1]

  1. gmx插入分子[ -f [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -ci [<.gro / .g96 / ...>] ]
  2. [ -ip [<.dat>] ] [ - n [<.ndx>] ] [ -o [<.gro / .g96 / ...>] ]
  3. [ -replace <选择> ] [ -sf <文件> ] [ -selrpos <枚举> ]
  4. [ -box < vector> ] [ -nmol <int> ] [ -try <int> ] [ -seed <int> ]
  5. [ -radius <真实> ] [-scale <real> ] [ -dr <vector> ]
  6. [ -rot <enum> ]

描述

gmx insert-molecules插入输入文件中-nmol指定的系统的副本-ci。插入发生在给出的溶质构象的空白空间中-f,或者发生在给出的空盒中-box。同时指定-f 和的-box行为类似于-f,但是在插入之前在溶质周围放置一个新框。存在的任何速度都将被丢弃。

也可以插入溶剂化构型并用插入的原子代替溶剂原子。为此,用于 -replace指定标识可被替换原子的选择。该工具假定此选择中的所有分子均由单个残基组成:与该插入分子重叠的该选择中的每个残基都将被去除,而不是阻止插入。

默认情况下,插入位置是随机的(初始种子由指定-seed)。程序反复进行,直到-nmol 分子已插入框中。如果存在的原子与所插入分子的任何原子之间的距离小于两个原子的范德华半径之和,则不插入分子。vdwradii.dat程序读取范德华半径的数据库(),并且将所得到的半径缩放为-scale。如果在数据库中未找到半径,则将这些原子分配给(预先缩放的)距离-radius

放弃之前,总共进行了-nmol*次-try插入尝试。-try如果您要填补几个小漏洞,请增加。Option -rot指定插入分子在插入尝试之前是否随机取向。

或者,分子只能插入在position.dat(-ip)中定义的位置。该文件应具有3列(x,y,z),该列给出与输入分子位置(-ci)相比较的位移。因此,如果该文件应包含绝对位置,则在使用之前(例如,来自gmx editconf),分子必须以(0,0,0)为中心 。该文件中以#开头的注释将被忽略。选项 定义了插入试验期间的最大允许位移。 并以默认模式运行(请参见上文)。gmx insert-molecules -center-dr-try-rot

选项

指定输入文件的选项:

-f [<.gro / .g96 /…>](protein.gro)(可选)
现有的配置插入到:GROG96PDB BRK耳鼻喉科ESP TPR
-ci [<.gro / .g96 /…>](insert.gro)
配置插入:GROG96PDB BRK耳鼻喉科ESP TPR
-ip [<.dat>](positions.dat)(可选)
预定义的插入试验位置
-n [<.ndx>](index.ndx)(可选)
额外索引组

指定输出文件的选项:

-o [<.gro / .g96 /…>](out.gro)
插入后的输出配置:grog96pdb brk ent esp

其他选项:

-replace <选择>
重叠时可以去除的原子
-sf <文件>
提供文件中的选择
-selrpos <枚举>(原子)
选择参考位置:atom,res_com,res_cog,mol_com,mol_cog,whole_res_com,whole_res_cog,whole_mol_com,whole_mol_cog,part_res_com,part_res_cog,part_mol_com,part_mol_cog,dyn_res_com,dyn_res_cog,dyndres_comg,dyn_res_cog,
-box <向量>(0 0 0)
包装盒尺寸(单位:nm)
-nmol <int>(0)
要插入的额外分子数
-try <int>(10)
尝试插入-nmol-try
-seed <int>(0)
随机生成器种子(0表示生成)
-radius <真实>(0.105)
默认范德华距离
-scale <真实>(0.57)
在share / gromacs / top / vdwradii.dat中从数据库乘以范德华半径的比例因子。默认值为0.57,则水中蛋白质的密度接近1000 g / l。
-dr <向量>(0 0 0)
允许从-ip文件位置以x / y / z位移
-rot <枚举>(xyz)
随机旋转插入的分子:xyz,z,无
2] genbox-->insert-molecules && solvate
OLD:
genbox -cp box.gro -ci met.gro -nmol 299 -o in.gro
genbox -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-b4ion.gro
NEW:
gmx insert-molecules -ci melamine_GMX.gro -nmol 5 -box 5.5 5.5 5.5 -o box.gro   ;insert **.gro into a  Blank box
gmx_mpi insert-molecules -f box.gro -ci met.gro -nmol 299 -o in.gro    ;insert **.gro into an existing box
gmx solvate -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p fws.top -o fws-b4ion.gro
 
 
 

gromacs2018使用踩坑记--insert-molecules的更多相关文章

  1. gromacs2018使用踩坑记--grompp 为啥要用-r

    1. GMX grompp 概要 gmx grompp [ -f [<.mdp>] ] [ -c [<.gro / .g96 / ...>] ] [ -r [<.gro ...

  2. Spark踩坑记——数据库(Hbase+Mysql)

    [TOC] 前言 在使用Spark Streaming的过程中对于计算产生结果的进行持久化时,我们往往需要操作数据库,去统计或者改变一些值.最近一个实时消费者处理任务,在使用spark streami ...

