回归分析特征选择（包括Stepwise算法） python 实现
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Sat Aug 18 16:23:17 2018
@author: acadsoc
"""
import scipy
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.ensemble import RandomForestRegressor
from sklearn.cross_validation import cross_val_predict, cross_val_score, train_test_split
from sklearn.metrics import accuracy_score, roc_auc_score, r2_score
from sklearn.grid_search import RandomizedSearchCV
from sklearn.linear_model import Lasso, LassoCV, ElasticNet
from sklearn.pipeline import Pipeline
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from statsmodels.formula import api as smf
import sys
import os
plt.style.use('ggplot') # 设置ggplot2画图风格
# 根据不同平台设置其中文字体路径
if sys.platform == 'linux':
zh_font = matplotlib.font_manager.FontProperties(
fname='/path/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/matplotlib/mpl-data/fonts/ttf/STZHONGS.TTF')
else:
zh_font = matplotlib.font_manager.FontProperties(fname='C:\Windows\Fonts\STZHONGS.ttf') # 设置中文字体
# 根据不同平台设定工作目录
if sys.platform == 'linux':
os.chdir('path/jupyternb/ml/acadsoc/rollingRegression') # Linux path
else:
os.chdir('D:/Python/rollingRegression') # Windows path
class featureSelection():
'''
多元线性回归特征选择类。
参数
----
random_state : int，默认是None
随机种子。
属性
----
elasticnet_rs_best : model
弹性网络随机搜索最佳模型。
elasticnet_rs_feat_selected_ : dataframe
弹性网络随机搜索最佳模型选择的系数大于0的变量。
elasticnet_rs_R2_ : float
弹性网络随机搜索最佳模型Rsquared。
eln : model
弹性网络。
elasticnet_coef_ : dataframe
弹性网络系数。
elasticnet_feat_selected_ : list
弹性网络选择系数大于0的变量。
elasticnet_feat_ : float
弹性网络Rsquared。
rf_rs_best : model
随机森林随机搜索最佳模型。
rf_rs_feat_impo_ : dataframe
随机森林随机搜索变量重要性排序。
rf_rs_feat_selected_ : list
随机森林随机搜索累积重要性大于impo_cum_threshold的变量列表。
rf_rs_R2_ : float
随机森林随机搜索Rsquared。
rf_feat_impo_ : dataframe
随机森林变量重要性排序。
rf_feat_selected_ : list
随机森林累积重要性大于impo_cum_threshold的变量列表。
rf_R2_ : float
随机森林Rsquared。
stepwise_model : model
逐步回归模型。
'''
def __init__(self, random_state=None):
self.random_state = random_state # 随机种子
def elasticNetRandomSearch(self, df, cv=10, n_iter=1000, n_jobs=-1, intercept=True,
normalize=True):
'''
ElasticNet随机搜索，搜索最佳模型。
参数
----
df : dataframe
分析用数据框，response为第一列。
cv : int, 默认是10
交叉验证次数。
n_iter : int, 默认是1000
最大迭代次数。
n_jobs : int, 默认是-1
使用cpu线程数，默认为-1，表示所有线程。
intercept : bool, 默认是True
是否有截距项。
normalize : bool, 默认是True
是否将数据标准化。
'''
if normalize: # 如果需要标准化数据
df_std = StandardScaler().fit_transform(df)
df = pd.DataFrame(df_std, columns=df.columns, index=df.index)
X = df.iloc[:, 1:]
y = df.iloc[:, 0]
# X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=test_size, random_state=random_state)
eln = ElasticNet(fit_intercept=intercept)
param_rs = {'alpha' : scipy.stats.expon(loc=0, scale=1), # 模型需搜索的参数
'l1_ratio' : scipy.stats.uniform(loc=0, scale=1)}
elasticnet_rs = RandomizedSearchCV(eln, # 建立随机搜索
param_distributions=param_rs,
scoring='r2',
cv=cv,
n_iter=n_iter,
n_jobs=n_jobs)
elasticnet_rs.fit(X, y) # 模型训练
# 用最佳模型进行变量筛选变量、系数
self.elasticnet_rs_best = ElasticNet(alpha=elasticnet_rs.best_params_['alpha'],
l1_ratio = elasticnet_rs.best_params_['l1_ratio'])
self.elasticnet_rs_best.fit(X, y)
