官网说明书：http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html

1.genome brower的作用

a,展示任何尺度的基因组片段。比如，想看某条染色体的某个区域的序列。

b,展示某些位置的annotation tracks。比如，你得到一些区域的深度，你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的，他们是否有一致性。

annotation tracks展示在基因组坐标的下方。

ucsc自身带有一些annotaton tracks，一半来自已出版的文章，另一半来自其合作者。用户也可以自定义annotation tracks，这边会涉及到tracks的文件格式。

2.genome brower的开始

ucsc genome brower的用法和说明（一）的更多相关文章

  1. 使用UCSC Genome Browser下载人类所有mRNA序列

    打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据 ...

  2. UCSC genome browser 个人track 安装

    处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信 ...

  3. 生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  4. 利用mysql客户端查询UCSC数据库

    UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类.小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信 ...

  5. How to use liftover

    First step, installation: download from UCSC genome browser chmod + x Second, very important: to dow ...

  6. ChIP-seq基本流程及工具

    ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.D ...

  7. ChIP-seq 核心分析 下游分析

    http://icb.med.cornell.edu/wiki/index.php/Elementolab/ChIPseeqer_Tutorial [怪毛匠子 整理] ChIP-seq[核心分析 下游 ...

  8. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  9. bed文件格式解读

    1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息.BED ...

随机推荐

  1. ionic2常见问题-启动后白屏问题

    问题描述 app启动后大概有几秒白屏,才会显示首页,如下gif图 启动有白屏.gif 解决方法1 请查看以下3张图的标注 图 1-最初config.xml配置 图 2-更改后的splash配置 图 3 ...

  2. HashMap的clear()方法和new HashMap的效率问题

    最近研究Lucene的时候,遇到的用到大量Map的问题,心生好奇,想看一下在1W,10W,100W三种数据量下,new HashMap ,与 HashMap.clear()方法的效率问题. 提前说明: ...

  3. Tomcat设置maxPostSize导致Post请求不过去

    问题:最近部署项目,用到的Tomcat 版本:7.0.82.0,发现一直登陆不了,查询发现原来前端的数据传递不到后端 排查问题:通过debug日志发现,后端没有接受到前端用户的登陆数据,检查发现Tom ...

  4. TP ajax

    ①Ajax使用:   注意传值的所有过程用的是小写,及时数据库列的名称中有大写字母 控制器部分: AjaxController.class.php <?php namespace Home\Co ...

  5. poj1026(置换找循环节)

    找到循环节,然后对应的变换 Cipher Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 20377   Accepted:  ...

  6. windows下在Eclipse中启动的tomcat没有乱码，单独部署到tomcat下乱码解决方案

    今天遇到了一个很奇怪的问题,在Eclipse中调试,运行项目一切正常,项目的所有编码都是统一的UTF-8.但是在单独部署到tomcat上的时候出现了中文乱码. 解决方案 第一步:确保项目,jsp页面, ...

  7. Exponential Backoff

    f^x(f^y+f-m)+f-n =f^(x+y)+f^(f-m)+(f-n) <?php $exponent=0; w(80,3); function w($input,$base){ glo ...

  8. Brouwer fixed-point theorem

    w https://en.wikipedia.org/wiki/Brouwer_fixed-point_theorem https://zh.wikipedia.org/wiki/布劳威尔不动点定理 ...

  9. 两个offer如何做选择？年薪20万vs年薪15万

    (附注:本文转载于:http://www.eoeandroid.com/thread-296678-1-1.html) 前些天和一个年轻的朋友谈跳槽.朋友说她需要在两个offer里面做选择.一个是年薪 ...

  10. 约束、自定义异常、hashlib模块、logging日志模块

    一.约束(重要***) 1.首先我们来说一下java和c#中的一些知识,学过java的人应该知道,java中除了有类和对象之外,还有接口类型,java规定,接口中不允许在方法内部写代码,只能约束继承它 ...