与R纠缠的两件事——rownames和子集--转载
与R语言纠缠了一个星期,从快速上手的暗暗得意,到之后某些细节的纠结烦躁,过山车式体验中,我逐渐才认识了真实的R语言。
期间遇到两个很烦恼的问题,一个是让人烦躁抓狂,另一个是无意发现的重大错误。
1. 令人抓狂的rownames
若数据矩阵datamatrix如图1,无列名和行名及表头。若c1~c4分别为colnames,而r1~r5为rownames,表头为A。
如何添加c1~c4?r1~r5?
coln = c(”c1”,”c2”,”c3”,”c4”)
rown = c(”r1”,”r2”,”r3”,”r4”,”r5”)
colnames(datamatrix) = coln
rownames(datamatrix) = rown
如何添加表头A?
colnames(datamatrix) = c(“A”,”c1”,”c2”,”c3”,”c4”)
上述命令会直接报错,列数不匹配。
colnames(datamatrix)[1] = “A”
上命令会让矩阵变成如图2所示
究其本质,都是因为colnames()函数默认调用的都是真实数据上(x1~x4)的列名,而不认识行名上(r1~r5)的列名。
正确添加表头命令为:
datamatrix= cbind(rownames(datamatrix),datamatrix)#将行名加入矩阵
rownames(datamatrix)[1]= “A”
实现后矩阵如图3,
另外
read.table或wirte.table中也有row.names和col.names条件格式。与上rownames和colnames不仅书写上有区别,意义上也有。row.names用于指定行名。数值为k时,则将第k列设置为列名,并将其从数据矩阵中移除。而write.table中row.names=F将矩阵的行名剔除后写进table.
2. 子集选取("numeric"和"character"之争)
genename =
CRHBP,….
mode(genename) =
“numeric”
m1 为如下矩阵
mode(m1) =
"numeric"
若要在m1中选取genename对应的id所在行的子集,命令应该为:
m1[genename,]
但结果很诡异,返回的并不是id对应为CRHBP所在行,返回却是CRHR1所在行
要想返回所选的行,必须先将genename转换为character类型,才是准确的。
genename <- as.character(genename)
m1[genename,]
此时,结果才为所求行。
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