#!/usr/bin/python
import re def readfa(l):
col={}
arr =[]
sca =''
li = open(l)
for line in li:
if re.match(r'>(\w*)',line):
match = re.match(r'>(\w*)',line)
sca = match.group(1)
col[sca]=arr
arr =[]
else:
without = re.sub(r'\n',"",line)
arr.append(without)
return col def readgff(l):
col ={}
arr =[]
li = open(l)
for line in li:
sp = line.split( )
if sp[2] == 'mRNA':
gene = re.match(r'ID=(.*?);',sp[8]).group(1)
start =sp[3]
arr=[]
col[gene]=[sp[3],sp[4],arr,sp[0],sp[6]]
elif sp[2] == 'CDS':
gene = re.match(r'Parent=(.*?);',sp[8]).group(1)
col[gene][2].append([sp[3],sp[4]])
return col def deal_gff(l):
col ={}
for key,value in l.items():
start=value[0]
end = value[1]
arr = value[2]
sca = value[3]
pos = value[4]
if pos == '+':
for single in arr:
single[0] = int(single[0]) - int(start)
single[1] = int(single[1]) - int(start)+1
elif pos =='-':
for single in arr:
off= int(end)-int(single[1])
lon= int(end)-int(single[0])+1
single[0] = off
single[1] = lon
arr.reverse
col[sca]=arr
del value[0]
del value[0]
del value[2]
return l
###main### gff=readgff('gff')
c=gff fa =readfa('fa') g=deal_gff(c) col = {}
s='' for k,v in g.items():
sca = v[1]
if fa[sca]:
lon=s.join(fa[sca])
short=''
for i in v[0]:
short += lon[i[0]:i[1]]
col[k]=short for k1,v1 in col.items():
print k1,"\n",v1

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