【数据处理】python将GO注释结果整理为WEGO文件
通常,比对NR库后为m8格式,通过NR和GO数据库对应关系文件,写代码整理为Gene——>GO文件,如下:
这里是一对一的关系,要转换为WEGO格式文件,即一对多关系,如下:
用python脚本处理代码示例如下:
#! /usr/bin/env python
import optargs
import os
import sys
usage='''
tidy go annotation file to wego file
'''
option = optparse.OptionParser(usage)
option.add_option('','--infile',help='* annot file',default='')
option.add_option('','--outfile',help='* outfile',default='')
(opts,args) = option.parse_args()
infile = opts.infile
outfile = opts.outfile
def main():
acc2go = {}
res = open(outfile,'w')
for line in open(infile,'r'):
line = line.strip().split('\t')
if len(line) < 2: continue
accession = line[0]
go = line[1]
acc2go.setdefault(accession, set()).add(go)
for acc,goi in acc2go.items():
res.write("%s\t%s\n"%(acc, "\t".join(goi)))
res.close()
if __name__ == '__main__':
if len(sys.argv) < 2:
os.system("python %s -h"%(sys.args[0]))
sys.exit(1)
else:
main()
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