Ubuntu安装R及R包

ubuntu  R 3.4

安装R

$sudo apt-get update
$sudo apt-get install r-base
$sudo apt-get install r-base-dev

安装一些可能的依赖包

$sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/imagemagick
$sudo apt-get update
$sudo apt-get install -y libmagick++-dev
$sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

安装一些R包

$R  # 进入R
>source("https://bioconductor.org/biocLite.R");
>biocLite("GenomicRanges");
>install.packages("ggplot2");
>install.packages("data.table");
>install.packages("egg");
>install.packages("magrittr");
>install.packages("parallel");
>install.packages("multipanelfigure");

Windows R 3.6

直接官网下载安装即可。

当 R 版本在 3.6 及以上时，使用 BiocManager 安装 Bioconductor 中的包

https://bioconductor.org/install/

>install.packages("BiocManager")
>BiocManager::install("GenomicRanges")
>install.packages("ggplot2", repository = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
>install.packages("data.table", repository = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
>install.packages("egg", repository = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
>install.packages("magrittr", repository = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
>install.packages("parallel", repository = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
>install.packages("multipanelfigure", repository = "http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")