Fast Newman-FN算法以及模块度定义介绍
一、社区的定义
Newman第一次提出模块度定义就是在2004年发表的这篇文章“fast algorithm for community structure in networks”,第一次用量化的公式来确定社区划分。
首先,我们来看Newman如何定义社区的:the vertices in networks are often found to cluster into tightly knit groups with a high density of within-group edges and a lower density of between -group edges。
用大白话说就是:社区内部的边尽可能地多,但是社区之间的边尽可能地少
(一些定义):i、j指社区i和社区j;
n是网络中节点的数量;
m是网络中边的数量。一条边上连接两个节点,和明显,2m即网络中所有节点度之和
二、如何量化到模快度?
我们先用eij表示社区i和社区j之间连接的边的数量比整个网络边的数量,eii表示社区i内部边的数量比整个网络边的数量,既然这样的话我们只要使∑ieii尽可能大就好了,但是问题又来了,最大肯定就是1咯,所有节点归为一个社区,那这样很明显就没有意义了。
于是他有提出,网络中连接两个同种类型的边(即社区内部的边的比例eii)减去在相同结构下任意连接这两个节点边的比例的期望,于是模块度登场
Q=∑i(eii-ai2)
其中,ai=∑jeij 表示与社区i中节点相连的边占所有边的比例。如果社团内部边的比例不大于社团内部边随机连接的期望,那么Q=0,最大时为1。一般来说,Q值最大对应的社团结构就是网络中的社团结构
三、如何变成算法可操作性?
意思来了,我们只要优化Q就好了,但是如何把n个节点划分多少个社区?每个社区多少个节点?作者指出有2n-1种可能,这样的话根本无法将Q推广在高于20节点以上的网络?为了减少时间复杂度,作者提出一种贪婪策略
FN:(1)首先将网络中每个节点自定义成一个社区
(2)计算出两两社区结合是Q的值,找到Q增加最大的或者减少最少的合并方式进行社区合并
(3)直到所有社区合并成一个大社区时停止,找出合并过程中最大的Q是的社区划分结果
这个时候,Newman有注意到,当两个社区合并时,模块度的增量detaQ=(eji+eij-2ai*aj)=2(eij-2ai*aj)
四、代码来了
clear all
close all
clc % load preprocess.mat
% E=e;
load('dolphin.mat');
E=A;
% E(find(E>0))=1;%建立邻接矩阵
tic;
e=E;
e(e==1)=1/sum(E(:));
a=sum(e);
n=size(A,2);
b=[1:n];
b=num2cell(b);%用来存储社团元素的变量
c={};
k=1;
while length(e)>1
lg=length(e);
detaQ=-(10^9)*ones(n-k+1);%△Q
for i=1:lg-1
for j=i+1:lg
if e(i,j)~=0
detaQ(i,j)=2*(e(i,j)-a(i)*a(j));%计算△Q
end
end
end
if sum(detaQ+(10^9))==0
break
end
% Q(k)=max(detaQ(:));%寻找△Q的最大值,并把它存储进Q(k)矩阵
%-----------------------------寻找最大△Q对应的两个社团,并将其合并,并改变e矩阵
[I,J]=find(detaQ==max(detaQ(:))); for ii=1:length(I)
e(J(ii),:)=e(I(ii),:)+e(J(ii),:);
e(I(ii),:)=0;
e(:,J(ii))=e(:,I(ii))+e(:,J(ii));
e(:,I(ii))=0; % e(I,I)=e(I,I)/2;
%—————————记录△Q最大所对应的社团以及各社团中的元素 b{J(ii)}=[b{I(ii)} b{J(ii)}];
b{I(ii)}=0;
end e(I,:)=[];
e(:,I)=[];
b(I)=[];
c(k,:)=num2cell(zeros(1,n));
c(k,1:length(b))=b;
for kk=1:length(b)
c2=cell2mat(c(k,kk));
c2(c2==0)=[];
c{k,kk}=c2;
c2=[];
end
a=sum(e);
k=k+1;
tmp=0;
for jj=1:length(e)
tmp=tmp+(e(jj,jj)-a(jj)*a(jj));
end
Q(k)=tmp;
end
max_k=find(Q==max(Q(:)))-1; ll=0;
for i=1:length(c(max_k,:))
if sum(c{max_k,i})~=0
ll=ll+1;
c{max_k,i}=c{max_k,i}(c{max_k,i}~=0);
end
end
c_newman=c(max_k,1:ll);
label=zeros(n,1);
for i=1:ll
label(c{max_k,i}')=i;
end
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