coef = pd.DataFrame(self.elasticnet_rs_best.coef_, index=df.columns[1:],
columns=['系数']).sort_values(by='系数', axis=0, ascending=False)
self.elasticnet_rs_feat_selected_ = coef[coef > 0].dropna(axis=1).columns
self.elasticnet_rs_R2_ = 1 - np.mean((y.values.reshape(-1,1) -
self.elasticnet_rs_best.predict(X).reshape(-1,1)) ** 2) / np.var(y)
return self
def elasticNetFeatureSelectPlot(self, df, l1_ratio=.7, normalize=True, intercept=True,
plot_width=12, plot_height=5, xlim_exp=[-5, 1], ylim=[-1, 1]):
'''
绘制ElasticNet正则化效果图。
参数
----
df : dataframe
分析用数据框，response为第一列。
l1_ratio : float, 默认是0.7
l1正则化率。
normalize : bool, 默认是True
是否将数据标准化。
intercept : bool, 默认是True
回归方程是否有常数项。
plot_width : int, 默认是12
画板宽度。
plot_height : int, 默认是5
画板高度。
xlim_exp : list, 默认是[-5, 1]
x轴显示指数取值范围。
ylim : list, 默认是[-1, 1]
y轴显示取值范围。
'''
if normalize: # 如果需要标准化数据
df_std = StandardScaler().fit_transform(df)
df = pd.DataFrame(df_std, columns=df.columns, index=df.index)
X = df.iloc[:, 1:]
y = df.iloc[:, 0]
plt.figure(figsize=(plot_width, plot_height))
ax = plt.subplot(111)
colors = ['blue', 'green', 'red', 'cyan', 'magenta', 'yellow', 'black', 'pink', 'lightgreen',
'lightblue', 'gray', 'indigo', 'orange', 'seagreen', 'gold', 'purple']
weights, params = [], []
for alpha in np.arange(-5, 1, 0.1, dtype=float):
eln = ElasticNet(alpha=10 ** alpha, l1_ratio=l1_ratio, random_state=123,
fit_intercept=intercept)
eln.fit(X, y)
weights.append(eln.coef_)
params.append(10 ** alpha)
weights = np.array(weights)
for column, color in zip(range(weights.shape[1]), colors):
plt.plot(params, weights[:, column], label=df.columns[column + 1], color=color)
plt.axhline(0, color='black', linestyle='--', linewidth=3)
plt.xlim(10 ** xlim_exp[0], 10 ** xlim_exp[1])
plt.ylim(ylim)
plt.title('弹性网络变量选择图', fontproperties=zh_font)
plt.ylabel('权重系数', fontproperties=zh_font)
plt.xlabel('$alpha$')
plt.xscale('log')
plt.xticks(10 ** np.arange(xlim_exp[0], xlim_exp[1], dtype=float),
10 ** np.arange(xlim_exp[0], xlim_exp[1], dtype=float))
plt.legend(loc='best', prop=zh_font)
ax.legend(prop=zh_font)
#plt.grid()
plt.show()
return self
''''''
def elasticNet(self, df, feat_selected=None, alpha=1, l1_ratio=.7, intercept=True, normalize=False):
'''
ElasticNet回归分析。
参数
----
df : dataframe
分析用数据框，response为第一列。
alpha : float, 默认是1
alpha。
l1_ratio : float, 默认是0.7
l1正则化率。
intercept : bool, 默认是True
是否有截距项。
normalize : bool, 默认是True
是否将数据标准化。
'''
if normalize: # 如果需要标准化数据
df_std = StandardScaler().fit_transform(df)
df = pd.DataFrame(df_std, columns=df.columns, index=df.index)
if feat_selected is not None: # 如果输入了选择好的变量
X = df[feat_selected]
else:
X = df.iloc[:, 1:]
y = df.iloc[:, 0]
self.eln = ElasticNet(alpha=alpha, l1_ratio=l1_ratio, fit_intercept=intercept)
self.eln.fit(X, y) # 模型训练
# 变量、系数，R2
self.elasticnet_coef_ = pd.DataFrame(self.eln.coef_, index = X.columns,
columns=['系数']).sort_values(by='系数', ascending=False)
self.elasticnet_feat_selected_ = self.elasticnet_coef_[self.elasticnet_coef_ > 0].dropna(axis=0).index
self.elasticnet_R2_ = 1 - np.mean((y.values.reshape(-1,1) -
self.eln.predict(X).reshape(-1,1)) ** 2) / np.var(y)
