默认情况下，筛选后excel表格进行复制粘贴，会贴到隐藏的表格。

可以添加两个辅助列来完成操作：
1、在筛选前在表格右边添加"辅助1"列,在第二行输入1,按Ctrl+鼠标左键往下拉到相应行。
2、执行你的"自动筛选"过程。
3、在右边再添加的一"辅助2"列,用鼠标选定该列所有行,输入1,按Ctrl+回车。（即在所有筛选结果行的该列增加一个1，其他被隐藏的行该列为空白）
4、退出筛选状态，将全表按"辅助2"列排序,你的筛选结果就集中在连续的行了,这时可将你复制的内容粘贴到表格里面去。
5、将全表按"辅助1"列排序，恢复原表的顺序，再删除最后添加的两个辅助列即可。

操作如图

附： Excel中复制含有隐藏单元格的区域时如何只复制可见单元格

用鼠标选定你要复制的数据范围，按Alt+; （或者点"编辑"->"定位",点"条件定位",选中"可见单元格",点"确定"，关闭），然后在所选数据上右键再执行"复制"，数据会变成选中状态，然后"粘贴"操作就可以了.切忌不可再选中数据了。

转自：

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