ROSETTA使用技巧随笔--Full Atom Representation和Centroid Representation
Full Atom Representation vs Centroid Representation
Full Atom Representation即全原子标识,氨基酸残基的所有相关原子,均原封不动的表示出来,比如主链即侧链上的所有原子,N O S等,全原子表示的优势在于计算准确,但是耗时较长;
Centroid Representation即质心标识,除了主链骨架用原子(主链氨基N,CA,羧基C,羧基O,氨基H)表示外,其余侧链,均用质心(CB或者CEN)来表示,即忽略具体的侧链构成,用相对简单的表示方法降低计算时间。
简而言之,此两种原子表示方法可以用如下图所示:
左图为Full Atom Representation,右图为Centroid Representation
同时,ROSETTA还给出了两种格式相互转换的方法,一种为使用打分函数score的输出文件,即添加-out:output,,使程序输出相应格式的pdb;另一种是使用XML文件的SwitchResidueTypeSetMover
,用RosettaScript对格式进行转换,详细可见 https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/full_atom_vs_centroid/fullatom_centroid.
两种格式相互转化时,存在这样一种关系:
Full Atom --> Centroid --> Full Atom 此种转换最终得到的Full Atom Representation和最初始的Full Atom Representation可能会存在一些差别
Centroid --> Full Atom --> Centroid 相对与上一种转换而言,这种转换最初始的Centroid和最后得到的Centroid却是却是一样的。
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