return self
def featureBarhPlot(self, df_coef, figsize=(12, 6)):
'''
画特征条形图（纵向排列）。
参数
----
df_coef : dataframe
特征系数（重要性）数据框。
fitsize : tuple, 默认是(12, 6)
画布宽高。
'''
coef = df_coef.sort_values(by=df_coef.columns[0], axis=0, ascending=True)
plt.figure(figsize=figsize)
y_label = np.arange(len(coef))
plt.barh(y_label, coef.iloc[:, 0])
plt.yticks(y_label, coef.index, fontproperties=zh_font)
for i in np.arange(len(coef)):
if coef.iloc[i, 0] >= 0:
dist = 0.003 * coef.iloc[:, 0].max()
else:
dist = -0.02 * coef.iloc[:, 0].max()
plt.text(coef.iloc[i, 0] + dist, i - 0.2, '%.3f' % coef.iloc[i, 0], fontproperties=zh_font)
# plt.grid()
plt.ylabel('特征', fontproperties=zh_font)
plt.xlabel('特征系数', fontproperties=zh_font)
plt.title('特征系数条形图', fontproperties=zh_font)
plt.legend(prop=zh_font)
plt.show()
def randomForestRandomSearch(self, df, cv=10, n_iter=100, n_jobs=-1, impo_cum_threshold=.85,
normalize=True):
'''
RandomForest随机搜索，搜索最佳模型。
参数
----
df : dataframe
分析用数据框，response为第一列。
cv : int, 默认是10
交叉验证次数。
n_iter : int, 默认是100
最大迭代次数。
n_jobs : int, 默认是-1
使用cpu线程数，默认为-1，表示所有线程。
impo_cum_threshold : float, 默认是0.85
按累积重要性选择变量阈值。
normalize : bool, 默认是True
是否将数据标准化。
'''
if normalize: # 如果需要标准化数据
df_std = StandardScaler().fit_transform(df)
df = pd.DataFrame(df_std, columns=df.columns, index=df.index)
X = df.iloc[:, 1:]
y = df.iloc[:, 0]
# X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=test_size, random_state=random_state)
rf = RandomForestRegressor()
param_rs = {'n_estimators' : np.arange(1, 500), # 模型需搜索的参数
'max_features' : np.arange(1, X.shape[1] + 1)}
rf_rs = RandomizedSearchCV(rf, # 建立随机搜索
param_distributions=param_rs,
scoring='r2',
cv=cv,
n_iter=n_iter,
n_jobs=n_jobs)
rf_rs.fit(X, y) # 模型训练
# 用最佳模型进行变量筛选变量、系数
self.rf_rs_best = RandomForestRegressor(n_estimators=rf_rs.best_params_['n_estimators'],
max_features=rf_rs.best_params_['max_features'])
self.rf_rs_best.fit(X, y)
self.rf_rs_feat_impo_ = pd.DataFrame(self.rf_rs_best.feature_importances_, index = df.columns[1:],
columns=['系数']).sort_values(by='系数', axis=0, ascending=False)
n = 0
for i, v in enumerate(self.rf_rs_feat_impo_.values.cumsum()):
if v >= impo_cum_threshold:
n = i
break
self.rf_rs_feat_selected_ = self.rf_rs_feat_impo_.index[:n+1]
self.rf_rs_R2_ = 1 - np.mean((y.values.reshape(-1,1) - \
self.rf_rs_best.predict(X).reshape(-1,1)) ** 2) / np.var(y)
return self
def randomForest(self, df, feat_selected=None, impo_cum_threshold=.85,
n_estimators=100, max_features='auto', normalize=False):
'''
Randomforest回归分析。
参数
----
df : dataframe
分析用数据框，response为第一列。
feat_selected : list, 默认是None
选择的特征。
impo_cum_threshold : float, 默认是0.85
按累积重要性选择变量阈值。
n_estimators : int, 默认是100
森林含树数。
max_features : int, 默认是'auto'
每课时最大选择特征数。
normalize : bool, 默认是True
是否将数据标准化。
'''
if normalize: # 如果需要标准化数据
df_std = StandardScaler().fit_transform(df)
df = pd.DataFrame(df_std, columns=df.columns, index=df.index)
if feat_selected is not None: # 如果输入了选择好的变量
X = df[feat_selected]
else:
X = df.iloc[:, 1:]
y = df.iloc[:, 0]
self.rf = RandomForestRegressor(n_estimators=n_estimators, max_features=max_features)
self.rf.fit(X, y) # 模型训练
