R 包安装、载入和卸载

生物上的一些包可以这样安装

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("affy")

一般的包：

install.package("包名")

使用library()可以查看已经安装的包的列表，会打开一个新窗口显示信息。

使用installed.packages()可以看到各个包安装的路径，版本号等信息。

也可以使用 .packages(all.available=T) 就在控制台中显示已安装包的名字，只显示包的名字。

要查看已安装包的帮助信息，比如该包中有哪些函数，可使用help(package="graphics") 。如果该包提供了信息，会以本地网页的形式打开帮助文件。

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包被安装后，在使用前需要加载。加载包使用命令 library(包名)，比如library(codetools)。

查看有哪些包是被加载的，使用命令(.packages()) ，注意小括号和点号不能省略。

要将已经加载的包卸除。注意不是卸载删除，只是不加载这个包。在包函数冲突时需要。使用命令detach("package:包名")。或则detach("package:包名", unload=TRUE)

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要安装包，可以使用命令install.packages("包名")，或者

install.packages("包名", contriburl="http://url",  dependencies = TRUE)

如果安装的时候要指定安装目录，可以使用install.packages("stepNorm", contriburl="http://url", lib="mydir")

也可以在gui菜单中选择程序包->安装程序包来进行。另外，如果是已经下载了包文件，离线安装。比如，有package.zip，可以在程序包->Install package from local zip file…来进行安装。

卸载删除包，使用remove. packages(c("pkg1","pkg2") , lib = file .path("path", "to", "library"))
注：
"pkg1","pkg2"表示包名，即一次可以卸载多个包；
"path", "to", "library"表示R的库路径，字符向量，通常情况下只输一个路径即可。使用命令.libPaths()可以查看库路径。示例：
remove.packages(c('zoom'),lib=file.path('C:\\Program Files\\R\\R-3.2.2\\library'))