使用Cytoscape画PPI网络图
打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件
File ----> Import ----> Network from File
会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:
选中string_interactions.tsv文件,点击打开,导入文件,结果如下图所示。
点击OK,弹出如下视图,ctrl+A选中所有基因节点
使用NetworkAnalyzer分析调整网络图
Tools ---> NetworkAnalyzer ---> Network Analysis ---> Analyze Network
弹出如下跳选框
选择Treat the network as undirected,点击ok
最终生成下图网络
使用Cytoscape画PPI网络图的更多相关文章
- 用 Graphviz画神经网络图
用 Graphviz . 以下代码提供一个例子, 具体使用时做简单修改即可. digraph G { rankdir=LR splines=line nodesep=.05; node [label= ...
- nsfocus-笔试题
1.描述sendmail原理及通讯机制 sendmail程序接受到待发邮件后,通过关键字@判断邮件的格式是否符合要求,匹配成功后提取邮件后缀域名信息并查询DNS数据库相关MX(邮件专用)记录,若有匹配 ...
- 使用 R 语言挖掘 QQ 群聊天记录
1.获取数据 从 QQ 消息管理器中导出消息记录,保存的文本类型选择 txt 文件.这里获取的是某群从 2016-04-18 到 2016-05-07 期间的聊天记录,记录样本如下所示. 消息记录(此 ...
- Spark GraphX 的数据可视化
概述 Spark GraphX 本身并不提供可视化的支持, 我们通过第三方库 GraphStream 和 Breeze 来实现这一目标 详细 代码下载:http://www.demodashi.com ...
- PageRank 算法-Google 如何给网页排名
公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 在互联网早期,随着网络上的网页逐渐增多,如何从海量网页中检索出我们想要的页面,变得非常的重要. 当时著名的雅虎 ...
- 用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape
igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytosca ...
- 使用R的networkD3包画可交互的网络图
d3network包code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs & ...
- R画网络图
R 画网络图 目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) ...
- 利用cytoscape做网络图
首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 n ...
随机推荐
- 如何加快MyEclipse的启动速度
学习java开发的朋友对Myeclipse应该不陌生,MyEclipse企业级工作平台(MyEclipseEnterprise Workbench ,简称MyEclipse)是对EclipseIDE的 ...
- vuecli3 运行报错
Microsoft Windows [版本 6.1.7601]版权所有 (c) 2009 Microsoft Corporation.保留所有权利. C:\Users\Administrator\De ...
- tomcat部署去掉项目名称
1.在tomcat下的conf路径找到server.xml文件. 2.找到Host如图 <Host name="localhost" appBase="webapp ...
- Excel 2007 打开 UTF-8 编码 CSV 文件的乱码BUG
http://blog.sina.com.cn/s/blog_6c3b65fd01018dgq.html 打开UTF-8编码的CSV方法: 1) 打开Excel 2007 2) 执行“数据”-> ...
- form表单中name和id区别
HTML文本是由HTML命令组成的描述性文本,HTML命令可以说明文字.图形.动画.声音.表格.链接等.HTML的结构包括头部(Head).主体(Body)两大部分,其中头部描述浏览器所需的信息,而主 ...
- 第14篇 PSR-3规范(日志)
1. Specification 1.1 Basics The LoggerInterface exposes eight methods to write logs to the eight RFC ...
- 【转】在Linux下使用Jmeter执行测试任务
想在Linux下运行jmeter必须先安装jdk,安装步骤如下: (1).下载一个linux可用的jdk包(比如:jdk-6u45-linux-i586.bin), (2).然后将jdk-6u45-l ...
- thinkphp中的session的使用和理解!
session的作用:session可以长时间的保存数据,不丢失. session的常用于: 1.登录,保存登录信息 2.保存购物车信息 3.保存验证码信息 定义session常量 define('W ...
- from表单
构建一个表单 假设你想在你的网站上创建一个简单的表单,以获得用户的名字.你需要类似这样的模板: 1 2 3 4 5 <form action="/your-name/" me ...
- python开发初识函数:函数定义,返回值,参数
一,函数的定义 1,函数mylen叫做函数名 #函数名 #必须由字母下划线数字组成,不能是关键字,不能是数字开头 #函数名还是要有一定的意义能够简单说明函数的功能 2,def是关键字 (define) ...