# 变量、系数，R2
self.rf_feat_impo_ = pd.DataFrame(self.rf.feature_importances_, index = X.columns,
columns=['系数']).sort_values(by='系数', ascending=False)
n = 0
for i, v in enumerate(self.rf_feat_impo_.values.cumsum()):
if v >= impo_cum_threshold:
n = i
break
self.rf_feat_selected_ = self.rf_feat_impo_.index[:n+1]
self.rf_R2_ = 1 - np.mean((y.values.reshape(-1,1) - self.rf.predict(X).reshape(-1,1)) ** 2) / np.var(y)
return self
def stepwise(self, df, response, intercept=True, normalize=False, criterion='bic',
f_pvalue_enter=.05, p_value_enter=.05, direction='backward', show_step=True,
criterion_enter=None, criterion_remove=None,max_iter=200, **kw):
'''
逐步回归。
参数
----
df : dataframe
分析用数据框，response为第一列。
response : str
回归分析相应变量。
intercept : bool, 默认是True
模型是否有截距项。
criterion : str, 默认是'bic'
逐步回归优化规则。
f_pvalue_enter : float, 默认是.05
当选择criterion=’ssr‘时，模型加入或移除变量的f_pvalue阈值。
p_value_enter : float, 默认是.05
当选择derection=’both‘时，移除变量的pvalue阈值。
direction : str, 默认是'backward'
逐步回归方向。
show_step : bool, 默认是True
是否显示逐步回归过程。
criterion_enter : float, 默认是None
当选择derection=’both‘或'forward'时，模型加入变量的相应的criterion阈值。
criterion_remove : float, 默认是None
当选择derection='backward'时，模型移除变量的相应的criterion阈值。
max_iter : int, 默认是200
模型最大迭代次数。
'''
criterion_list = ['bic', 'aic', 'ssr', 'rsquared', 'rsquared_adj']
if criterion not in criterion_list:
raise IOError('请输入正确的criterion, 必须是以下内容之一：', '\n', criterion_list)
direction_list = ['backward', 'forward', 'both']
if direction not in direction_list:
raise IOError('请输入正确的direction, 必须是以下内容之一：', '\n', direction_list)
# 默认p_enter参数
p_enter = {'bic':0.0, 'aic':0.0, 'ssr':0.05, 'rsquared':0.05, 'rsquared_adj':-0.05}
if criterion_enter: # 如果函数中对p_remove相应key传参，则变更该参数
p_enter[criterion] = criterion_enter
# 默认p_remove参数
p_remove = {'bic':0.01, 'aic':0.01, 'ssr':0.1, 'rsquared':0.05, 'rsquared_adj':-0.05}
if criterion_remove: # 如果函数中对p_remove相应key传参，则变更该参数
p_remove[criterion] = criterion_remove
if normalize: # 如果需要标准化数据
intercept = False # 截距强制设置为0
df_std = StandardScaler().fit_transform(df)
df = pd.DataFrame(df_std, columns=df.columns, index=df.index)
''' forward '''
if direction == 'forward':
remaining = list(df.columns) # 自变量集合
remaining.remove(response)
selected = [] # 初始化选入模型的变量列表
# 初始化当前评分,最优新评分
if intercept: # 是否有截距
formula = "{} ~ {} + 1".format(response, remaining[0])
else:
formula = "{} ~ {} - 1".format(response, remaining[0])
result = smf.ols(formula, df).fit() # 最小二乘法回归模型拟合
current_score = eval('result.' + criterion)
best_new_score = eval('result.' + criterion)
if show_step:
print('\nstepwise starting:\n')
iter_times = 0
# 当变量未剔除完，并且当前评分更新时进行循环
while remaining and (current_score == best_new_score) and (iter_times<max_iter):
scores_with_candidates = [] # 初始化变量以及其评分列表
for candidate in remaining: # 在未剔除的变量中每次选择一个变量进入模型，如此循环
if intercept: # 是否有截距
formula = "{} ~ {} + 1".format(response, ' + '.join(selected + [candidate]))
else:
formula = "{} ~ {} - 1".format(response, ' + '.join(selected + [candidate]))
result = smf.ols(formula, df).fit() # 最小二乘法回归模型拟合
fvalue = result.fvalue
f_pvalue = result.f_pvalue
score = eval('result.' + criterion)
