应用软件通常安装在/opt目录下,这样系统中的各个用户都能方便使用,下面的软件都将安装到/opt目录。

1,上传需要的软件包Amber12.tar.gz、AmberTools13.tar.bz2、Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz。

2,进入/opt目录,解压缩AmberTools、Amber到当前目录。

tar xvf ~/AmberTools13.tar.bz2

tar xvf ~/Amber12.tar.gz

3,在线更新,打补丁(需要联网)

cd /opt/amber12

export AMBERHOME=/opt/amber12/

./update_amber --update

若出现提示:

updater.py has found a patch to itself... I am quitting now so
future updates will apply with the fixed script. Run this script again to get all updates.

则再次运行 ./update_amber --update,直到所有补丁更新完毕。

4,安装串行版本

make clean

./configure intel

make install

make test  (测试,可能有几项测试提示失败,没关系)

5,安装并行版本

make clean

./configure –mpi intel

make install

export  DO_PARALLEL=‘mpirun –np 4’

make test  (测试,可能有几项测试提示失败,没关系)

6,安装GPU版本(单GPU)

make clean

./configure -cuda intel

make install

make test.cuda (测试,可能有几项测试提示失败,没关系)

7,安装GPU版本 (多GPU)

make clean

./configure –cuda –mpi intel

make install

export DO_PARALLEL='mpirun -np 2'

cd test

./test_amber_cuda_parallel.sh (测试,可能有几项测试提示失败,没关系)

8,设置环境变量,需要重新登陆后生效。

在/etc/profile文件末尾添加如下行:

export AMBERHOME=/opt/amber12
export PATH=$AMBERHOME/bin:$PATH

9,运行测试算例,验证正确安装

解压缩Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz

cd  Amber_GPU_Benchmark_Suite/PME/Cellulose_production_NVE

使用CPU版测试:

mpirun -np 20  $AMBERHOME/bin/pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

耗时:2856秒,ns/day:0.61。

使用单GPU版测试:

$AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

耗时:332秒,ns/day:5.22。

使用多GPU版测试:

mpirun -np 2  $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd

耗时:278秒,ns/day:6.20。

附软件下载链接(仅供测试使用):

链接: http://pan.baidu.com/s/1jG87CXK 密码: ljp7

搭建高性能计算环境(五)、应用软件的安装之Amber12的更多相关文章

  1. ubuntu通过apt-get方式搭建lnmp环境以及php扩展安装

    v 一直是在用的lnmp的集成安装包搭建lnmp环境,因为工作需要需要安装ldap扩展,在网上怎么都找不到源码安装包,只能卸载掉原来的lnmp环境,用ubuntu的php5-ldap扩展, 在安装中遇 ...

  2. 搭建高性能计算环境(九)、应用软件的安装之gaussian 09

    高斯软件一般使用的都是编译好的二进制版,所以解压缩后设置一下环境变量就可以用了. cd /opt tar xvf g09.tar.gz 设置环境变量,添加到/etc/profile文件中,重新登录后生 ...

  3. 搭建高性能计算环境(八)、应用软件的安装之gromacs

    1,下载安装新版本的gcc(高版本的gcc只是推荐使用的,系统自带的gcc4.4照样能正常编译.运行) wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/ ...

  4. 搭建高性能计算环境(六)、应用软件的安装之lammps

    1,上传需要的软件包lammps-stable.tar.gz. 2,解压缩并进入安装目录 tar xvf lammps-stable.tar.gz cd lammps-30Oct14 3,如果需要re ...

  5. 搭建高性能计算环境(四)、应用软件的安装之VASP

    1,将需要的软件包上传vasp.5.2.12.tar.gz.vasp.5.lib.tar.gz.benchmark.Hg.tar.gz. 2,创建vasp目录并解压软件包. mkdir /opt/va ...

  6. 搭建高性能计算环境(十)、应用软件的安装之Wien2k

    1,首先安装fftw .tar.gz cd fftw- ./configure --prefix=/opt/fftw- --enable-shared --enable-float --enable- ...

  7. 搭建高性能计算环境(七)、应用软件的安装之MS

    1,上传软件包MaterialsStudio70.tgz.msi_7.lic到服务器上. 2,安装ms一般会创建一个普通用户msi,软件安装在msi账号下. 创建用户msi: useradd msi ...

  8. Mac之OS系统下搭建JavaEE环境 <五> 之Mysql数据库的安装及配置

    这里将推荐两款 集成的Mysql环境 十分轻便好用,MAMP 和 XAMPP MAMP XAMPP 1.MAMP下载 官网: https://www.mamp.info/en/ 下载安装即可使用 MA ...

  9. 搭建高性能计算环境(一)、Linux操作系统的安装和配置

    一般课题组刚开始做计算,往往没有专门的集群,主要用自己的PC机.工作站或者买几台服务器来跑跑:小伙伴们摸索Linux的使用.编译一些开源软件.甚至写点Shell脚本需要耗费很多时间,耽搁了读文献.码论 ...

随机推荐

  1. RBStoryboardLink库的使用注意事项 -转载至--坤哥MartinLi博客

    RBStoryboardLink库的使用注意事项 demo下载:https://github.com/MartinLi841538513/RBStoryboardLinkDemo 操作步骤: 1,引入 ...

  2. 读取缓存模拟----FIFO

    本例是模拟缓存的存储和读取. 存储:使用一个Map来存放,key是文件名,值为缓存对象 读取:返回相应的key对应的缓存.(如果缓存被修改,就重新加载缓存,再从缓存Map中读取相应缓存) 测试类:每2 ...

  3. Package 'chkconfig' has no installation candidate

    Chkcofig不再适用于Ubuntu系统,可用类似的软件sysv-rc-conf进行替换: Chkconfig is no longer available in Ubuntu. Chkconfig ...

  4. [ActionScript 3.0] Away3D 官网实例

    /* Dynamic tree generation and placement in a night-time scene Demonstrates: How to create a height ...

  5. Servlet中的cookie和session

    保存数据的2中方式 Cookie Session Cookie 我们可以将一些信息保存到cookie中,cookie存放在对应的浏览器目录里面.每个站点可以保存20个cookie,最大长度不超过4k. ...

  6. 立体匹配:关于Middlebury提供的源码的简化后的结构

  7. [datatable]C# DataTable 如何排序

    DataTable dt = new DataTable(); dt.Columns.Add("ProductID", typeof(string)); dt.Columns.Ad ...

  8. Spring配置项<context:annotation-config/>说明

    配置applicationContext.xml时经常会看到: <context:annotation-config/> 它的作用是隐式地向Spring容器注册AutowiredAnnot ...

  9. 【转】windows和linux间共享互传文件

    原文:http://blog.guorunmin.cn/2015/09/16/windows%E5%92%8Clinux%E9%97%B4%E5%85%B1%E4%BA%AB%E4%BA%92%E4% ...

  10. 【原】dnsmasq小工具

    1.介绍 DNSmasq是一个轻巧的,容易使用的DNS服务工具,它可以应用在内部网和Internet连接的时候的IP地址NAT转换,也可以用做小型网络的DNS服务. 它可以提供如下几个实用的功能: 1 ...