一、准备工作

    meerkat 0.189版本和以前的版本相比,支持bwa mem 输出的bam文件,还支持全外显子数据count SV。

meerkat原理:参见http://compbio.med.harvard.edu/Meerkat/

    1.1 需要准备的软件

        1. unix/Linux系统(自带)

2. CMake(自带)

3. PERL 5.8.1及以上(自带)

4. BioPERL 1.5.0及以上(自行安装)

5. R 2.3.1及以上(自带)

6. samtools 0.1.5到0.1.19(不支持新版本samtools)

7. BWA 0.6.2.(已经可以支持新版本的BWA,但是 split read alignment 的时候必须用0.6.2版本)

8. NCBI blast 2.2.24及以上(自行安装)

9. Primer32.2.0及以上(自行安装)

    1.2 需要准备的文件

        1.参考基因组fasta文件(单独放在文件夹),运行perl脚本,用BioPerl的Bio:DB::Fasta进行处理

#!/bin/perl
use Bio::DB::Fasta; # Create database from a directory of Fasta files
my $db = Bio::DB::Fasta->new('/home/ywliao/utilities/UCSC/hg19_FA');
my @ids = $db->get_all_primary_ids;
 

2.bwa index 对基因组文件建立的index(实验室已有)

3. samtools faidx 对基因组文件建立的index

samtools faidx hg19ref_order.fa 

4.UCSC下载的参考基因注释文件,knowGene.txt 用sort refGene.txt -k 3,3 -k 5,5n > refGene_sorted.txt命令进行sort

 sort knownGene.txt -k , -k ,5n > hg19_knowGene_sorted.txt 

5.UCSC下载Repeat annotation。(基因注释文件也可以在这里输出)

 1.3 照着manual 安装。

下载meerkat压缩包,解压。进入meerkat文件夹。

1.build mybamtools,  生成lib文件夹,文件夹包含着需要链接的动态库

cd ./src/
tar xjvf mybamtools.tbz
cd mybamtools
mkdir build
cd build
cmake ..
make

2.build bamreader

tar xjvf bamreader.tbz
cd bamreader
# Edit Makefile and set BTROOT to the path to which mybamtools was extracted.
#vi Makefile
#BTROOT = /home/ywliao/bin/Meerkat/src/mybamtoolsmake mv ./bamreader ../../bin

结果报错如下,

作如下调试

make clean (清除刚才的安装)
#修改makefile
#from: ... -lbamtools -lbamtools-utils
#to: ... -lbamtools -lbamtools-utils -lz
make

编译成功,但是运行./bamreader 继续报错

解决方法如下

export LD_LIBRARY_PATH=/home/ywliao/bin/Meerkat/src/mybamtools/lib

将mybamtools/lib路径加入LD_LIBRARY_PATH变量即可。

3.build dre

tar xjvf dre.tbz
cd dre
#Edit Makefile and set BTROOT to the path to which mybamtools was extracted.
#vi Makefile
#BTROOT = /home/ywliao/bin/Meerkat/src/mybamtools/
make mv ./dre ../../bin/

4.build sclus

tar xjvf sclus.tbz
cd sclus
make
mv ./sclus ../../bin/

二、预处理

    manual明确指出不建议用默认参数

    perl ./scripts/pre_process.pl [options]

-b  FILE    已经sort和index的bam文件

-k  INT    过滤掉的最小的覆盖度(过滤覆盖过多reads的位置,默认500;过滤mapped到着丝粒的reads,通过它显示出的覆盖次数,在肿瘤样品中应该观察拷贝数,应设置一个更高的数值,比如1500,以至于不忽略这些事件

  -r  INT    被用于计算分布的插入长度的幅度(默认1000),会生成一个pdf的分布图,显示插入片段长度的分布,0关掉这个函数

-n  INT    每个read group被用于计算插入片段大小分布的reads数,0 使用全部reads,默认1000

  -l  INT    提取配对的softclip reads,或者其他配对的,但是有某一个mapped不上或者都mapped不上的reads,默认1。对于插入片段很小的,在sv断点上就会有reads覆盖,这样得到的reads就会部分比对或者比对不上。运行的时候,对于一个末端mapped上,另一个read末端部分比对上的reads对,会把部分比对read的unmapped部分提取出来和mapped的read组成人为的read对;对于一个末端比对上,一个末端unmapped的reads对,那么unmapped read 的起始和末端的序列分别提取和mapped的read组成两对人为的read对;-c 参数就是控制提取的部分的大小,这样人为的reads对重新mapping 到参考基因组。如果插入片段小但是read的长度长,那么就会很大的增加敏感性。对于短长度的read,应设置为0。对于bwa mem 出来的基因组,不需要重新mapping,所以可以关掉这一参数,在meerkat.pl中也一样。

