miRTarBase 是一个手 收集的,经过实验验证过miRNA靶基因的数据库,对于每条miRNA靶基因的记录, 都会赋予1个唯一的 miRNA-target interactions (简称MTs) 编号,比如MIRT000012,目前miRTarBase 的版本为V7.0, 2017年9月15号更新,共收录了23个物种。4076 个miRNA, 23054 个基因,422147 个靶基因相互作用。

网址:

    http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

miRTarBase 提供了多种检索方式:

1) miRNA ID

2)   Target Gene

3)   Disease

4)  Species

对于 Species, 分成了以下几类:

1)Mammalia :  哺乳动物

  Homo sapiens :人

Mus musculus : 小鼠

Rattus norvegicus : 大鼠

Sus scrofa  : 猪

Ovis aries  : 羊

Cricetulus griseus : 中国仓鼠

  Bos taurus : 奶牛

Canis familiaris : 狗

2) Vertebrata : 脊椎动物

Danio rerio : 斑马鱼

Gallus gallus  : 鸡

Oryzias latipes : 青鳉

Taeniopygia guttata :斑胸草雀

Xenopus laevis : 非洲爪蟾

Xenopus tropicalis :热带爪蟾

3)Nematoda : 线虫

Caenorhabditis elegans : 秀丽隐杆线虫

4) Insect:  昆虫

Bombyx mori : 家蚕

Drosophila melanogaster : 黑腹果蝇

5) Plants: 植物

Arabidopsis thaliana :拟南芥

Oryza sativa : 水稻

6) Viruses  病毒

Epstein Barr virus

Human cytomegalovirus

Kaposi sarcoma-associated herpesvirus

Vesicular stomatitis Indiana virus

根据Statistics , 可以看到每个物种 对应的miRNA 靶基因情况,

以 Human 为例, 共收录了2599 个miRNA, 这些miRNA 的靶基因的集合共有15064 个,而人一共有2万多个蛋白编码基因,接近80%都受到miRNA的调控,可见 miRNA调控机制的广泛性和重要性;

对于mINRA-Target Gene , 共有380639 条记录, 平均每个miRNA 有  380639 / 2599  = 146 个靶基因, 而每个基因平均受到 380639 / 15064 = 25 个 miRNA的调控;

对于 每个miRNA 的靶基因结果,可以根据实验证据的可靠性,进行筛选:

miRTarBase 的数据是可以直接下载的,在Download 页面提供了多种下载方式。

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