pvalue for go kegg enrichment
Simple, fast implementation of Fisher’s exact test. . For example, for the following table:
o | Having the property | Not having the property |
---|---|---|
Selected | 12 | 5 |
Not selected | 29 | 2 |
Perhaps we are interested in whether there is any difference of property in selected vs. non-selected groups, then we can do the Fisher’s exact test.
def fish_test(sample_hit, pop_hit, sample_count, root_count):
### sample_hit: 该样本中基因属于该term下面的个数
### pop_hit: 该物种的所有基因属于该term下面的个数
### sample_count: 样本中基因的个数
### root_count: 该物种在bp/cc/mf root 下基因的个数
sample_hit = int(sample_hit)
pop_hit = int(pop_hit)
sample_count = int(sample_count)
root_count = int(root_count)
sample_nhit = sample_count - sample_hit
pop_nhit = root_count - pop_hit
n1,n2,n3,n4 = (sample_hit, pop_hit - sample_hit,
sample_nhit, pop_nhit - sample_nhit)
p = abs(pvalue(n1,n2,n3,n4).right_tail)
return p
Index | Pathway Name | Pathway ID | Pvalue | Pvalue_adjusted | Genes | Count | Pop Hit | List_Total | Background Genes | Class | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ABC transporters | hsa02010 | 2.50e-19 | 4.71e-17 | ABCA6|1.00 ABCC8|1.00 ABCG2|1.00 ABCG8|1.00 ABCB5|1.00 ABCB6|1.00 ABCC9|1.00 ABCC11|1.00 ABCA1|1.00 ABCA7|1.00 ABCA9|1.00 ABCA12|1.00 ABCB8|1.00 ABCB9|1.00 ABCG4|1.00 ABCG5|1.00 |
16 | 45 | 98 | 7057 | Environmental Information Processing | |
2 | Fatty acid metabolism | hsa01212 | 3.09e-11 | 2.91e-09 | ACADSB|1.00 SCD|1.00 ACOX1|1.00 ACSL3|1.00 ACSL4|1.00 ACSL1|1.00 ACSL5|1.00 ACACA|1.00 ACADL|1.00 ACADM|1.00 ACSBG1|1.00 |
11 | 48 | 98 | 7057 | Metabolism |
pvalue for go kegg enrichment的更多相关文章
- clusterProfiler包
1)enrichGO:(GO富集分析) 描述:GO Enrichment Analysis of a gene set. Given a vector of genes, this function ...
- 32、Differential Gene Expression using RNA-Seq (Workflow)
转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the mo ...
- R包对植物进行GO,KEGG注释
1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocMa ...
- (转)基因芯片数据GO和KEGG功能分析
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过 ...
- GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用
RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析. ...
- GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清 ...
- 手把手教你看KEGG通路图!
手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧 ...
- DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析
何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生 ...
- KEGG富集分析散点图.md
输入数据格式 pathway = read.table("kegg.result",header=T,sep="\t") pp = ggplot(pathway ...
随机推荐
- 查看PHP以字母"E"开头的常量
1.E_ALL <?php echo E_ALL; ?> 32767 2.E_COMPILE_ERROR <?php echo E_COMPILE_ERROR; ?> 64 3 ...
- swift metal ios8 关键字.
swift metal ios8 关键字. 4000API. 无所谓谁打败谁吧. 行业内用户用的多 资源多 问题容易解决. 今年明显unity 火热程度非常. 然,万变不离其中. 对于游戏产品来说, ...
- localhost与127.0.0.1之间的区别
Localhost的意思是本地服务器,而127.0.0.1是本机地址,他们的关系是通过操 作系统中的hosts文件,将Localhost解析为127.0.0.1.而实际工作中,Localhost是不经 ...
- phpcms 缓存模板文件
caches\caches_template\default\content 对应模板文件的编译
- C++ 项目经验总结:程序严谨性(一)
作者:JK 时间:2015/09/24 特别说明:版权所有,转载请注明出处: 最近笔者在参与项目时,遇到了一些很奇特的问题,程序运行正常,产生的结果异常,程序功能是对当天的数据进行统计,数据里有可能有 ...
- 每天一个linux命令(性能、优化):【转载】vmstat命令
vmstat是Virtual Meomory Statistics(虚拟内存统计)的缩写,可对操作系统的虚拟内存.进程.CPU活动进行监控.他是对系统的整体情况进行统计,不足之处是无法对某个进程进行深 ...
- HDU2896 病毒侵袭 【AC自动机】
HDU2896 病毒侵袭 Problem Description 当太阳的光辉逐渐被月亮遮蔽,世界失去了光明,大地迎来最黑暗的时刻....在这样的时刻,人们却异常兴奋--我们能在有生之年看到500年一 ...
- 《DSP using MATLAB》示例Example6.2
2017年了,阳历新年都11号了,已从外地回到家乡,依然苦逼的生活…… 接着写读书(Digital Signal Processing using MATLAB)笔记吧 代码: b = [1 -3 1 ...
- 【requirejs】JS模块化工具requirejs教程
初识requirejs 随着网站功能逐渐丰富,网页中的js也变得越来越复杂和臃肿,原有通过script标签来导入一个个的js文件这种方式已经不能满足现在互联网开发模式,我们需要团队协作.模块复用.单元 ...
- MySQL事物回滚
#commit.rollback用来确保数据库有足够的剩余空间:#commi.rollback只能用于DML操作,即insert.update.delet;#rollback操作撤销上一个commit ...