samtools flagstat

samtools flagstat命令简介：

统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示。每一项统计数据都由两部分组成，分别是QC pass和QC failed，表示通过QC的reads数据量和未通过QC的reads数量。以“PASS + FAILED”格式显示。还可以根据samtools的标志位显示相应的内容，但是这里不做讨论。

命令格式：

samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram>

运行flagstat命令得到的结果如下图所示。

从第一行至第十一行分别表示：

1.  QC pass的reads的数量为2499917，未通过QC的reads数量为0，意味着一共有2499971条reads；

2.  重复reads的数量，QC pass和failed

3.  比对到参考基因组上的reads数量；

4.  paired reads数据数量；

5.  read1的数量；

6.  read2 的数量；

7.  正确地匹配到参考序列的reads数量；

8.  一对reads都比对到了参考序列上的数量，但是并不一定比对到同一条染色体上；

9.  一对reads中只有一条与参考序列相匹配的数量；

10.  一对reads比对到不同染色体的数量；

11.  一对reads比对到不同染色体的且比对质量值大于5的数量。