REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P)。

REPuter 是可在线注释, 详情可戳参考文献、 Robert* REPuter: The Manifold Applications of Repeat Analysis on a Genomic Scale

其中重复序列的4种类型如下所示

1 示例文件操作

  • 进入网站后,点击Submission, 而后使用示例文件example即可,点击Next

  • 选择预测重复序列类型即,如果使用Hamming distance 则 $\color{red}{Edit distance}$ 不用选即可

  • 直接点击Start 即可

2 结果显示

运行结束后,会得到如下页面,其中interactive viewer 重复序列图片显示,但是我们可以点击Download就会得到最终注释的文件。

最终的重复序列文件如下所示

# 235 -3 8 /var/bibiserv2/a
11 41 R 11 41 0 3.70e-03
13 51 C 13 148 -1 9.03e-03
15 37 R 15 41 -2 1.37e-02
15 149 R 15 149 -2 1.37e-02
10 150 R 10 150 0 1.48e-02
10 181 R 10 181 0 1.48e-02
14 145 R 14 150 -2 4.74e-02
16 47 P 16 153 -3 5.47e-02
...

第一行 235: 序列长度, 后面的-3,8 分别为maximum allowed distance, minimum repeat size

下面每一列的分别为:

  • 重复第一部分序列长度
  • 重复第一部分起始位置
  • 重复类型
  • 重复第二部分序列长度
  • 重复第二部分起始位置
  • 重复距离
  • E-value

欢迎扫码交流

REPuter注释叶绿体重复序列的更多相关文章

  1. MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR

    SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复. 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元,比如 ...

  2. 使用BRAKER2进行基因组注释

    来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转 ...

  3. 植物基因组|注释版本问题|重测序vs泛基因组

    生命组学: 细菌和其他物种比,容易发生基因漂移,duplication和重排. 泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene,研究其调控机制(即通过 ...

  4. 【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑

    目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库 后记 1.co ...

  5. mVISTA 多序列比对叶绿体基因组

    mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较,可以对比对结果进行可视化. 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件(或者GE ...

  6. shell注释

    sh里没有多行注释,只能每一行加一个#号.只能像这样: #-------------------------------------------- # 这是一个自动打ipa的脚本,基于webfrogs ...

  7. 浅谈JSP注释

    HTML注释 JSP文件是由HTML尿急和嵌入的Java程序片段组成的,所以在HTML中的注释同样可以在JSP文件中使用.注释格式:<!--注释内容--> <!-- 欢迎提示信息! ...

  8. 注释生成Api文档

    1.开发背景 最近一直在写dubbo接口,以前总是用word文档写接口描述然后发给别人.现在太多了,而且跟别人对接联调的人家急着用,根本没时间去写word文档.那就想想怎么用doc文档注释自动生成接口 ...

  9. grep 查找bash脚本中的注释代码

    出于安全性的考虑,不建议在bash脚本中注释掉不使用的代码.也就是说如果某段代码不使用了,那么应该删除掉,而不是简单地注释掉.假如你突然意识到这一点,而以前并没有遵从这个原则,现在需要找出脚本中的注释 ...

随机推荐

  1. 【UE4 C++】UKismetMathLibrary 源代码

    // Copyright Epic Games, Inc. All Rights Reserved. #pragma once #include "CoreMinimal.h" # ...

  2. 【数据结构与算法Python版学习笔记】树——平衡二叉搜索树(AVL树)

    定义 能够在key插入时一直保持平衡的二叉查找树: AVL树 利用AVL树实现ADT Map, 基本上与BST的实现相同,不同之处仅在于二叉树的生成与维护过程 平衡因子 AVL树的实现中, 需要对每个 ...

  3. 分布式表示(Distributed Representation)

    NLP模型笔记 - 分布式表示 ziuno 2020-03-08 19:52:50 410 收藏 2 分类专栏: NLP 模型 笔记 文章标签: nlp 最后发布:2020-03-08 19:52:5 ...

  4. echart3 力引导布局实现节点的提示和折叠

    最近在项目中需要开发一个图表来显示人员的各种属性,类似于一种树形的结构进行显示数据.如果多个人员有同一个属性,那么需要将相同的属性进行连线,即关联起来.即形成一个关系图,由于我自身对echarts稍微 ...

  5. [BZOI2014]大融合——————线段树进阶

    竟然改了不到一小时就改出来了, 可喜可贺 Description Solution 一开始想的是边两侧简单路径之和的乘积,之后发现这是个树形结构,简单路径数就是节点数. 之后的难点就变成了如何求线段树 ...

  6. MVC +Jqyery+Ajax 实现弹出层提醒

    CSS部分: /*登录提示*/ * {margin: 0; padding: 0; } .layer { width: 350px; padding: 20px; background: #fff; ...

  7. html5的Message信息提示框

    1.定义dialog <dialog id="showDialog"> <div>您没有权限访问本页面!</div> </dialog&g ...

  8. (二)FastDFS 高可用集群架构学习---搭建

    一.单group 单磁盘 的 FastDFS 集群 a.前期准备 1.系统软件说明: 名称 说明 CentOS 7.x(安装系统) libfastcommon FastDFS分离出的一些公用函数包 F ...

  9. LINUX系统新增及自动挂载硬盘-九五小庞

    Linux系统下,添加新硬盘后,自动挂载的方法   1,列出所有硬盘,找到需要挂载的硬盘,例如/dev/vdb.输入: fdisk -l   2,查看硬盘是不是已经被挂载.一个硬盘不能重复挂载,已经挂 ...

  10. 三. 为什么要用Promise

    # 三. 为什么要用Promise /* 1.指定回调函数的方式更加灵活: 旧的:必须在启动异步任务前指定 promise:启动异步任务 => 返回promie对象 => 给promise ...