如何利用R包qqman画曼哈顿图？

如何利用R包qqman画曼哈顿图？

2017-07-10 lili 生信人

众多周知，R语言提供了各种各样的包，方便实现我们的目的，下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包：qqman

install.packages(“qqman”)  # 安装包

library(“qqman”)  #加载包

data(package=“qqman”)  #　查看qqman包中的测试数据，此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据

View(gwasResults)  #查看　gwasResult的数据格式

head(snpsOfInterest)#查看　snpsOfInterest的数据格式

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1.数据格式。

 

文件命名为gwasResults

表头依次是SNP(snp名称，字符型，命名时以“rs”开头),CHR（染色体编号，整型）,BP（碱基位置，整型）,P（数值型）

2.snpsOfInterest

 

文件中是需要高亮的snp位点

3. 参数说明

 

x: 输入数据

col: 定义x轴染色体的颜色　

chrlabs：自定义染色体标号

suggestiveline: 添加一条横线，默认值是－log10(1e－5)

genomewideline: 添加一条横线，默认值是－log10(5e－10)

highlight: 需要标亮的snp位点

 

4.画图

Library(“qqman”)

manhattan(gwasResults)####出现下图

manhattan(gwasResults,highlight = snpsOfInterest,col=c("#A4D3EE","#DDA0DD"))

#####出现下图

当需要单独画某一条染色体时：

manhattan(subset(gwasResults,CHR==2),col="#DDA0DD")###出现下图