Gromacs文件-Chapter1
Gromacs的文件非常的多,这是官方文档地址:http://manual.gromacs.org/online/files.html.
本文章部分内容来自以下网址https://zhuanlan.zhihu.com/p/27279508
下面我仅做一简述,涉及到PDB,GRO,MDP的文件内部结构不在此介绍,而是单独开篇。
参数文件:
mdp:其他篇单独讲解
m2p:暂时没用到
结构文件:
gro:GROmacs format
g96:gromacs-96 format
pdb:Protein DataBank
一般的结构文件:gro g96 pdb tpr tpb tpa
拓扑文件:
top:系统拓扑文件
itp:include topology 被主拓扑文件(.top)包含的分拓扑文件,一般包含某个特定分子的类型。于主拓扑文件区别有它不引用其他力场文件,同时包含[system],[molecule]等拓扑字节。
rtp:残基拓扑文件。该文件包含常见残基的力场信息,包括残基所含原子,成键种类等。使用pdb2gmx处理PDB文件时,程序按照PDB文件信息,在RTP文件中寻找对应的残基力场信息。
ndx:原子索引文件(.ndx)。该文件含原子的序号,当使用make_ndx程序生成索引文件时,可以定义不同的原子组,每组名下即是该组所含各个原子的序号。
运行输入文件:
tpr:系统拓扑,参数,坐标,速度(binary file, portable file可移植文件)
tpa:系统拓扑,参数,坐标,速度(ascii)
tpb:系统拓扑,参数,坐标,速度(ascii,binary)
一般的运行输入文件:tpr tpa tpb
轨迹文件:
tng:any kind of data(compressed, portable, any precision)
trj: x, v and f (binary, full precision)
trr: x, v and f (binary, full precision, portable)
xtc:x only (compressed, portable, any precision)
gro: x and v (ascii, any precision)
g96: x only (ascii, fixed high precision)
pdb: x only (ascii, reduced precision)
Formats for full-precision data: tng, trr or trj
Generic trajectory formats: tng, xtc, trr, trj, gro, g96, pdb
能量文件:
ene:energies, temperature, pressure, box size, density and virials (binary)
enr:energies, temperature, pressure, box size, density and virials (binary, portable)
模拟输出的系统能量文件(energy,.edr)。该文件记录模拟输入文件中定义的能量组的各种相互作用能量等。
其他文件:
log:日志文件
cpt:该文件为模拟断点文件(check point,.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生,保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件(.edr)找到,一部分可以在双精度轨迹文件(.trr)中找到。如果模拟不幸因为外界条件中断(如断电,模拟人发脾气砸电脑等),可以使用该文件重新在断点处开始模拟,以节省模拟时间。同时也可以依靠该断点文件开始,并延长模拟计算(见tpbconv)。
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