题意:

  DNA序列,在母串s中匹配模式串t,对于s中每个位置i,只要s[i-k]到s[i+k]中有c就认为匹配了c。求有多少个位置匹配了t。

分析:

  这个字符串匹配的方式,什么kmp,各种自动机都不灵。

  所以有一个邪门功夫,fft字符串匹配。(做过洛谷《残缺的字符串》一题的应该都不陌生,带通配符的匹配字符串可以用fft卷积来做)

  首先,由于字符集大小只有4,所以我们可以对每个字符分别考虑。

  根据题意,对于每个字符,我们预处理a[i]数组,代表i位置是否能匹配当前字符(左右k个能匹配也算)

  之后b[i]数组,保存t[i]位置的字符是不是c。

  然后将b数组倒过来,fft做一下卷积,把答案累计起来检查总和是不是m就可以判断是否匹配。

代码:

 #include<bits/stdc++.h>
#define db double
#define cp complex<db>
using namespace std;
const int N=;
const db pi=acos(-);
int ans,ton[N],n,m,k,lm,L,r[N];
char s[N],t[N];cp a[N],b[N];
void init(){
scanf("%d%d%d%s%s",&n,&m,&k,s,t);
} void fft(cp *f,int op){
for(int i=;i<lm;i++)
if(i>r[i]) swap(f[i],f[r[i]]);
for(int l=;l<lm;l<<=){
cp wn(cos(pi/l),op*sin(pi/l));
for(int i=;i<lm;i+=(l<<)){
cp w(,);
for(int j=;j<l;j++,w*=wn){
cp T=w*f[i+j+l];
f[i+j+l]=f[i+j]-T;f[i+j]+=T;
}
}
} if(op==-) for(int i=;i<lm;i++) f[i]/=lm;
} void calc(char c){
memset(a,,sizeof(a));memset(b,,sizeof(b));
int cnt=;
for(int i=;i<k;i++) cnt+=(s[i]==c);
for(int i=;i<n;i++){
if(i+k<n) cnt+=(s[i+k]==c);
if(i-k->=) cnt-=(s[i-k-]==c);
a[i]=cnt>?:;cout<<a[i]<<" ";
} for(int i=;i<m;i++) b[i]=(t[i]==c);puts("");
fft(a,);fft(b,);
for(int i=;i<lm;i++) a[i]*=b[i];
fft(a,-);for(int i=;i<=n-m;i++)
ton[i]+=(int)(a[i+m-].real()+0.5);
} void solve(){
for(lm=;lm<=n+m-;lm<<=,L++);
for(int i=;i<lm;i++)
r[i]=(r[i>>]>>)|((i&)<<(L-));
reverse(t,t+m);calc('A');
calc('G');calc('C');calc('T');
for(int i=;i<=n-m;i++) if(ton[i]==m) ans++;
printf("%d\n",ans);
} int main(){
init();solve();return ;
}

fft字符串匹配

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