搭建高性能计算环境(五)、应用软件的安装之Amber12
应用软件通常安装在/opt目录下,这样系统中的各个用户都能方便使用,下面的软件都将安装到/opt目录。
1,上传需要的软件包Amber12.tar.gz、AmberTools13.tar.bz2、Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz。
2,进入/opt目录,解压缩AmberTools、Amber到当前目录。
tar xvf ~/AmberTools13.tar.bz2
tar xvf ~/Amber12.tar.gz
3,在线更新,打补丁(需要联网)
cd /opt/amber12
export AMBERHOME=/opt/amber12/
./update_amber --update
若出现提示:
updater.py has found a patch to itself... I am quitting now so
future updates will apply with the fixed script. Run this script again to get all updates.
则再次运行 ./update_amber --update,直到所有补丁更新完毕。
4,安装串行版本
make clean
./configure intel
make install
make test (测试,可能有几项测试提示失败,没关系)
5,安装并行版本
make clean
./configure –mpi intel
make install
export DO_PARALLEL=‘mpirun –np 4’
make test (测试,可能有几项测试提示失败,没关系)
6,安装GPU版本(单GPU)
make clean
./configure -cuda intel
make install
make test.cuda (测试,可能有几项测试提示失败,没关系)
7,安装GPU版本 (多GPU)
make clean
./configure –cuda –mpi intel
make install
export DO_PARALLEL='mpirun -np 2'
cd test
./test_amber_cuda_parallel.sh (测试,可能有几项测试提示失败,没关系)
8,设置环境变量,需要重新登陆后生效。
在/etc/profile文件末尾添加如下行:
export AMBERHOME=/opt/amber12
export PATH=$AMBERHOME/bin:$PATH
9,运行测试算例,验证正确安装
解压缩Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz
cd Amber_GPU_Benchmark_Suite/PME/Cellulose_production_NVE
使用CPU版测试:
mpirun -np 20 $AMBERHOME/bin/pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd
耗时:2856秒,ns/day:0.61。
使用单GPU版测试:
$AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd
耗时:332秒,ns/day:5.22。
使用多GPU版测试:
mpirun -np 2 $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd
耗时:278秒,ns/day:6.20。
附软件下载链接(仅供测试使用):
链接: http://pan.baidu.com/s/1jG87CXK 密码: ljp7
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