解读人:林山云,Proteomic Identification of Protein Glutathionylation in Cardiomyocytes(心肌细胞蛋白质谷胱甘肽修饰的蛋白质组鉴定)
发表时间:(2019年4月)
IF:3.950
单位:韦恩州立大学化学系
物种:小鼠心肌细胞
技术:谷胱甘肽修饰蛋白组学
一、 概述:
本研究采用化学选择性蛋白组学方法,鉴定出过氧化物诱导HL-1小鼠心肌细胞后的含有半胱氨酸特异位点谷胱甘肽修饰多肽1763个,经过生信分析发现125个与心肌疾病相关的谷胱甘肽修饰蛋白,这些被修饰蛋白包括肌节结构和收缩蛋白、分子伴侣、信号及调节蛋白。并进一步通过对修饰位点的结构分析,预测蛋白质谷胱甘肽修饰对功能的作用。本研究建立了一个选择性直接鉴定谷胱甘肽修饰蛋白质的方法。
二、 研究背景:
活性氧自由基 (ROS)的过量产生于许多心血管疾病相关,如心肌病变。ROS会介导多种氧化修饰,谷胱甘肽化就是在氧化应激时一种重要的蛋白质氧化作用。但直接并且位点特异性的鉴定谷胱甘肽修饰心肌蛋白的蛋白质组学方法很有限。本研究建立“可键接谷胱甘肽(clickable glutathione )“法,能够直接鉴定谷胱甘肽修饰心肌细胞蛋白质。
三、实验设计:
四、研究成果:
1. 可键接谷胱甘肽法的建立。
(A)HL-1细胞转染突变型谷胱甘肽合酶GS M4后,催化叠氮丙氨酸合成N3-GSH,过氧化物刺激后,通过键接反应使谷胱甘肽修饰蛋白被生物素或荧光基团标记。
(B)标记生物素-DADPS的谷胱甘肽修饰多肽结合链亲和素-琼脂糖,经过胰酶消化。然后酸性反应下DADPS链接断开,谷胱甘肽修饰多肽被洗脱并LC-MS/MS分析。
图1.键接谷胱甘肽法鉴定特异半胱氨酸残基谷胱甘肽修饰多肽图示
2. 使用该法在HL-1小鼠心肌细胞里鉴定出谷胱甘肽修饰多肽超过1700条、蛋白质1000多个(图2C),比无ROS诱导时,即未被谷胱甘肽修饰时鉴定到的数量大大增加(图2A/2C)。并比较了3种生物素衍生物的洗脱效率,发现DDE和DADPS(图2B)洗脱信号最强。生信分析(DAVID GO)表明谷胱甘肽修饰会影响多种生物进程,包括代谢、翻译和蛋白折叠(图3)。STRING和聚类分析发现其中125个蛋白的突变或功能改变与心肌病变有关(图3A);尤其是肌原纤维和电子传递链的蛋白质,表明谷胱甘肽修饰对蛋白质功能的潜在影响。
图2
图3
3. 在结构数据中发掘谷胱甘肽修饰半胱氨酸位点,以期能够预测谷胱甘肽修饰对功能的潜在作用,本研究选取了CSRP3/MLP蛋白(图4)——研究表明该蛋白的多点突变会导致心肌病变,发现本研究中该蛋白C25残基被谷胱甘肽修饰,该残基与心肌肥大关联位点S54和E55十分接近(仅6-7 Å),推测谷胱甘肽修饰破坏了S54和E55残基附近的构型,进而导致蛋白功能的改变。
此外,本研究还分析了复合体Ⅰ(图5)、复合体Ⅱ和复合体Ⅲ中半胱氨酸残基谷胱甘肽修饰的情况.
图4
图5
文章亮点(与产品的结合点):
本研究通过键接反应使谷胱甘肽标记上亲和素或荧光基团,从而可以有选择性地富集谷胱甘肽修饰多肽,并直接通过质谱分析确定被修饰位点。建立了一种发掘和鉴定蛋白质谷胱甘肽修饰可行方法。
解读人:林山云,Proteomic Identification of Protein Glutathionylation in Cardiomyocytes(心肌细胞蛋白质谷胱甘肽修饰的蛋白质组鉴定)的更多相关文章
- Integration of Metabolomics and Transcriptomics To Reveal Metabolic Characteristics and Key Targets Associated with Cisplatin Resistance in Nonsmall Cell Lung Cancer(解读人:林山云)
期刊名:J. Proteome Res 发表时间:(2019年8月) IF:3.78 单位: 上海第九人民医院药学系,上海交通大学药学院 上海交通大学药物与生物化学系 物种:人源A549细胞系 技 ...
