pvalue for go kegg enrichment
Simple, fast implementation of Fisher’s exact test. . For example, for the following table:
o | Having the property | Not having the property |
---|---|---|
Selected | 12 | 5 |
Not selected | 29 | 2 |
Perhaps we are interested in whether there is any difference of property in selected vs. non-selected groups, then we can do the Fisher’s exact test.
def fish_test(sample_hit, pop_hit, sample_count, root_count):
### sample_hit: 该样本中基因属于该term下面的个数
### pop_hit: 该物种的所有基因属于该term下面的个数
### sample_count: 样本中基因的个数
### root_count: 该物种在bp/cc/mf root 下基因的个数
sample_hit = int(sample_hit)
pop_hit = int(pop_hit)
sample_count = int(sample_count)
root_count = int(root_count)
sample_nhit = sample_count - sample_hit
pop_nhit = root_count - pop_hit
n1,n2,n3,n4 = (sample_hit, pop_hit - sample_hit,
sample_nhit, pop_nhit - sample_nhit)
p = abs(pvalue(n1,n2,n3,n4).right_tail)
return p
Index | Pathway Name | Pathway ID | Pvalue | Pvalue_adjusted | Genes | Count | Pop Hit | List_Total | Background Genes | Class | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ABC transporters | hsa02010 | 2.50e-19 | 4.71e-17 | ABCA6|1.00 ABCC8|1.00 ABCG2|1.00 ABCG8|1.00 ABCB5|1.00 ABCB6|1.00 ABCC9|1.00 ABCC11|1.00 ABCA1|1.00 ABCA7|1.00 ABCA9|1.00 ABCA12|1.00 ABCB8|1.00 ABCB9|1.00 ABCG4|1.00 ABCG5|1.00 |
16 | 45 | 98 | 7057 | Environmental Information Processing | |
2 | Fatty acid metabolism | hsa01212 | 3.09e-11 | 2.91e-09 | ACADSB|1.00 SCD|1.00 ACOX1|1.00 ACSL3|1.00 ACSL4|1.00 ACSL1|1.00 ACSL5|1.00 ACACA|1.00 ACADL|1.00 ACADM|1.00 ACSBG1|1.00 |
11 | 48 | 98 | 7057 | Metabolism |
pvalue for go kegg enrichment的更多相关文章
- clusterProfiler包
1)enrichGO:(GO富集分析) 描述:GO Enrichment Analysis of a gene set. Given a vector of genes, this function ...
- 32、Differential Gene Expression using RNA-Seq (Workflow)
转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the mo ...
- R包对植物进行GO,KEGG注释
1.安装,加载所用到到R包 用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocMa ...
- (转)基因芯片数据GO和KEGG功能分析
随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过 ...
- GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用
RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析. ...
- GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集
一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清 ...
- 手把手教你看KEGG通路图!
手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧 ...
- DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析
何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生 ...
- KEGG富集分析散点图.md
输入数据格式 pathway = read.table("kegg.result",header=T,sep="\t") pp = ggplot(pathway ...
随机推荐
- location.href 跳转之后,原来位置下面的代码还会继续执行
location.href 跳转之后,原来位置下面的代码还会继续执行
- sql基础语法复习
约定:数据库名:test:表名:tb1,tb2,tb3…: 对象:数据库:database 表:table 列:column 索引:index 视图:view 存储过程:procedure 一.数据结 ...
- 【排序】归并排序,C++实现
原创文章,转载请注明出处! 博客文章索引地址 博客文章中代码的github地址 # 基本思想(分治法) 归并排序中, “归”代表递归的意思,即递归的将数组通过折半的方式分离为单个数组. “ ...
- 自定义requestAnimationFrame帧频
requestAnimationFrame(callback)触发的callback方法会接受一个时间戳参数,所以如果不想直接跟随浏览器系统帧频的话, 就可以利用这个时间戳参数来做到自定义帧频,做法就 ...
- log4j的使用配置
1.与spring整合,web.xml中配置详情 <!-- 加载log4j的配置文件log4j.properties --> <context-param> <param ...
- shell编程--遍历目录下的文件
假定目录text下有如下文件 目录:dir_1.dir_2.dir_3 文件:text_1.text_2 遍历目录下所有的文件是目录还是文件 if -- if类型: #!bin/sh for ...
- BZOJ1690 Usaco2007 Dec 奶牛的旅行 【01分数规划】
BZOJ1690 Usaco2007 Dec 奶牛的旅行 题目描述 作为对奶牛们辛勤工作的回报,Farmer John决定带她们去附近的大城市玩一天.旅行的前夜,奶牛们在兴奋地讨论如何最好地享受这难得 ...
- 20179223《Linux内核原理与分析》第五周学习笔记
视频内容知识学习 一.用户态.内核态和中断 1.内核态:处于高的执行级别下,代码可以执行特权指令,访问任意的物理地址,这时的CPU就对应内核态 2.用户态:处于低的执行级别下,代码只能在级别允许的特定 ...
- 《selenium2 python 自动化测试实战》(17)——几个cookies操作
之前我们已经学过利用cookies跳过验证码登录了,那时候我们用的方法是add_cookie()方法,这里再给大家介绍两个,一般情况下我们用不到,了解一下就可以,而且如果真的用到的时候百度也很快的: ...
- MySQL 百万级分页优化(Mysql千万级快速分页)
以下分享一点我的经验 一般刚开始学SQL的时候,会这样写 : SELECT * FROM table ORDER BY id LIMIT 1000, 10; 但在数据达到百万级的时候,这样写会慢死 : ...