miRTarBase 数据库简介
miRTarBase 是一个手 收集的,经过实验验证过miRNA靶基因的数据库,对于每条miRNA靶基因的记录, 都会赋予1个唯一的 miRNA-target interactions (简称MTs) 编号,比如MIRT000012,目前miRTarBase 的版本为V7.0, 2017年9月15号更新,共收录了23个物种。4076 个miRNA, 23054 个基因,422147 个靶基因相互作用。
网址:
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
miRTarBase 提供了多种检索方式:
1) miRNA ID
2) Target Gene
3) Disease
4) Species
对于 Species, 分成了以下几类:
1)Mammalia : 哺乳动物
Homo sapiens :人
Mus musculus : 小鼠
Rattus norvegicus : 大鼠
Sus scrofa : 猪
Ovis aries : 羊
Cricetulus griseus : 中国仓鼠
Bos taurus : 奶牛
Canis familiaris : 狗
2) Vertebrata : 脊椎动物
Danio rerio : 斑马鱼
Gallus gallus : 鸡
Oryzias latipes : 青鳉
Taeniopygia guttata :斑胸草雀
Xenopus laevis : 非洲爪蟾
Xenopus tropicalis :热带爪蟾
3)Nematoda : 线虫
Caenorhabditis elegans : 秀丽隐杆线虫
4) Insect: 昆虫
Bombyx mori : 家蚕
Drosophila melanogaster : 黑腹果蝇
5) Plants: 植物
Arabidopsis thaliana :拟南芥
Oryza sativa : 水稻
6) Viruses 病毒
Epstein Barr virus
Human cytomegalovirus
Kaposi sarcoma-associated herpesvirus
Vesicular stomatitis Indiana virus
根据Statistics , 可以看到每个物种 对应的miRNA 靶基因情况,
以 Human 为例, 共收录了2599 个miRNA, 这些miRNA 的靶基因的集合共有15064 个,而人一共有2万多个蛋白编码基因,接近80%都受到miRNA的调控,可见 miRNA调控机制的广泛性和重要性;
对于mINRA-Target Gene , 共有380639 条记录, 平均每个miRNA 有 380639 / 2599 = 146 个靶基因, 而每个基因平均受到 380639 / 15064 = 25 个 miRNA的调控;
对于 每个miRNA 的靶基因结果,可以根据实验证据的可靠性,进行筛选:
miRTarBase 的数据是可以直接下载的,在Download 页面提供了多种下载方式。
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