scores_with_candidates.append((score, candidate, fvalue, f_pvalue)) # 记录此次循环的变量、评分列表
if criterion == 'ssr': # 这几个指标取最小值进行优化
scores_with_candidates.sort(reverse=True) # 对评分列表进行降序排序
best_new_score, best_candidate, best_new_fvalue, best_new_f_pvalue = scores_with_candidates.pop() # 提取最小分数及其对应变量
if ((current_score - best_new_score) > p_enter[criterion]) and (best_new_f_pvalue < f_pvalue_enter): # 如果当前评分大于最新评分
remaining.remove(best_candidate) # 从剩余未评分变量中剔除最新最优分对应的变量
selected.append(best_candidate) # 将最新最优分对应的变量放入已选变量列表
current_score = best_new_score # 更新当前评分
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, SSR = %.3f, Fstat = %.3f, FpValue = %.3e' %
(best_candidate, best_new_score, best_new_fvalue, best_new_f_pvalue))
elif (current_score - best_new_score) >= 0 and (best_new_f_pvalue < f_pvalue_enter) and iter_times == 0: # 当评分差大于等于0，且为第一次迭代
remaining.remove(best_candidate)
selected.append(best_candidate)
current_score = best_new_score
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (best_candidate, criterion, best_new_score))
elif (best_new_f_pvalue < f_pvalue_enter) and iter_times == 0: # 当评分差小于p_enter，且为第一次迭代
selected.append(remaining[0])
remaining.remove(remaining[0])
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (remaining[0], criterion, best_new_score))
elif criterion in ['bic', 'aic']: # 这几个指标取最小值进行优化
scores_with_candidates.sort(reverse=True) # 对评分列表进行降序排序
best_new_score, best_candidate, best_new_fvalue, best_new_f_pvalue = scores_with_candidates.pop() # 提取最小分数及其对应变量
if (current_score - best_new_score) > p_enter[criterion]: # 如果当前评分大于最新评分
remaining.remove(best_candidate) # 从剩余未评分变量中剔除最新最优分对应的变量
selected.append(best_candidate) # 将最新最优分对应的变量放入已选变量列表
current_score = best_new_score # 更新当前评分
#print(iter_times)
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (best_candidate, criterion, best_new_score))
elif (current_score - best_new_score) >= 0 and iter_times == 0: # 当评分差大于等于0，且为第一次迭代
remaining.remove(best_candidate)
selected.append(best_candidate)
current_score = best_new_score
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (best_candidate, criterion, best_new_score))
elif iter_times == 0: # 当评分差小于p_enter，且为第一次迭代
selected.append(remaining[0])
remaining.remove(remaining[0])
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (remaining[0], criterion, best_new_score))
else:
scores_with_candidates.sort()
best_new_score, best_candidate, best_new_fvalue, best_new_f_pvalue = scores_with_candidates.pop()
if (best_new_score - current_score) > p_enter[criterion]:
remaining.remove(best_candidate)
selected.append(best_candidate)
current_score = best_new_score
print(iter_times, flush=True)
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (best_candidate, criterion, best_new_score))
elif (best_new_score - current_score) >= 0 and iter_times == 0: # 当评分差大于等于0，且为第一次迭代
remaining.remove(best_candidate)
selected.append(best_candidate)
current_score = best_new_score
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (best_candidate, criterion, best_new_score))
elif iter_times == 0: # 当评分差小于p_enter，且为第一次迭代
selected.append(remaining[0])
