解决invalid record found in VCF4 file (at least 8 tab-delimited fields expected)问题,批量修改空格改为制表格格式
出现这种问题说明一般存在两个问题:
第一,vcf文件不足8个分割制表符,比如像如下文件:
为了解决这个问题,说明在做snp filter时候,需要提取至少8个制表符的字符串,比如,像如下文件所示:
第二个问题:字符串之间是非制表符分隔的,比如下图:
显然,上图字符串之间的间隔只有一个空格,因此需要将空格改为制表符格式,可以用以下脚本修改:
perl -alne '{print "$F[0]\t$F[1]\t$F[2]\t$F[3]\t$F[4]\t$F[5]\t$F[6]\t$F[7]\t$F[8]\t$F[9]"}' inputfile >outputfile
对于多个文件,可用以下循环命令:
for i in *.inputfile
do
echo $i
perl -alne '{print "$F[0]\t$F[1]\t$F[2]\t$F[3]\t$F[4]\t$F[5]\t$F[6]\t$F[7]\t$F[8]\t$F[9]"}' $i >${i%%.*}.outputfile
done
最后,转化的效果如下:
从上图可以 看出,字符串之间的间隔拉大了,即已经变为制表格格式。
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