-q  INT    削减reads数,等同于bwa 的-q参数,默认15

  -c  INT    设置开始和末端剪下softclip 或者unmapped 的read的bp数,这些剪下的reads 用来比对参考基因组,寻找更小事件。应轻微小于1/2的read长度,默认参数适合长读长的人类基因组。

-s  INT    设置开始和末端剪下softclip 或者unmapped 的read的bp数,这些剪下的reads 用来split reads mapping,必须和下一步meerkat的-s参数设置一样。在不牺牲mapping能力的情况下,值可以设的小一点。应该设置1/5到1/3的read长度。

   -u  INT    处理uu reads 对(双unmapped reads对,分成4对。默认0。如果测序质量够好,并且基因组没有什么重复的话,对于识别小事件非常有用,人类基因组建议关闭函数。

  -f  INT     clip 比对时允许输出到XA标签的备择比对数量,默认100

  -N  INT    clip和split reads必须Ns阈值,默认是5

-t  INT    bwa align用到的线程数

    -R  STR    包含黑名单reads的文件,一个group id 一行,如果对于一个group的单一比对reads少于30%,推荐不出这个group,如果group的

    -I  STR    bwa_index路径,bwa index 生成的参考基因index路径,不是文件,用于bwa align,如果l(L发音)参数设为1的话应设置

  -A  STR   参考基因的fasta.fai文件,用于bwa align(查看代码发现就是上文提到的samtools建立的参考基因的fai文件)

    -S  STR    samtools路径,如果不存在于环境变量的话

   -W  STR    bwa途径,如果不存在于环境变量的话

    -P  STR    指定运行步骤,[ all | is | cl ],默认全部

is:提取unmapped,softclip reads,计算插入片段分布

cl: map soft clip 配对reads 到参考基因组,如果使用多线程的话,应分步,cl1运行多线程,cl2运行单线程

     -h  help

manual中给出的例子。

    1. 50bp的reads,<10x TCGA 基因组

建议使用-s 18 -l 0 -q 0

估计50bp片段过小,所以-s 选项 以1/3 read 长度,短长度reads,-l设置为0,估计测序深度不深,所以 并不trimming reads,所以-q 设置为0

2. 101bp reads, 20-30x and 60-80x TCGA 基因组

建议使用-s 20 -k 1500 -q 15

如果是bwa mem出来的文件,建议使用-s 20 -k 1500 -q 15 -l 0

75-101bp的reads,-s 选项应该设置为1/5 read 长度,20,因为人类癌症基因,所以-k选项设为1500,测序深度够深,所以可以设置过滤的basequality为15。bwa mem mapping的数数据-l设置为0

     3.  TCGA WES 数据

           建议使用-s 20 -k 10000 -q 5

-k 10000表示10000的copy number的reads也会留下,-q 5,就是过滤的basequality为5

这次我们实验室分析的数据,150bp 读长,测序深度8x,bwa mem 肿瘤数据,我选择参数为-s 30 -k 1500 -q 0 -l 0

perl /home/ywliao/bin/Meerkat/scripts/pre_process.pl -b $inputfile -k  -t  -l  -q  -P is -A $hg19_fai -W $bwa_dir -s  -S $samtools_dir

perl /home/ywliao/bin/Meerkat/scripts/pre_process.pl -b $inputfile -k  -t  -l  -q  -P cl1 -A $hg19_fai -W $bwa_dir -s  -S $samtools_dir

perl /home/ywliao/bin/Meerkat/scripts/pre_process.pl -b $inputfile -k  -t  -l  -q  -P cl2 -A $hg19_fai -W $bwa_dir -s  -S $samtools_dir

参考资料

meerkat manual :http://gensoft.pasteur.fr/docs/Meerkat/0.189/Manual_0.189.pdf

生物结构变异分析软件meerkat 0.189使用笔记(一)的更多相关文章

  1. 生物结构变异分析软件meerkat 0.189使用笔记(二)

    一. 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该 ...

  2. 江中微型统计分析软件V1.0版本完成

    中文名称:江中微型统计分析软件 英文名称: 项目名称:JXUTCMMSAS 项目地址:保密 在研究生最后历时1年的时间里,完成了江中微型统计分析软件V1.0,后续还在不断更新中,将自己的改进算法.机器 ...