- Journal of Proteome Research | An automated ‘cells-to-peptides’ sample preparation workflow for high-throughput, quantitative proteomic assays of microbes (解读人:陈浩)
文献名:An automated ‘cells-to-peptides’ sample preparation workflow for high-throughput, quantitative p ...
- 解读人:刘杰,Targeted Quantitative Kinome Analysis Identifies PRPS2 as a Promoter for Colorectal Cancer Metastasis(PRM-磷酸化激酶定量发现结肠癌转移促进因子-PRPS2)
关键词:PRM,kinase,colorectal cancer, metastasis, PRPS2 来自加州大学河滨分校的Yinsheng Wang教授应用PRM技术筛选出介导结肠癌细胞转移促进因 ...
- Mol Cell Proteomics. | Prediction of LC-MS/MS properties of peptides from sequence by deep learning (通过深度学习技术根据肽段序列预测其LC-MS/MS谱特征) (解读人:梅占龙)
通过深度学习技术根据肽段序列预测其LC-MS/MS谱特征 解读人:梅占龙 质谱平台 文献名:Prediction of LC-MS/MS properties of peptides from se ...
- Journal of Proteome Research | Current understanding of human metaproteome association and modulation(人类宏蛋白质组研究近期综述)(解读人:李巧珍)
文献名:Current understanding of human metaproteome association and modulation(人类宏蛋白质组研究近期综述) 期刊名:J Prot ...
- Journal of Proteome Research | SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation | SAAV的识别、功能注释和检索 | (解读人:徐洪凯)
文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants fo ...
- Mol Cell Proteomics. | Identification of salivary biomarkers for oral cancer detection with untargeted and targeted quantitative proteomics approaches (解读人:卜繁宇)
文献名:Identification of salivary biomarkers for oral cancer detection with untargeted and targeted qua ...
- Journal of Proteome Research | Proteomic Profiling of Rhabdomyosarcoma-Derived Exosomes Yield Insights into Their Functional Role in Paracrine Signaling (解读人:孙国莹)
文献名:Proteomic Profiling of Rhabdomyosarcoma-Derived Exosomes Yield Insights into Their Functional Ro ...
- Journal of Proteome Research | Global Proteomic Analysis of Lysine Succinylation in Zebrafish (Danio rerio) (解读人:关姣)
文献名:Global Proteomic Analysis of Lysine Succinylation in Zebrafish (Danio rerio)(斑马鱼赖氨酸琥珀酰化的全球蛋白质组学分 ...
随机推荐
- Java中自定义枚举(Enum)项的值,可设置为指定的值
一.代码 package base.lang; /** * ClassName: StateEnum * @Description: TODO * @author fuming * @date 20 ...
- Navicat for Oracle中如何使用外键
转自:https://blog.csdn.net/weixin_39183543/article/details/80555104 1. 外键名最后保存的时候自动生成: 2. 参考模式自动生成: 3. ...
- delphi 蓝牙 TBluetoothLE
delphi 蓝牙 TBluetoothLE.TBluetoothLEManager BLE http://docwiki.embarcadero.com/RADStudio/Seattle/en/U ...
- UML在实践中的现状和一些建议
本文是我在csdn上看到的文章,由于认识中的共鸣,摘抄至此. 原文地址:http://blog.csdn.net/vrman/article/details/280157 UML在国内不少地方获得了应 ...
- css水平居中,竖直居中技巧(一)
css水平居中,竖直居中技巧(一)===### 1.效果 ### 2.代码#### 2.1.index.html <!DOCTYPE html> <html lang="z ...
- [poj1703]Find them, Catch them(种类并查集)
题意:食物链的弱化版本 解题关键:种类并查集,注意向量的合成. $rank$为1代表与父亲对立,$rank$为0代表与父亲同类. #include<iostream> #include&l ...
- eclipse格式化代码模板
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?> <profi ...
- return()函数
在函数中,执行完return()函数后,下面的语句就不会再执行了.例子: <?php function fn() { echo "you are awsome"; retur ...
- Python_pip_02_利用pip安装模块(以安装pyperclip为例)
>任务:利用pip安装pyperclip模块 >前提 你已经在你的电脑里面安装啦Python2.7的Windows版本,并且已经配置了环境变量 >实现步骤 >>打开你的P ...
- php学习笔记-默认参数
在定义函数的时候,我们可以把其中的一个参数变的特殊起来,使它有一个默认值,这个参数就叫默认参数.在调用这个函数的时候,你既可以给这个默认参数传递一个值,这样的话默认参数的值会被覆盖掉,也可以不给它传递 ...