remaining.remove(remaining[0])
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (remaining[0], criterion, best_new_score))
iter_times += 1
if intercept: # 是否有截距
formula = "{} ~ {} + 1".format(response, ' + '.join(selected))
else:
formula = "{} ~ {} - 1".format(response, ' + '.join(selected))
self.stepwise_model = smf.ols(formula, df).fit() # 最优模型拟合
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('\nLinear regression model:', '\n ', self.stepwise_model.model.formula)
print('\n', self.stepwise_model.summary())
''' backward '''
if direction == 'backward':
remaining, selected = set(df.columns), set(df.columns) # 自变量集合
remaining.remove(response)
selected.remove(response) # 初始化选入模型的变量列表
# 初始化当前评分,最优新评分
if intercept: # 是否有截距
formula = "{} ~ {} + 1".format(response, ' + '.join(selected))
else:
formula = "{} ~ {} - 1".format(response, ' + '.join(selected))
result = smf.ols(formula, df).fit() # 最小二乘法回归模型拟合
current_score = eval('result.' + criterion)
worst_new_score = eval('result.' + criterion)
if show_step:
print('\nstepwise starting:\n')
iter_times = 0
# 当变量未剔除完，并且当前评分更新时进行循环
while remaining and (current_score == worst_new_score) and (iter_times<max_iter):
scores_with_eliminations = [] # 初始化变量以及其评分列表
for elimination in remaining: # 在未剔除的变量中每次选择一个变量进入模型，如此循环
if intercept: # 是否有截距
formula = "{} ~ {} + 1".format(response, ' + '.join(selected - set(elimination)))
else:
formula = "{} ~ {} - 1".format(response, ' + '.join(selected - set(elimination)))
result = smf.ols(formula, df).fit() # 最小二乘法回归模型拟合
fvalue = result.fvalue
f_pvalue = result.f_pvalue
score = eval('result.' + criterion)
scores_with_eliminations.append((score, elimination, fvalue, f_pvalue)) # 记录此次循环的变量、评分列表
if criterion == 'ssr': # 这几个指标取最小值进行优化
scores_with_eliminations.sort(reverse=False) # 对评分列表进行降序排序
worst_new_score, worst_elimination, worst_new_fvalue, worst_new_f_pvalue = scores_with_eliminations.pop() # 提取最小分数及其对应变量
if ((worst_new_score - current_score) < p_remove[criterion]) and (worst_new_f_pvalue < f_pvalue_enter): # 如果当前评分大于最新评分
remaining.remove(worst_elimination) # 从剩余未评分变量中剔除最新最优分对应的变量
selected.remove(worst_elimination) # 从已选变量列表中剔除最新最优分对应的变量
current_score = worst_new_score # 更新当前评分
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Removing %s, SSR = %.3f, Fstat = %.3f, FpValue = %.3e' %
(worst_elimination, worst_new_score, worst_new_fvalue, worst_new_f_pvalue))
elif criterion in ['bic', 'aic']: # 这几个指标取最小值进行优化
scores_with_eliminations.sort(reverse=False) # 对评分列表进行降序排序
worst_new_score, worst_elimination, worst_new_fvalue, worst_new_f_pvalue = scores_with_eliminations.pop() # 提取最小分数及其对应变量
if (worst_new_score - current_score) < p_remove[criterion]: # 如果评分变动不显著
remaining.remove(worst_elimination) # 从剩余未评分变量中剔除最新最优分对应的变量
selected.remove(worst_elimination) # 从已选变量列表中剔除最新最优分对应的变量
current_score = worst_new_score # 更新当前评分
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Removing %s, %s = %.3f' % (worst_elimination, criterion, worst_new_score))
else:
scores_with_eliminations.sort(reverse=True)
worst_new_score, worst_elimination, worst_new_fvalue, worst_new_f_pvalue = scores_with_eliminations.pop()