  3. 《玩转Django2.0》读书笔记-Django建站基础

    <玩转Django2.0>读书笔记-Django建站基础 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一.网站的定义及组成 网站(Website)是指在因特网上根据一 ...

  4. cocos2d-x 3.0游戏实例学习笔记 《跑酷》 完结篇--源代码放送

    说明:这里是借鉴:晓风残月前辈的博客,他是将泰然网的跑酷教程,用cocos2d-x 2.X 版本号重写的,眼下我正在学习cocos2d-X3.0 于是就用cocos2d-X 3.0重写,并做相关笔记 ...

  5. 《玩转Django2.0》读书笔记-探究视图

    <玩转Django2.0>读书笔记-探究视图 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 视图(View)是Django的MTV架构模式的V部分,主要负责处理用户请求 ...

  6. 《玩转Django2.0》读书笔记-编写URL规则

    <玩转Django2.0>读书笔记-编写URL规则 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. URL(Uniform Resource Locator,统一资源定位 ...

  7. 《玩转Django2.0》读书笔记-Django配置信息

    <玩转Django2.0>读书笔记-Django配置信息 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 项目配置是根据实际开发需求从而对整个Web框架编写相应配置信息. ...

  8. 从零开始搭建.NET Core 2.0 API(学习笔记一)

    从零开始搭建.NET Core 2.0 API(学习笔记一) 一. VS 2017 新建一个项目 选择ASP.NET Core Web应用程序,再选择Web API,选择ASP.NET Core 2. ...

  9. USB2.0协议学习笔记---USB数据包结构

    USB包类型和传输过程  USB是一种串行总线,因此数据都是一位一位传输的,如同串口那样,但是USB在真实物理电路上却不是TTL电平,而是一种差分信号采用NRZI编码,就是用变化表示0,不变表示1,同 ...

随机推荐

  1. document.activeElement 过滤选择文件弹窗导致的页面失焦

    在线考试页面,常常需要检测用户是否作弊. 一般是监听页面是否失焦的方式,而失焦的方式有很多种,比如QQ弹窗,切换页面,切换程序,input文件上传选择文件等 选择文件是正常情况,这种情况下需要过滤 本 ...

  2. xftp上传失败之解决办法

    修改/usr/local 文件夹权限 rwx 为不可读不可写第三方不可访问 报错 传输状态 恢复文件夹/usr/local 读写第三方访问权限 成功上传

  3. VUE 2.0 引入高德地图,自行封装组件

    1. 高德地图官网 申请帐号, 申请相应(JavaScript API)的 Key 2. 在项目中引入, 这里和其他的引入不同的是 直接在 index.html, 不是在 main.js 引入, 博主 ...

  4. linux命令详解:pgrep命令

    转载:http://www.th7.cn/system/lin/201311/46742.shtml 前言    经常要查看进程的信息,包括进程的是否已经消亡,通过pgrep来获得正在被调度的进程的相 ...

  5. Invoke 与 BeginInvoke 应用场景

    1.委托中 Invoke , BeginInvoke 特点 Invoke  : 同步调用 , 委托在当前线程执行 BeginInvoke : 异步调用 , 通常使用线程池资源执行委托. 2. UI  ...

  6. maven中的传递依赖和传递依赖的解除

    例如创建三个maven工程A B C pom文件分别为 A <project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns: ...

  7. ch11 持有对象

    Java集合的基本类型:List.Set.Queue.Map 使用容器时若未指定泛型参数ArrayList apples=new ArrayList();,则容器中所有元素都为Object类型,使用时 ...

  8. 初学node.js有感一

    Node.js感悟 一.前言 很久以前就对node.js十分的好奇和感兴趣,因为种种原因没能去深入的认识了解和学习掌握这门技术,最近正好要做一些项目,其中就用到了node.js中的一些东西,所以借着使 ...

  9. 动态规划算法的java实现

    一:动态规划 1)动态规划的向前处理法 java中没有指针,所以邻接表的存储需要转化一中形式,用数组存储邻接表 用三个数组u,v,w存储边,u数组代表起点,v数组代表终点,w代表权值;例如:1--&g ...

  10. Jenkins系列——使用checkstyle进行代码规范检查

    1.目标 通过jenkins使用checkstyle对代码进行规范检查并生成html报告. 构建采用shell. 2.环境 checkstyle5.7(如果是Linux版本选用tar.gz格式) ap ...