lammps_data文件
一、notes：
1、不在data文件里写“#”（注释），否则，容易出错；
2、前两行不用写东西（建议）；
3、相互作用系数可以不用写在data里边（如pair_coeff等），可有可无，but for pair_coeff，最好还是在data文件中设定，因为它比在in文件中设定更加方便、简洁。
二、主体框架（必须要有）：
1.数目：原子、键、角、二面角、非二面角的的总数目
2.类型：原子、键、角、二面角、非二面角
3.box的大小：x、y、z
4.masses（质量）
5.Atoms
6.Bonds
7.Angles
8....
三、example（转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w4pr.html）
Here is a sample file with annotations in parenthesis and lengthy sections replaced by dots (...). Note that the blank lines are important in this example.
LAMMPS Description (1st line of file)
100 atoms (this must be the 3rd line, 1st 2 lines are ignored)
95 bonds (# of bonds to be simulated)
50 angles (include these lines even if number = 0)
30 dihedrals
20 impropers
5 atom types (# of nonbond atom types)
10 bond types (# of bond types = sets of bond coefficients)
18 angle types
20 dihedral types (do not include a bond,angle,dihedral,improper type
2 improper types line if number of bonds,angles,etc is 0)
-0.5 0.5 xlo xhi (for periodic systems this is box size,
-0.5 0.5 ylo yhi for non-periodic it is min/max extent of atoms)
-0.5 0.5 zlo zhi (do not include this line for 2-d simulations)
Masses
1 mass
...
N mass (N = # of atom types)
Nonbond Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of atom types)
Bond Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of bond types)
Angle Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of angle types)
Dihedral Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of dihedral types)
Improper Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of improper types)
BondBond Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of angle types)
BondAngle Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of angle types)
MiddleBondTorsion Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of dihedral types)
EndBondTorsion Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of dihedral types)
AngleTorsion Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of dihedral types)
AngleAngleTorsion Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of dihedral types)
BondBond13 Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of dihedral types)
AngleAngle Coeffs
1 coeff1 coeff2 ...
...
N coeff1 coeff2 ... (N = # of improper types)
Atoms
1 molecule-tag atom-type q x y z nx ny nz (nx,ny,nz are optional -
... see "true flag" input command)
...
N molecule-tag atom-type q x y z nx ny nz (N = # of atoms)
Velocities
1 vx vy vz
...
...
N vx vy vz (N = # of atoms)
Bonds
1 bond-type atom-1 atom-2
...
N bond-type atom-1 atom-2 (N = # of bonds)
Angles
1 angle-type atom-1 atom-2 atom-3 (atom-2 is the center atom in angle)
...
N angle-type atom-1 atom-2 atom-3 (N = # of angles)
Dihedrals
1 dihedral-type atom-1 atom-2 atom-3 atom-4 (atoms 2-3 form central bond)
...
N dihedral-type atom-1 atom-2 atom-3 atom-4 (N = # of dihedrals)
Impropers
1 improper-type atom-1 atom-2 atom-3 atom-4 (atom-2 is central atom)
...
N improper-type atom-1 atom-2 atom-3 atom-4 (N = # of impropers)
lammps_data文件的更多相关文章
- Mapreduce的文件和hbase共同输入
Mapreduce的文件和hbase共同输入 package duogemap; import java.io.IOException; import org.apache.hadoop.co ...
- mapreduce多文件输出的两方法
mapreduce多文件输出的两方法 package duogemap; import java.io.IOException; import org.apache.hadoop.conf ...
- 01.SQLServer性能优化之----强大的文件组----分盘存储
汇总篇:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#tsql 文章内容皆自己的理解,如有不足之处欢迎指正~谢谢 前天有学弟问逆天:“逆天,有没有一种方 ...
- SQL Server 大数据搬迁之文件组备份还原实战
一.本文所涉及的内容(Contents) 本文所涉及的内容(Contents) 背景(Contexts) 解决方案(Solution) 搬迁步骤(Procedure) 搬迁脚本(SQL Codes) ...
- SQLSERVER将一个文件组的数据移动到另一个文件组
SQLSERVER将一个文件组的数据移动到另一个文件组 有经验的大侠可以直接忽视这篇文章~ 这个问题有经验的人都知道怎麽做,因为我们公司的数据量不大没有这个需求,也不知道怎麽做实验 今天求助了QQ群里 ...
