运行一下程序时出现“java.lang.AssertionError: SAM dictionaries are not the same”报错

java -jar picard.jar SortVcf \
I=1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf \
O=1000G_phase1.indels.hg19.sites.sorted.vcf \
SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  说明要先更新hg19.dict,在做上步之前,先运行如下命令:

java -jar picard.jar UpdateVcfSequenceDictionary \
I=1000G_phase1.indels.hg19.sites.vcf \
O=1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vcf \
SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  运行完后,会得到1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vcf文件

再输入如下命令:

java -Xmx60g -jar picard.jar SortVcf \
I=1000G_phase1.indels.hg19.sites.dic.vcf \
O=1000G_phase1.indels.hg19.sites.sorted.vcf \
SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict

  

出现“java.lang.AssertionError: SAM dictionaries are not the same”报错的更多相关文章

  1. java.lang.NoClassDefFoundError: javax/transaction/Synchronization (jUnit测试报错)

      测试hibernate   报错原因项目缺少包   在 hibernate 解压目录下找到 jta.jar 文件     往项目中添加该 jar 包,即可解决   添加方法:[右击项目]--> ...

  2. java.lang.UnsupportedClassVersionError(Unsupported major.minor version 49.0)报错

    报错截图如下:

  3. 开着idea,死机了,关机重启。重启之后,重新打开idea报错java.lang.AssertionError:upexpected content storage modification

    开着idea,死机了,关机重启.重启之后,重新打开idea报错java.lang.AssertionError:upexpected content storage modification. goo ...

  4. Intellij IDEA报错:Could not save application settings: java.io.IOException: java.lang.AssertionError: Unexpected content storage modificat

    Question: i have a message saying "Could not save application settings: java.io.IOException: ja ...

  5. Unexpected error: java.security.InvalidAlgorithmParameterException: the trustAnchors parameter must be non-empty 报错

    项目中遇到的获取https的数据接口数据时,Unexpected error: java.security.InvalidAlgorithmParameterException: the trustA ...

  6. EasyMock set方法报错: java.lang.AssertionError

    有返回值的方法没问题, 直接andReturn就行了. EasyMock.expect(info.getWebTitle()).andReturn(StringUtils.EMPTY).anyTime ...

  7. Java集成POI进行Excele的导入导出,以及报错: java.lang.AbstractMethodError..........

    报错信息如下 java.lang.AbstractMethodError: org.apache.poi.xssf.usermodel.XSSFCell.setCellType(Lorg/apache ...

  8. Android(java)学习笔记116:PC_Phone通信程序报错

    1.首先我写的程序代码如下: package com.himi.udpsend; import java.net.DatagramPacket; import java.net.DatagramSoc ...

  9. Android(java)学习笔记123:Clock app编写报错01

    1.首先我们二话不说直接先看报错内容如下: 07-12 08:25:03.572: E/dalvikvm(3602): native fork pid:0 done. 07-12 08:25:03.5 ...

随机推荐

  1. Zookeeper Ephemeral结点使用心得

    原文地址:https://www.cnblogs.com/linlemo/p/4807178.html 公司里面在拿Zookeeper做命名服务,通过使用ZK,前端只需要根据指定的ZK地址获得相应的资 ...

  2. 变量 var &函数new

    声明变量 变量:变量是存储信息的容器,创建变量通常称为"声明"变量 变量必须以字母开头(小驼峰式myName): 变量也能以 $ 和 _ 符号开头(不过我们不推荐这么做): 变量名 ...

  3. C. Party Lemonade

    链接 [http://codeforces.com/group/1EzrFFyOc0/contest/913/problem/C] 分析 看代码,巧妙的贪心 代码 #include<bits/s ...

  4. 【CV】CVPR2015_A Discriminative CNN Video Representation for Event Detection

    A Discriminative CNN Video Representation for Event Detection Note here: it's a learning note on the ...

  5. 个人博客-week7

    团队任务收获及个人感想 团队任务已经进行了一个多月的时间,我很荣幸能和软剑攻城队的小伙伴们度过这一个月的开发时光.在这一个月的时间里,我亲身经历了一个软件从想法到实现,从创意到实体的过程.同时我也在和 ...

  6. 《Linux内核分析》第八周学习小结 进程的切换和系统的一般执行过程

    进程的切换和系统的一般执行过程 一.进程调度的三个时机: 1.中断处理过程(包括时钟中断.I/O中断.系统调用和异常)中,直接调用schedule(),或者返回用户态时根据need_resched标记 ...

  7. sprint最后冲刺-out to out

    摘要:团队合作.实现四则APP,上传代码到github. 1.之前我们队一直无法把代码上传到github.直到今天.找到了一种可以协助代码上github的软件msysgit. 经过:(一行行看) 我们 ...

  8. 第六次作业-my Backlog

    杨灵超小组 My  Backlog                                小学生四则运算自动生成(Backlog) ID Name IMP EST How   to Demo ...

  9. Delphi/XE2 使用TIdHttp控件下载Https协议服务器文件[转]

    之前的一篇博文详细描述了使用TIdhttp控件下载http协议的文件,在我项目的使用过程中发现对于下载Https协议中的文件与Http协议的文件不同,毕竟Https在HTTP协议基础上增加了SSL协议 ...

  10. python拉格朗日插值

    #拉格朗日插值代码 import pandas as pd #导入数据分析库Pandas from scipy.interpolate import lagrange #导入拉格朗日插值函数 inpu ...