if (current_score - worst_new_score) < p_remove[criterion]:
remaining.remove(worst_elimination)
selected.remove(worst_elimination)
current_score = worst_new_score
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Removing %s, %s = %.3f' % (worst_elimination, criterion, worst_new_score))
iter_times += 1
if intercept: # 是否有截距
formula = "{} ~ {} + 1".format(response, ' + '.join(selected))
else:
formula = "{} ~ {} - 1".format(response, ' + '.join(selected))
self.stepwise_model = smf.ols(formula, df).fit() # 最优模型拟合
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('\nLinear regression model:', '\n ', self.stepwise_model.model.formula)
print('\n', self.stepwise_model.summary())
''' both '''
if direction == 'both':
remaining = list(df.columns) # 自变量集合
remaining.remove(response)
selected = [] # 初始化选入模型的变量列表
# 初始化当前评分,最优新评分
if intercept: # 是否有截距
formula = "{} ~ {} + 1".format(response, remaining[0])
else:
formula = "{} ~ {} - 1".format(response, remaining[0])
result = smf.ols(formula, df).fit() # 最小二乘法回归模型拟合
current_score = eval('result.' + criterion)
best_new_score = eval('result.' + criterion)
if show_step:
print('\nstepwise starting:\n')
# 当变量未剔除完，并且当前评分更新时进行循环
iter_times = 0
while remaining and (current_score == best_new_score) and (iter_times<max_iter):
scores_with_candidates = [] # 初始化变量以及其评分列表
for candidate in remaining: # 在未剔除的变量中每次选择一个变量进入模型，如此循环
if intercept: # 是否有截距
formula = "{} ~ {} + 1".format(response, ' + '.join(selected + [candidate]))
else:
formula = "{} ~ {} - 1".format(response, ' + '.join(selected + [candidate]))
result = smf.ols(formula, df).fit() # 最小二乘法回归模型拟合
fvalue = result.fvalue
f_pvalue = result.f_pvalue
score = eval('result.' + criterion)
scores_with_candidates.append((score, candidate, fvalue, f_pvalue)) # 记录此次循环的变量、评分列表
if criterion == 'ssr': # 这几个指标取最小值进行优化
scores_with_candidates.sort(reverse=True) # 对评分列表进行降序排序
best_new_score, best_candidate, best_new_fvalue, best_new_f_pvalue = scores_with_candidates.pop() # 提取最小分数及其对应变量
if ((current_score - best_new_score) > p_enter[criterion]) and (best_new_f_pvalue < f_pvalue_enter): # 如果当前评分大于最新评分
remaining.remove(best_candidate) # 从剩余未评分变量中剔除最新最优分对应的变量
selected.append(best_candidate) # 将最新最优分对应的变量放入已选变量列表
current_score = best_new_score # 更新当前评分
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, SSR = %.3f, Fstat = %.3f, FpValue = %.3e' %
(best_candidate, best_new_score, best_new_fvalue, best_new_f_pvalue))
elif (current_score - best_new_score) >= 0 and (best_new_f_pvalue < f_pvalue_enter) and iter_times == 0: # 当评分差大于等于0，且为第一次迭代
remaining.remove(best_candidate)
selected.append(best_candidate)
current_score = best_new_score
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (best_candidate, criterion, best_new_score))
elif (best_new_f_pvalue < f_pvalue_enter) and iter_times == 0: # 当评分差小于p_enter，且为第一次迭代
selected.append(remaining[0])
remaining.remove(remaining[0])
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (remaining[0], criterion, best_new_score))
elif criterion in ['bic', 'aic']: # 这几个指标取最小值进行优化
scores_with_candidates.sort(reverse=True) # 对评分列表进行降序排序
