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《深入PHP:面向对象、模式与实践》(第3版) –理解PHP中的面向对象和设计模式
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数据库相关(主要是Mysql)
《MySQL必知必会》 –极好的MySQL语法参考书
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《MySQL性能调优与架构设计》 –关于很多架构和优化配置
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《O'Reilly:图灵程序设计丛书:深入学习MongoDB》
Linux 方面:
《Linux 系统管理技术手册》 案头必备的工具书。
《鸟哥的 Linux 私房菜》不错的入门书。
《Linux 101 Hacks》常用命令手册
《UNIX Shell Scripting》写脚本的参考书(选看)
其他
《精益开发实战:用看板管理大型项目》 敏捷开发指导
《重来:更为简单有效的商业思维》 值得一看
《程序员的自我修养》别被名字误导,极好的一本深度基础书。
《画家与黑客》,很好的一本书
以下就不是初学者看的了,想要深入成为大牛者阅之。

Linux 编程:
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《UNIX 网络编程》经典
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《C++ 编程思想》经典
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Golang:
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Python:
《Python 标准库》适合经常翻翻
《Python参考手册》 案头必读
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其他:
《数学之美》 文津图书奖科普获奖书,Google黑板报百万点击!
《深入理解计算机系统》经典,必读
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《汇编语言》王爽 最好的汇编入门书
《数据结构》C 语言版 经典
《Java 数据结构和算法》更易阅读
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《设计模式——可复用面向对象软件的基础》经典
《MongoDB, The Definitive Guide》
《数据库系统实现》(第2版)–想自己开发数据库可以看看
《精通正则表达式(第3版)》 –深入了解和使用正则

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