  3. 记一次 Spring 事务配置踩坑记

    记一次 Spring 事务配置踩坑记 问题描述:(SpringBoot + MyBatisPlus) 业务逻辑伪代码如下.理论上,插入数据 t1 后,xxService.getXxx() 方法的查询条 ...

  4. [转]Spark 踩坑记:数据库(Hbase+Mysql)

    https://cloud.tencent.com/developer/article/1004820 Spark 踩坑记:数据库(Hbase+Mysql) 前言 在使用Spark Streaming ...

  5. Spark踩坑记——数据库(Hbase+Mysql)转

    转自:http://www.cnblogs.com/xlturing/p/spark.html 前言 在使用Spark Streaming的过程中对于计算产生结果的进行持久化时,我们往往需要操作数据库 ...

  6. Spark踩坑记——Spark Streaming+Kafka

    [TOC] 前言 在WeTest舆情项目中,需要对每天千万级的游戏评论信息进行词频统计,在生产者一端,我们将数据按照每天的拉取时间存入了Kafka当中,而在消费者一端,我们利用了spark strea ...

  7. 【踩坑记】从HybridApp到ReactNative

    前言 随着移动互联网的兴起,Webapp开始大行其道.大概在15年下半年的时候我接触到了HybridApp.因为当时还没毕业嘛,所以并不清楚自己未来的方向,所以就投入了HybridApp的怀抱. Hy ...

  8. Spark踩坑记——共享变量

    [TOC] 前言 Spark踩坑记--初试 Spark踩坑记--数据库(Hbase+Mysql) Spark踩坑记--Spark Streaming+kafka应用及调优 在前面总结的几篇spark踩 ...

  9. Spark踩坑记——从RDD看集群调度

    [TOC] 前言 在Spark的使用中,性能的调优配置过程中,查阅了很多资料,之前自己总结过两篇小博文Spark踩坑记--初试和Spark踩坑记--数据库(Hbase+Mysql),第一篇概况的归纳了 ...

随机推荐

  1. Linux Exploit系列之六 绕过ASLR - 第一部分

    绕过ASLR - 第一部分 什么是 ASLR? 地址空间布局随机化(ASLR)是随机化的利用缓解技术: 堆栈地址 堆地址 共享库地址 一旦上述地址被随机化,特别是当共享库地址被随机化时,我们采取的绕过 ...

  2. Spring 资源加载

    pom.xml ``` org.springframework spring-core 4.3.14.RELEASE org.springframework spring-beans 4.3.16.R ...

  3. magento获取当前栏目ID号与栏目名称函数

    Magento获取当前栏目ID:$_cat= new Mage_Catalog_Block_Navigation();$curent_cat= $_cat->getCurrentCategory ...

  4. keystonejs实战之页头页脚

    前两篇介绍了入门相关知识及对keystonejs整体可用性评估,这篇介绍下开始实际运用中的页头页脚部分,因为马上项目忙了,这个先匆匆的作个收尾. 不管是用WordPress还是其他CMS系统,应用最宽 ...

  5. fixed固定时弹窗上的input被软键盘遮住的问题

    <div class="pwhCover"> <div class="pwhCon"> <div class="pwhT ...

  6. requests结合xpath爬取豆瓣最新上映电影

    # -*- coding: utf-8 -*- """ 豆瓣最新上映电影爬取 # ul = etree.tostring(ul, encoding="utf-8 ...

  7. 阻止默认/冒泡事件(兼容ie)

    (1) 阻止默认事件 function(e){ if(e && e.preventDefault){ e.preventDefault(); }else{ //IE window.ev ...

  8. 什么是Web Service(Web服务)?

    从表面上看,Web Service就是一个应用程序,它向外界暴露出一个能够通过Web进行调用的API.例如可以创建一个提供天气预报的Web Service,那么无论你用哪种编程语言开发的应用都可以通过 ...

  9. mysql数据库之 存储引擎、事务、视图、触发器、存储过程、函数、流程控制、数据库备份

    目录 一.存储引擎 1.什么是存储引擎? 2.mysql支持的存储引擎 3. 使用存储引擎 二.事务 三.视图 1.什么是视图 2.为什么要用视图 3.如何用视图 四.触发器 为何要用触发器 创建触发 ...

  10. Pandas的常见使用方法操作

    Series Series是一种类似于一维数组的 对象,由一组数据(各种NumPy数据类型)以及一组与之对应的索引(数据标签)组成. 类似一维数组的对象由数据和索引组成索引(index)在左,数据(v ...