samtools 使用简述

功能如下：

1、View

　　主要功能讲sam文件转位bam文件。

涉及的参数：

　　-b 输出bam格式。。默认是sam文件

　　-h 输出的sam文件带header。。默认不带

　　-H 仅仅输出header

　　-S 输入sam文件。。默认bam文件

　　-u 输出bam文件不进行压缩。。必须有-b参数

　　-c 输出比对上的数

　　-f 输出含有所有flag都reads

　　-F 输出没有flag的reads。。数字4代表改reads没有比对上，数字8表示mate序列没有比对上

　　-q 比对的最低质量值。。一般20就可以

　　例子：

　　1⃣️ sam文件转位bam文件：samtools view -bS file.sam > file.bam

bam转sam：samtools view -h -o file.sam file.bam

2⃣️ 提取比对到参考基因组上的reads：samtools view -bF 4 file.bam > file.F.bam。。若提取两条reads都比对上，则F值设计为12。 4+8

　　3⃣️ 提取bam文件中比对到chr3的结果，并以sam文件保存：samtools view file.bam chr3 > chr.sam

2、sort

　　用法：samtools sort [-n] [-m] <in.bam> <out.bam>

　　-m 内存参数默认下500,000,000 即500M（不支持M，G等缩写）

　　-n 设定排序方式按short reads 的ID排。默认按照fasta在文件中的顺序

例子：samtools sort accepted.bam accepted.sort.accepted.sort.bam

 3、merge

　　将2个或者2个以上已经sort过的bam文件进行合并。

　　samtools merge <out.bam> <in1.bam> <in2.bam> [....]

4、index

　　必须对bam文件sort后在可以进行index。建立索引后生成.bai的文件。用于快速的随机处理。如tview等。

　　 samtools index <in.bam> <out.index>　

　　以下两种都可以：

　　samtools index file.sort.bam

　　samtools index file.sort.bam file.sort.bam.bai

5、faidx

　　对fasta文件建立索引，生成.fai文件。可以快速提取fasta文件中的某一序列

　　samtools faidx genome.fasta

　　提取序列：

　　samtools faidx genome.fasta scafold10 > scafold10.fasta

6、tview

　　smatools tview <file.bam> [ref.fasta]

　　第一排位参考基因组序列，否则为N。按下g可以输入要到达基因组的某一位点，如：“chr3:1000” 3号人色体1000位。”.“切换显示碱基和点号，用“r”显示read name 等

7、flagstat

　　samtools flagstat <in.bam>　　

待续。。。。。

https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72910115

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