色:https://tex.stackexchange.com/questions/108315/how-can-i-set-a-dark-theme-in-texstudio

TeXStudio的配置文件为\config\teXStudio.ini,配色部分位于[formats]

使用配色

  1. 打开TeXStudio,"Options > Save profile",保存为user-default.txsprofile
  2. 再执行上面操作,保存为custom-dark1.txsprofile
  3. 打开custom-dark1.txsprofile,并找到[formats]段(在最后),会看到
    [formats]
    version=1.0
  4. 将其他的配色设置复制粘贴到其后,保存。
  5. TeXStudio中执行:"Options > Load profile",找到保存的custom-dark1.txsprofile,确定。
  6. 关闭并重启TeXStudio,打开一个文件,就能看到配色生效。

    PS:以前都是将配色设置复制到teXstudio.ini后的[formats]段。

使用Sublime Text 3

  • 安装Knitr插件(以及R-box, senttextplus, latexing/latextools)
  • 文件扩展名必须为.Rnw或.Rmd!(是大写的R)

能识别.Rnw的样式。

"set syntax:latexing(knitr)" 或 latex后,按LaTeX/R文档处理,有自动完成、提示。

VS code

LaTeX workshop 8.4.2增加了.rnw格式的支持。或ctrl+shift+p“change language mode”中选R Sweave(也支持R markdown)。

settings.json的对应位置添加如下设置:

"latex-workshop.latex.recipes": [
{
"name": "Knitr",
"tools": [
"Rscript",
"xelatex"
]
},
{
"name": "Knitr (biblatex)",
"tools": [
"Rscript",
"xelatex",
"biblatex",
"xelatex"
]
}
], "latex-workshop.latex.tools":[
{
"name": "Rscript",
"command": "Rscript",
"args": [
"-e",
"library(knitr); knit('%DOC%')",
],
"env": {}
}
],

%DOC%=%DOCFILE%,都是全名?vscode传递给xelatex的文件是"*.rnw.tex"

此处取文件名的变量${fileBasenameNoExtension}不能被识别!

使用LyX

直接使用模板即可。

以前常用LyX,后来发现还是不用这种可视化的比较好些,现在基本使用VS code编辑LaTeX。

示例文档

%最小的例子实现Latex-Knitr
%在Rstudio中,新建Rsweave文件并保存为.rnw
%complile PDF
% https://texblog.org/2013/08/20/rknitr-automatic-bibliography-generation-with-biblatex-in-rstudio/
\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}
\usepackage[backend=bibtex, sorting=none]{biblatex}
\bibliography{references} \begin{filecontents*}{references.bib}
@Manual{knitr2013,
title = {knitr: A general-purpose package for dynamic report
generation in R},
author = {Yihui Xie},
year = {2013},
note = {R package version 1.4.1},
url = {http://yihui.name/knitr/},
}
\end{filecontents*} \begin{document} \section*{Automatic biblatex bibliography generation in RStudio using knitr} <<setup, include=FALSE, cache=FALSE, echo=FALSE>>=
opts_chunk$set(fig.path='figures/plots-', fig.align='center', fig.show='hold', eval=TRUE, echo=TRUE)
options(replace.assign=TRUE,width=80)
Sys.setenv(TEXINPUTS=getwd(),
BIBINPUTS=getwd(),
BSTINPUTS=getwd())
@ <<sample-data-hist-and-box, out.width='0.48\\textwidth'>>=
sampleData <- rnorm(1000, 0,1)
hist(sampleData)
boxplot(sampleData)
@ This document was produced in RStudio using the knitr package \cite{knitr2013} by \url{http://texblog.org}. \printbibliography \end{document}

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