生信基础知识【04】GO和pathway分析
非原创
参考资料:
一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛
http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124
文章分析结果
小编利用上述案例中的数据GSE19804在GCBI在线实验室首先进行差异分析(|foldchange|>2, P值<0.001Q值<0.05),得到了2202个差异基因。将差异基因分别进行GO(P值<0.01,FDR<0.01)和pathway分析(P值<0.05),富集得到351个GO term和110条pathway。结果如下图所示,表一和表二分别为部分GO富集结果和最显著的15条pathway分析结果。
GO和pathway分析结果中都得到了文章中选定的axonguidance这个结果(红框)。
结果怎么看呢?
表头各个参数的解释如下,其中,重点看三个指标,enrichment score、p值和FDR。Pathway分析主要看P值和FDR值,两者越小越好。GO分析还可看enrichmentscore,数值越大表示某个GOterm越容易受到实验因素的影响。
如何定位到基因呢?
将axonguidance中的差异表达基因全部挑选出来,列表如下。作者在文中挑选了显著性最高的SEMA5A作为后续的研究对象。在我们的分析中,当p值小于10^-6时默认为0,按照表达倍数排列SEMA5A也排在前列,和作者的结果较吻合。
Ps:因参数设置和文章中不同,结果仅供参考。
教程:GO和pathway分析
目前有许多GO和pathway分析软件,GO分析软件有Avadis(商业软件)、BiNGO(开源java)、DAVID(基于web的工具)等,pathway分析有IPA和MetaCore(商业软件)等。
但这些软件学习成本高,且许多都是商业软件。有没有一种分析方法无门槛,直接上手就可以搞定的呢?
GCBI平台,伸手党的福音,生信分析方法直接加载了模块,你需要做的只是创建方案,拖动模块,单击运行即可。小编用样本GSE19804演示一下,倒数10min,GO富集分析,pathway分析全搞定。
1、进入GCBI网站的在线实验室https://www.gcbi.com.cn(需注册才能使用)
2、建立项目——方案,在方案界面,拖动模块,修改名字和参数,并用连接线将模块连接成一个方案,小编建立了如下差异分析和GO和pathway分析方案。
3、选择样本数据。
样本数据GSE19804直接来自于GCBI样本库,将样本发送到在线实验室。点击方案中样本模块,在样本分组管理中选择配对样本,选择好相应的对照组和实验组样。Lungnormal **N为对照组,Lungcancer **T为实验组。
4、设置各模块参数
差异分析 |fold change|>1.2 P值<0.05 , Q值<0.05
GO分析 分析类型生物功能分析p值<0.01 ,FDR<0.01
Pathway分析 p值<0.05
5、运行方案
附录:
文献技术及参数:
1、检测手段:GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 expression arrays (Affymetrix, Inc.)
2、差异筛选:配对t 检验 (P <10^-16)和Bonferroni 校正P值
3、pathway分析:IPA软件费希尔精确检验(fisher’s exact test) P<0.5
生信基础知识【04】GO和pathway分析的更多相关文章
- Android基础知识04—Activity活动之间传递数据
------活动之间传递数据------ 向下一个活动传递数据: Intent中提供了一系列的putExtra()方法,可以把数据暂存到Intent中,启动另一个活动的时候就可以取出来. 代码: (存 ...
- 生信基础概念之unique reads VS multi-mapping reads
unique reads:在参考组上只有一个匹配点 multi-mapping reads:在参考组上有多个匹配点 下面是tophat的一个结果案例: Reads: Input : Mapped : ...
- 4、vueJs基础知识04
简单的目录结构: |-index.html |-main.js 入口文件 |-App.vue vue文件(组件),官方推荐命名法(首字母大写) |-components 组件存放的文件夹 | ...
- python基础知识0-4
collection 他是对字典 元组 集合 进行加工的 是计数器 无论 深 ,浅 ,赋值 拷贝 内存地址都不变 赋值也是拷贝的一种 拷贝分两类数字 字符串 另一类: 列表 字典 元组 这一类还分两 ...
- TCP协议基础知识及wireshark抓包分析实战
TCP相关知识 应swoole长连接开发调研相关TCP知识并记录. 数据封包流程 如图,如果我需要发送一条数据给用户,实际的大小肯定是大于你发送的大小,在各个数据层都进行了数据的封包,以便你的数据能完 ...
- JAVA基础知识之JDBC——使用ResultSetMetaData分析结果集
通过ResultSetMetaData可以对ResultSet进行分析,获取ResultSet里包含了哪些数据列,以及每个列的数据类型. ResultSet中包含了一个getMetaData()方法, ...
- 第一篇 网站基础知识 第7章 Tomcat分析
7.1 Tomcat的顶层结构及启动过程 7.1.1 Tomcat的顶层结构 Tomcat中最顶层的容器叫Server,代表整个服务器,Server中包含至少一个Service,用于具体提供服务.Se ...
- JavaSE 基础知识(常识概念 + 基础语法)问答总结/面试题 —— 讲给应届生的 Java 开源知识项目
写在最前面 这个项目是从20年末就立好的 flag,经过几年的学习,回过头再去看很多知识点又有新的理解.所以趁着找实习的准备,结合以前的学习储备,创建一个主要针对应届生和初学者的 Java 开源知识项 ...
- shell脚本基础知识
虽然现在能在Linux系统下生存,但是自觉效率太低,和高手有很大的差距. 这就是关于Linux的知识太过匮乏,有很多事情知道该怎么做,但是就是没法在Linux下实现,为了提升工作效率,必须要接触Lin ...
随机推荐
- yii2 rules 验证规则
yii2 框架定义的约束 public $builtInValidators = [ 'boolean' => 'yii\validators\BooleanValidator', 'capt ...
- 使用sed在匹配行之后增加一行数据
需求:在原来大量的shell文件中,给出了错误信息打印,现在要求打印错误后直接退出脚本. if [ $? -eq 0 ];then echo_green "done!" else ...
- Altium Designer 10 执行DRC发现有 Length Constraint 解决办法
在PCB布局连线结束后,执行DRC,结果Length Constraint 报错,如图: 在Design Rules中找对应的规则约束,怎么也找不见. 其实是,在差分对进行等长蛇形绕线的步骤中,约束了 ...
- vue使用vue-video-player在直播中的应用
文档地址:https://github.com/savokiss/vue-videojs-demo live demo地址:https://github.com/savokiss/vue-videoj ...
- 在SQL Server 2008上安装ArcSDE 10.1并实现远程连接
先安装SQL Server 2008 R2 X64(SP2),创建数据库实例,安装客户端. 再安装ArcSDE 10.1,ArcGIS Desktop 10.1,一切顺利. 由于Desktop是32位 ...
- 修改hots指向
C:\Windows\System32\drivers\etc hots文件 IP 服务器名称
- 虚函数表:QT5与VS2015的差异
问题原自下面一段代码: 初学C++虚函数表时,以下代码在QT和VS(版本如题)编译结果不同. #include <iostream> using namespace std; class ...
- hibernate的lazy初始化结果
package com.ehcache; import java.io.Serializable; public class User implements Serializable{ private ...
- MongoDB关键指标意义&各数值区间意义&部署
## part 1 mms图 What's MMS MongoDB Management Service (MMS) is a suite of services for managing Mongo ...
- 2017第八届蓝桥杯C/C++语言A组
一:题目: 标题:迷宫 X星球的一处迷宫游乐场建在某个小山坡上.它是由10x10相互连通的小房间组成的. 房间的地板上写着一个很大的字母.我们假设玩家是面朝上坡的方向站立,则:L表示走到左边的房间,R ...