bedtools的更多相关文章

  1. bedtools 每天都会用到的工具

    详细的使用说明:http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/ Collectively, the bedtools utilities are a swiss- ...

  2. 关于bedtools merge 功能中sort 命令的解释

    Bedtools 是一个很好的用来处理区间的工具,很多时候用这个底层语言编写的小工具比自己写的脚本运行快很多,但是这个工具中的某些功能对输入文件有一定的要求,比如说里面的一个merge函数,这是里面的 ...

  3. 使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）

    1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0, ...

  4. bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算

    我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用. http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全 ...

  5. bedtools简介及应用

    1)背景处理基因组数据中,比较基因组不同区域,例如寻找overlap等,是一种基本的且常见的问题.虽然UCSC 中‘Table Browser’或者Galaxy可以用来处理,但是当这些工具面对大的数据 ...

  6. bedtools 的安装与使用

    1) 安装 bedtools 提供了3种安装方式 从google code 下载源代码进行安装 利用系统中的包管理工具进行安装, 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, ma ...

  7. 使用bedtools的一个问题

    问题:有两个平行测序样本,分别得到1.vcf和2.vcf两个文件,想知道这两个文件有多少个重合点. [wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1 chr1 10 10 chr1 11 ...

  8. bedtools 用法大全

    原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个 ...

  9. Bedtools如何比较两个参考基因组注释版本的基因？

    目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个 ...

  10. Bedtools genomecov 计算覆盖度

    简单说明: 从2.28.0版开始,bedtools使用htslib库支持CRAM格式 除了BAM文件,bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割 除非使用-sorted选项,bedtools默 ...

随机推荐

  1. collides with another import statement解决办法

    如我要导入的两个包名为: import com.tesla.gateway.core.filter.Filter import ch.qos.logbak.core.filter.Filter 这样就 ...

  2. 登录mysql数据库出现 : ERROR 1045 (28000): Access denied for user 'ODBC'@'localhost' (using password: NO) ER或者忘记密码

    1.     在安装mysql的文件目录中找到配置文件my.ini  ,然后右击用记事本打开 2.     打开后,搜索mysqld关键字 找到后,在mysqld下面添加skip-grant-tabl ...

  3. HDU5972Regular Number(ShiftAnd算法 bitset)

    题意 题目链接 第一行的\(n\)表示模式串长度为\(n\) 接下来\(n\)行,每行开头有一个整数\(num\)表示匹配串中该位置的字符可以在\(num\)个桅子花出现,接下来输入这\(num\)个 ...

  4. 零基础逆向工程37_Win32_11_事件_线程同步

    1 内核对象 前面已经学过线程和互斥体两个内核对象.此节讲了事件这个内核对象.前面提出了内核对象这个概念,可能不太清晰,简单来说内核对象就是系统层的东西. 1.1 小结内核对象: 进程.线程.事件.互 ...

  5. Java 笔记 —— java 和 javac

    Java 笔记 -- java 和 javac h2{ color: #4ABCDE; } a{ text-decoration: none !important; } a:hover{ color: ...

  6. myVision云服务商业数据分析解决方案

    类型: 定制服务 软件包: business intelligence internet retailing solution collateral 联系服务商 产品详情 解决方案 概要 2014年, ...

  7. 光标显示样式 css 中 cursor 属性使用

    记录一下 cursor 的各种样式,方便自己查找.之前用到不常用的每次去 百度 或 Google 找不如自己记录下好找些. cursor光标类型 auto default none context-m ...

  8. linux基础命令-文件查看类命令cat/tac/more/less/tail/head

    cat 查看文本文件内容 -b :给每一行编号不包括空白行 -n:给所有行编号 [root@host01 tmp]# cat -An /root/anaconda-ks.cfg # Kickstart ...

  9. centos7.3上用源代码安装zabbix3.2.7

    安装zabbix之前请自行先搭建好LAMP环境! 1.下载源码安装包并解压 1.1 下载 [root@nmserver- ~]# mkdir zabbix [root@nmserver- ~]# cd ...

  10. HDFS文件操作(命令行)

    HDFS是一种分布式文件系统,为MapReduce这种框架下的海量数据分布式处理而设计. Hadoop之HDFS文件操作常有两种方式,一种是命令行方式,即Hadoop提供了一套与Linux文件命令类似 ...