best_new_score, best_candidate, best_new_fvalue, best_new_f_pvalue = scores_with_candidates.pop() # 提取最小分数及其对应变量
if (current_score - best_new_score) > p_enter[criterion]: # 如果当前评分大于最新评分
remaining.remove(best_candidate) # 从剩余未评分变量中剔除最新最优分对应的变量
selected.append(best_candidate) # 将最新最优分对应的变量放入已选变量列表
current_score = best_new_score # 更新当前评分
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (best_candidate, criterion, best_new_score))
elif (current_score - best_new_score) >= 0 and iter_times == 0: # 当评分差大于等于0，且为第一次迭代
remaining.remove(best_candidate)
selected.append(best_candidate)
current_score = best_new_score
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (best_candidate, criterion, best_new_score))
elif iter_times == 0: # 当评分差小于p_enter，且为第一次迭代
selected.append(remaining[0])
remaining.remove(remaining[0])
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (remaining[0], criterion, best_new_score))
else:
scores_with_candidates.sort()
best_new_score, best_candidate, best_new_fvalue, best_new_f_pvalue = scores_with_candidates.pop()
if (best_new_score - current_score) > p_enter[criterion]: # 当评分差大于p_enter
remaining.remove(best_candidate)
selected.append(best_candidate)
current_score = best_new_score
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (best_candidate, criterion, best_new_score))
elif (best_new_score - current_score) >= 0 and iter_times == 0: # 当评分差大于等于0，且为第一次迭代
remaining.remove(best_candidate)
selected.append(best_candidate)
current_score = best_new_score
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (best_candidate, criterion, best_new_score))
elif iter_times == 0: # 当评分差小于p_enter，且为第一次迭代
selected.append(remaining[0])
remaining.remove(remaining[0])
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Adding %s, %s = %.3f' % (remaining[0], criterion, best_new_score))
if intercept: # 是否有截距
formula = "{} ~ {} + 1".format(response, ' + '.join(selected))
else:
formula = "{} ~ {} - 1".format(response, ' + '.join(selected))
result = smf.ols(formula, df).fit() # 最优模型拟合
if iter_times >= 1: # 当第二次循环时判断变量的pvalue是否达标
if result.pvalues.max() > p_value_enter:
var_removed = result.pvalues[result.pvalues == result.pvalues.max()].index[0]
p_value_removed = result.pvalues[result.pvalues == result.pvalues.max()].values[0]
selected.remove(result.pvalues[result.pvalues == result.pvalues.max()].index[0])
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('Removing %s, Pvalue = %.3f' % (var_removed, p_value_removed))
iter_times += 1
if intercept: # 是否有截距
formula = "{} ~ {} + 1".format(response, ' + '.join(selected))
else:
formula = "{} ~ {} - 1".format(response, ' + '.join(selected))
self.stepwise_model = smf.ols(formula, df).fit() # 最优模型拟合
if show_step: # 是否显示逐步回归过程
print('\nLinear regression model:', '\n ', self.stepwise_model.model.formula)
print('\n', self.stepwise_model.summary())
# 最终模型选择的变量
if intercept:
self.stepwise_feat_selected_ = list(self.stepwise_model.params.index[1:])
else:
self.stepwise_feat_selected_ = list(self.stepwise_model.params.index)
return self
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