运行一下程序时出现“java.lang.AssertionError: SAM dictionaries are not the same”报错

java -jar picard.jar SortVcf \
I=1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf \
O=1000G_phase1.indels.hg19.sites.sorted.vcf \
SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  说明要先更新hg19.dict,在做上步之前,先运行如下命令:

java -jar picard.jar UpdateVcfSequenceDictionary \
I=1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf \
O=1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vcf \
SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  运行完后,会得到1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vcf文件

再输入如下命令:

java -Xmx60g -jar picard.jar SortVcf \
I=1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vcf \
O=1000G_phase1.indels.hg19.sites.sorted.vcf \
SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  

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