pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来,做成了一个在线的分析软件,类似于galaxy;

安装过程如下,参考官网给的指导手册

http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf

1)首先下载安装包:

wget https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/software/smrtanalysis/2.3.0/ smrtanalysis_2.3.0.140936.run

2) 创建一个用户,用于smrt 分析

useradd -G smrtanalysis -p 123456 smrtanalysis

3) 切换到新建的用户,进行安装

su smrtanalysis

4) 设置环境变量

在系统的配置文件中添加下面几个环境变量, 编辑 /etc/bashrc 文件

SMRT_ROOT=/opt/smrtanalysis/
SMRT_USER=smrtanalysis
SMRT_GROUP=smrtanalysis

修改完之后,记得  source /etc/bashrc

5) 安装

bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run  --rootdir $SMRT_ROOT

在安装过程中,会提示一系列需要修改的信息,比如IP地址, 端口号等,对应的选择就好

6) 启动服务

$SMRT_ROOT/admin/bin/smrtportald-initd start
$SMRT_ROOT/admin/bin/kodosd start 

在浏览器中输入对应的网址,记得加端口号, 比如我的网址是http://192.168.0.6:8080/ , 如果看到下边这个界面,就证明安装成功了;

pacbio 官方的文档还是特别的详细的,按照官网的来基本不会有什么问题

需要注意的是,很多smrt analysis 中集成的软件是不提供独立安装的,只能通过安装smrt  analysis 软件来获取对应的软件,比如HGAP

当我们想要通过命令行访问对应的程序时,可以通过下面的方式

su  smrtanalysis
source /opt/smrtanalysis/install/smrtanalysis_2.3.0.140936/etc/setup.sh

source 完之后,一些smrt analysis 集成的软件就可以通过命令行访问了,比如 h5dump 查看h5 文件的内容

smrt analysis 软件安装的更多相关文章

  1. 源码包---linux软件安装与管理

    源代码推荐保存位置: /usr/local/src 软件安装位置: /usr/local 如何确定安装过程报错: 安装过程停止 并出现error / warning / no 的提示 ./config ...

  2. yum---Linux软件安装与管理

    查询: yum list #查询所有可用的软件包列表 yum search keywords #搜索服务器上所有和关键字相关的软件包 安装: yum -y install 包名 options: in ...

  3. [Tool]Inno Setup创建软件安装程序。

    这篇博客将介绍如何使用Inno Setup创建一个软件安装程序. Inno Setup官网:http://www.jrsoftware.org/isinfo.php. 可以下载到最新的Inno Set ...

  4. js通过注册表找到本地软件安装路径并且执行

    场景:用js执行本地的安装软件,如果不存在就执行安装 操作步骤: 1.前台js代码 <script type="text/javascript"> function e ...

  5. 全新 Mac 安装指南(通用篇)(推荐设置、软件安装、推荐软件)

    注:本文将会不定期维护与更新,有需要的朋友请在 Github 上订阅该条 Issues:<全新 Mac 安装指南(通用篇)>. 在 Mac 电脑上只用 Windows 操作系统的同学请看到 ...

  6. Linux第一天 ssh登录和软件安装详解

    Linux学习第一天 操作环境: Ubuntu 16.04 Win10系统,使用putty_V0.63 本身学习Linux就是想在服务器上使用的.实际情况,可能我很难直接到坐在服务器前,使用界面操作系 ...

  7. ubuntu一些基本软件安装方法

    ubuntu一些基本软件安装方法 首先说明一下 ubuntu 的软件安装大概有几种方式:1. deb 包的安装方式deb 是 debian 系 Linux 的包管理方式, ubuntu 是属于 deb ...

  8. 【BZOJ-2427】软件安装 Tarjan + 树形01背包

    2427: [HAOI2010]软件安装 Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 128 MBSubmit: 960  Solved: 380[Submit][Status ...

  9. Linux查看软件安装路径

    Linux中查看某 个软件的安装路径(地址)有时显得非常重要.比如某个文件的快速启动项被删除,或者你要建立快速启动项,或者想删除. 添加安装文件等等,很多地方都要用到查案文件安装路径的命令. 这里给大 ...

随机推荐

  1. Install Ambari 2.2.0 from Public Repositories(Hadoop)

    Step1: Download the Ambari repository on the Ambari Server host For Redhat/CentOS/Oracle:   cd /etc/ ...

  2. Ribbon重试机制与Hystrix熔断机制的配置问题

    Ribbon超时与Hystrix超时问题,为了确保Ribbon重试的时候不被熔断,我们就需要让Hystrix的超时时间大于Ribbon的超时时间,否则Hystrix命令超时后,该命令直接熔断,重试机制 ...

  3. Hive调优实战[转]

    Hive优化总结 [转自:http://sznmail.iteye.com/blog/1499789] 优化时,把hive sql当做map reduce程序来读,会有意想不到的惊喜. 理解hadoo ...

  4. Win7网络修复,winsock/tcpip

    1.win7自带网络诊断提示没有安装一个或多个协议,ip地址为169.254.x.x,dns地址为空 2.修复winsock时,提示系统找不到指定的文件. 解决办法: 1. netsh int ip ...

  5. Disable Maven Nature和disable workspace resolution

    1.Disable Maven Nature myeclipse更新maven的时候,手抖了一下,点上了Disable Maven Nature,然后工程右键菜单中的Maven栏就不见了! 其实这是把 ...

  6. 【Visual Studio】“诊断工具”窗口不支持当前的调试配置

    问题:在运行Debug后,无法使用诊断工具. 解决办法: http://stackoverflow.com/questions/32167640/visual-studio-2015-diagnost ...

  7. 【C#】Queue的简单试用

    新建一个WPF项目,测试C#的Queue类的简单使用. 前台准备两个按钮 MainWindow.xaml <StackPanel VerticalAlignment="Center&q ...

  8. Android--List与ArrayList区别(转)

    转载自:http://www.cnblogs.com/aisiteru/articles/1151874.html List是一个接口,而ArrayList是一个类. ArrayList继承并实现了L ...

  9. java资料——数据结构(转)

    数据结构 (计算机存储.组织数据方式)                                                                            数据结构是 ...

  10. poll--wait for some event on a file descriptor

    poll同select,用于监控file descriptor事件,推荐用poll的升级版epool来实现功能,但在简单应用中使用poll更方便. #include <poll.h> in ...