官网说明书：http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html

1.genome brower的作用

a,展示任何尺度的基因组片段。比如，想看某条染色体的某个区域的序列。

b,展示某些位置的annotation tracks。比如，你得到一些区域的深度，你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的，他们是否有一致性。

annotation tracks展示在基因组坐标的下方。

ucsc自身带有一些annotaton tracks，一半来自已出版的文章，另一半来自其合作者。用户也可以自定义annotation tracks，这边会涉及到tracks的文件格式。

2.genome brower的开始

ucsc genome brower的用法和说明（一）的更多相关文章

  1. 使用UCSC Genome Browser下载人类所有mRNA序列

    打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据 ...

  2. UCSC genome browser 个人track 安装

    处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信 ...

  3. 生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  4. 利用mysql客户端查询UCSC数据库

    UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类.小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信 ...

  5. How to use liftover

    First step, installation: download from UCSC genome browser chmod + x Second, very important: to dow ...

  6. ChIP-seq基本流程及工具

    ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.D ...

  7. ChIP-seq 核心分析 下游分析

    http://icb.med.cornell.edu/wiki/index.php/Elementolab/ChIPseeqer_Tutorial [怪毛匠子 整理] ChIP-seq[核心分析 下游 ...

  8. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  9. bed文件格式解读

    1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息.BED ...

随机推荐

  1. PHP 代码简洁之道 （ PHP Clean Code）

    https://laravel-china.org/topics/7774/the-conciseness-of-the-php-code-php-clean-code

  2. POJ 1848 Tree

    Tree Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 30000K Total Submissions: 3506   Accepted: 1204 Description ...

  3. JSON Extractor/jp@gc - JSON Path Extractor 举例2

    测试描述 使用json返回结果做校验 测试步骤 1.配置http请求 2.根据结果树返回的json,取值 { "status_code":200, "message&qu ...

  4. webService通过response和request对象传输文件

    <code class=" hljs java">package gacl.response.study; 2 3 import java.io.IOException ...

  5. Java 基础巩固：IO

    在学习IO的时候发现IO的类太多,如InputStream下面就用ReaderInputStream.InputStreamBuffer等等, 还用Reader.Writer.OutputStream ...

  6. 【BZOJ2150】部落战争 最小流

    [BZOJ2150]部落战争 Description lanzerb的部落在A国的上部,他们不满天寒地冻的环境,于是准备向A国的下部征战来获得更大的领土. A国是一个M*N的矩阵,其中某些地方是城镇, ...

  7. cocos2d-x中关于touch事件的响应

    原作者:有缘人  来源:新浪微博 地址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6ac2c7260102vvdu.html 一.touch事件响应分为单点触摸响应和多点触摸响应. ...

  8. hdu 4627 The Unsolvable Problem【hdu2013多校3签到】

    链接: http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=4627 The Unsolvable Problem Time Limit: 2000/1000 MS ( ...

  9. iOS之事件的传递和响应机制

    前言: 按照时间顺序,事件的生命周期是这样的: 事件的产生和传递(事件如何从父控件传递到子控件并寻找到最合适的view.寻找最合适的view的底层实现.拦截事件的处理)->找到最合适的view后 ...

  10. Xcode生成ipa文件

    想到蒲公英应用做分发测试的同学们可以用的到哈 在测试的Device中切换为IOS Device,选择当前项目修改BuildSeting 在code signing Identity中选择证书,没有测试 ...