官网说明书:http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html

1.genome brower的作用

a,展示任何尺度的基因组片段。比如,想看某条染色体的某个区域的序列。

b,展示某些位置的annotation tracks。比如,你得到一些区域的深度,你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的,他们是否有一致性。

annotation tracks展示在基因组坐标的下方。

ucsc自身带有一些annotaton tracks,一半来自已出版的文章,另一半来自其合作者。用户也可以自定义annotation tracks,这边会涉及到tracks的文件格式。

2.genome brower的开始

ucsc genome brower的用法和说明(一)的更多相关文章

  1. 使用UCSC Genome Browser下载人类所有mRNA序列

    打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据 ...

  2. UCSC genome browser 个人track 安装

    处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信 ...

  3. 生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  4. 利用mysql客户端查询UCSC数据库

    UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类.小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信 ...

  5. How to use liftover

    First step, installation: download from UCSC genome browser chmod + x Second, very important: to dow ...

  6. ChIP-seq基本流程及工具

    ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.D ...

  7. ChIP-seq 核心分析 下游分析

    http://icb.med.cornell.edu/wiki/index.php/Elementolab/ChIPseeqer_Tutorial [怪毛匠子 整理] ChIP-seq[核心分析 下游 ...

  8. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  9. bed文件格式解读

    1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息.BED ...

随机推荐

  1. ubuntu16.04.3安装MinDoc

    1. 安装mysql apt-get install mysql-serverapt-get install mysql-client 2. 登陆mysql mysql -u root -p输入安装过 ...

  2. 大量数据导入导致mysql自动重启

    昨天晚上第十款做数据库迁移,数据库版本:Version: '5.1.61',数据量27G左右 message报错信息如下: Mar :: VM_163_210_tlinux kernel: [, oo ...

  3. 浅谈DNS

    什么叫域名解析 域名解析是把域名指向网站空间IP,让人们通过注册的域名可以方便地访问到网站一种服务.IP地址是网络上标识站点的数字地址,为了方便记忆,采用域名来代替IP地址标识站点地址.域名解析就是域 ...

  4. SSH配置免秘钥登录

    一.  SSH 配置免秘要登录 配置SSH 免秘要登录,虽然就那么几步,但总是会出现点小问题,今天就做下记录.SSH 免秘钥就是让两台机器相互信任,不需要输入密码就能相互登录.配置相互信任就是把各自的 ...

  5. Win7系统安装 MySQL 8.0.11

    1. 下载 MySQL 8.0.11 版本 下载地址: https://cdn.mysql.com//Downloads/MySQL-8.0/mysql-8.0.11-winx64.zip 2. 下载 ...

  6. httpclient设置proxy与proxyselector

    If single proxy for all targets is enough for you: HttpComponentsClientHttpRequestFactory clientHttp ...

  7. SharePoint服务器端对象模型 之 访问文件和文件夹(Part 3)

    (三)遍历 文件系统的遍历是指按照文件夹的层级结构遍历文档库.列表的文件夹和列表条目.遍历主要有三种方式:(1)直接使用文件系统对象模型进行遍历:(2)使用SPDocumentLibrary进行遍历: ...

  8. of 循环 改变 对象值 对const的理解 对象的字面量 计算属性

    const arr = [{a:23,b:34},{a:123,b:134}]console.log(arr)for (let v of arr){console.log(v)const old = ...

  9. 初学习-python打印乘法表、正方形、三角形

    for x in range(1,4): for o in range(0,x-1): print('*',end='') pass pass print('*') print('\n')print( ...

  10. JavaScript中label与break配合使用

    语法 label: statement 说明 label语句可以在代码中添加标签,以便将来使用.定义的标签可以在将来由break或continue语句引用.加标签的语句一般都要与for语句等循环语句配 ...