- SQL Server中的高可用性（2）----文件与文件组
在谈到SQL Server的高可用性之前,我们首先要谈一谈单实例的高可用性.在单实例的高可用性中,不可忽略的就是文件和文件组的高可用性.SQL Server允许在某些文件损坏或离线的情况下,允 ...
- C# ini文件操作【源码下载】
介绍C#如何对ini文件进行读写操作,C#可以通过调用[kernel32.dll]文件中的 WritePrivateProfileString()和GetPrivateProfileString()函 ...
- 【小程序分享篇 一 】开发了个JAVA小程序， 用于清除内存卡或者U盘里的垃圾文件非常有用
有一种场景, 手机内存卡空间被用光了,但又不知道哪个文件占用了太大,一个个文件夹去找又太麻烦,所以我开发了个小程序把手机所有文件(包括路径下所有层次子文件夹下的文件)进行一个排序,这样你就可以找出哪个 ...
- 【原】Android热更新开源项目Tinker源码解析系列之二:资源文件热更新
上一篇文章介绍了Dex文件的热更新流程,本文将会分析Tinker中对资源文件的热更新流程. 同Dex,资源文件的热更新同样包括三个部分:资源补丁生成,资源补丁合成及资源补丁加载. 本系列将从以下三个方 ...
随机推荐
- Laravel 配置 SqlDebug 服务，进行实时监听打印 SQL
0:释义 什么是服务容器 简而言之,Laravel 服务容器 是一个用于存储绑定组件的盒子,它还会为应用提供所需的服务. Laravel 服务容器是用于管理类的依赖和执行依赖注入的工具,By Lara ...
- Day01_企业权限管理(SSM整合)
学于黑马程序员和传智播客联合做的教学项目 感谢 黑马程序员官网 传智播客官网 个人根据教程的每天的工作进度的代码和资料 密码:cti5 b站在线视频 微信搜索"艺术行者",关注并回 ...
- matplotlib基础汇总_03
四图 直方图 [直方图的参数只有一个x!!!不像条形图需要传入x,y] hist()的参数 bins 可以是一个bin数量的整数值,也可以是表示bin的一个序列.默认值为10 normed 如果值为T ...
- Python os.isatty() 方法
概述 os.isatty() 方法用于判断如果文件描述符fd是打开的,同时与tty(-like)设备相连,则返回true, 否则False.高佣联盟 www.cgewang.com 语法 isatty ...
- PHP getNamespaces() 函数
实例 返回 XML 文档中使用的命名空间: <?php$xml=<<<XML高佣联盟 www.cgewang.com<?xml version="1.0&quo ...
- 2020牛客暑期多校训练营 第二场 K Keyboard Free 积分 期望 数学
LINK:Keyboard Free 我要是会正经的做法 就有鬼了. 我的数学水平没那么高. 三个同心圆 三个动点 求围成三角形面积的期望. 不会告辞. 其实可以\(n^2\)枚举角度然后算出面积 近 ...
- php操作mysql关于文件上传、存储
php+前端+mysql实现文件上传并储存 我们都知道很多网站都需要上传文件,最普遍的就是图片上传,即是用户头像等等: 关于mysql+php实现文件查询,存储大致两个方式, 1.直接把文件写入mys ...
- Neo4j 的使用说明(二)
上一篇: https://www.cnblogs.com/infoo/p/9840965.html 阅读量挺多的,因此继续写一下(二) 在上一篇说到:(版本依然基于V3.4.9) 如果为了方便更改d ...
- 【NOI2017】游戏 题解（2-SAT+缩点）
题目链接 题目大意:有四种场地$a,b,c,x$和三种赛车$A,B,C$,$a$不能跑$A$,$b$不能跑$B$,$c$不能跑$C$,$x$都可以跑.给定$n$个场地和$m$个四元组$(i,h_i,j ...
- TF上架模式是什么？有什么作用？
TF上架模式中的TF上架就是TestFlight上架的意思,意思就是将开发者开发完成的App在苹果官方内测商店TestFlight上架的模式,一般被我们简称为TF上架模式. 为什么要了解TF上架呢?为 ...