ward's method是分层聚类凝聚法的一种常见的度量cluster之间距离的方法，其基本过程是这样的（参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-2827057-921772.html ）

  1. 计算每个cluster的ESS

  2. 计算总的ESS

  3. 枚举所有二项cluster【N个cluster是N*(N-1)/2个二项集】，计算合并这两个cluster后的总ESS值

  4. 选择总ESS值增长最小的那两个cluster合并

  5. 重复以上过程直到N减少到1

这个方法其实效率比较低，特别是算cluster的ESS值还要先求均值点，然后算距离的平方再求和，不过有一个快速的计算方法叫Lance-Williams Algorithm可以大大简化ward method的计算。先来一个图（来源：https://www.youtube.com/watch?v=aXsaFNVzzfI

ward's method分层聚类凝聚法的更多相关文章

  1. 凝聚法层次聚类之ward linkage method

    凝聚法分层聚类中有一堆方法可以用来算两点(pair)之间的距离:欧式,欧式平方,manhattan等,还有一堆方法可以算类(cluster)与类之间的距离,什么single-linkage.compl ...

  2. Python 实现分层聚类算法

    ''' 1.将所有样本都看作各自一类 2.定义类间距离计算公式 3.选择距离最小的一堆元素合并成一个新的类 4.重新计算各类之间的距离并重复上面的步骤 5.直到所有的原始元素划分成指定数量的类 程序要 ...

  3. 机器学习：Python实现聚类算法(三)之总结

    考虑到学习知识的顺序及效率问题,所以后续的几种聚类方法不再详细讲解原理,也不再写python实现的源代码,只介绍下算法的基本思路,使大家对每种算法有个直观的印象,从而可以更好的理解函数中参数的意义及作 ...

  4. 数学建模及机器学习算法（一）：聚类-kmeans（Python及MATLAB实现，包括k值选取与聚类效果评估）

    一.聚类的概念 聚类分析是在数据中发现数据对象之间的关系,将数据进行分组,组内的相似性越大,组间的差别越大,则聚类效果越好.我们事先并不知道数据的正确结果(类标),通过聚类算法来发现和挖掘数据本身的结 ...

  5. （数据科学学习手札09）系统聚类算法Python与R的比较

    上一篇笔者以自己编写代码的方式实现了重心法下的系统聚类(又称层次聚类)算法,通过与Scipy和R中各自自带的系统聚类方法进行比较,显然这些权威的快捷方法更为高效,那么本篇就系统地介绍一下Python与 ...

  6. 15、R语言聚类树的绘图原理

    聚类广泛用于数据分析.去年研究了一下R语言聚类树的绘图原理.以芯片分析为例,我们来给一些样品做聚类分析.聚类的方法有很多种,我们选择Pearson距离.ward方法. 选择的样品有: "GS ...

  7. 易百教程人工智能python修正-人工智能无监督学习（聚类）

    无监督机器学习算法没有任何监督者提供任何指导. 这就是为什么它们与真正的人工智能紧密结合的原因. 在无人监督的学习中,没有正确的答案,也没有监督者指导. 算法需要发现用于学习的有趣数据模式. 什么是聚 ...

  8. SAS笔记

    SAS基础知识 SAS里面的PROC一览 The ACECLUS Procedure : 聚类的协方差矩阵近似估计(approximate covariance estimation for clus ...

  9. matlab中的linkage和cluster函数

    Linkage: Agglomerative hierarchical cluster tree(凝聚成层次聚类树) 语法: 解释: Z=linkage(x),返回Z,是一个X矩阵中行的分层聚类树(用 ...

随机推荐

  1. 阶段1 语言基础+高级_1-3-Java语言高级_06-File类与IO流_07 缓冲流_4_缓冲流的效率测试_复制文件

    把之前文件复制的代码复制到这里 一个字节一个字节的读取,复制文件 byte数组的形式 缓冲流测试 数组缓冲

  2. 阶段1 语言基础+高级_1-3-Java语言高级_1-常用API_1_第1节 Scanner类_1-API概述和使用步骤

    官方翻译的中文版本

  3. Jmeter之正则表达式提取器

    在很多情况下,我们需要提取响应结果中的一些信息,供后续功能使用.可以使用后置处理器中的正则表达式提取器. 一.正则表达式提取器 二.配置说明 1.姓名:标识 2.注释:备注 3.Apply to:正则 ...

  4. uni-app-v-else中不需要值

    这个问题把我都高懵逼了 在vue中, 但是在uni-app中:v-else不需要值, 下面去掉值就Ok了

  5. 疯狂Java学习

    面向对象(下) 6.3:类成员:又讲了一遍static修饰的类成员:   Singleten(单例)类: 通过封装的方式,实现了一个类只能创建一次,应该是为了更好编写代码,创造的一个概念. 6.4:f ...

  6. 一件很奇怪的事关于Nuget包

    两个项目 A,B 分别引用了Newtonsoft.Json.dll A项目有引用B项目. A B 项目引用Newtonsoft.Json.dll文件源路径是相同的.但是经常报版本不匹配. 之后经过细心 ...

  7. 结合element-ui封装的一个分页函数

    第一次写博客,专门写给菜鸟看的,如果你是老鸟,你可以直接无视. 首先我们从豆瓣api获取到电影的数据列表 然后我们把他们切成一块一块的小数组 最后的数组将会是这样  原理就是以上的内容,接下来直接附上 ...

  8. python函数-语句

    一.def语句和参数 #!/usr/bin/env python #coding:utf-8 def hello(name): print('Hello ' +name) hello('dingkai ...

  9. SpringBoot使用RestTemplate 摘要认证

    SpringBoot使用RestTempate SpringBoot使用RestTemplate摘要认证 SpringBoot使用RestTemplate基础认证 SpringBoot使用RestTe ...

  10. [19/05/07-星期二] JDBC(Java DataBase Connectivity)_CLOB(存储大量的文本数据)与BLOB(存储大量的二进制数据)

    一. CLOB(Character Large Object ) – 用于存储大量的文本数据 – 大字段有些特殊,不同数据库处理的方式不一样,大字段的操作常常是以流的方式来处理的.而非一般的字段,一次 ...