尹师妹：“哈师兄，做验证实验好辛苦，老板让我提高筛选差异基因的条件，尽量降低假阳性，我该怎么筛？”

小哈打开Evernote，给尹师妹看张表：

“瞧见那个100%了吗？30 million mapped reads的情况下，10次重复，2倍筛选条件，Statistical power100%，找出来的都是真的应答基因；只做3次重复，2倍筛选条件，可以达到87%；

如果测序深度降到15 million mapped reads，需要10次重复，才能到85%。”

尹师妹：“我的样品有30 M mapped reads，3次重复，我用2倍，87%的Statistical power，我觉得这样可以接受。”

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-016-0881-8

查看《生信小硕乱入生物实验室的幸福生活》系列其他文章，请关注嘉因生物，回复小哈+文章编号，例如回复“小哈1”。

小哈1. 哈师弟的博士研究僧之旅开篇

小哈2. 怎样批量查看lncRNA跟疾病的关系

小哈3. 如何避免批次效应导致的结果不可靠

小哈4. 缺了对照会怎样

小哈5. 家族遗传病如何设计测序实验

小哈6. 遗传病的显隐性、伴性遗传的判断

小哈7. Jane帮你选期刊，选审稿人

小哈8. 用Gnosis直接按影响因子检索paper

小哈9. 组蛋白修饰预示着什么？

小哈10. 药物处理多久后能看到组蛋白修饰的变化？

小哈11. lncRNA上的SNP对其作用机制的影响

小哈12. 需要测多少数据量？read数和G的换算

小哈13. RT-qPCR验证，选哪个lncRNA的哪段设计引物？

小哈14. 研究单个基因的生物信息学分析工具（大全）

小哈15. miRNA的RT-qPCR验证，小伙伴儿亲测，高效，便宜，不限物种（附各试剂货号）

小哈16. RNA-seq要做几次生物学重复？找出来的100%都是真正的应答基因

RNA-seq要做几次生物学重复？找出来的100%都是真正的应答基因的更多相关文章

  1. 无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates

    无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biologic ...

  2. RNA seq 两种计算基因表达量方法

    两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比 ...

  3. RNA -seq

    RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同 ...

  4. RNA剪接体 Spliceosome | 冷冻电镜 | 结构生物学

    冷冻电镜 为什么冷冻电镜 (Cryo-EM) 技术的发明可以获得2017诺贝尔化学奖?知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 We ...

  5. python小脚本（18-11.10）-修改excle后批量生成，作用：导入数据时，系统做了不能导入重复数据时的限制时使用 -本来是小白，大神勿扰

    from testcase.test_mokuai.operation_excle import OperationExcleimport shutil class test_daoru(): #一个 ...

  6. RNA-seq 生物学重复相关性验证

    根据拿到的表达矩阵设为exprSet 1.用scale 进行标准化 数据中心化:数据集中的各个数字减去数据集的均值 数据标准化:中心化之后的数据在除以数据集的标准差. 在R中利用scale方法来对数据 ...

  7. 转行做开发的Wiki：找好方向

    案 我是一个从建筑行业转行过来的后端工程师,转行来写代码了.最近发现经常有同学和网上的朋友问我一些转行的问题,零零散散地回答莫不如写一篇文章,以后回答此类问题就方便多了. 我的专业是给排水,属于非常传 ...

  8. Web测试要点 做移动端的测试，也做web端的测试，甚至后面桌面端的测试和后台的测试也做了，基本上把我们产品各个端都玩了一轮

    Web测试要点 一.功能测试 1.链接测试 (1).测试所有链接是否按指示的那样确实链接到了该链接的页面:  (2).测试所链接的页面是否存在:  (3).保证Web应用系统上没有孤立的页面(所谓孤立 ...

  9. 【转帖】Python 重复造轮子/造轮子找模子，你都应该熟读该文

    Chardet,字符编码探测器,可以自动检测文本.网页.xml的编码. colorama,主要用来给文本添加各种颜色,并且非常简单易用. Prettytable,主要用于在终端或浏览器端构建格式化的输 ...

随机推荐

  1. cecium 笔记

    1.Build文件夹 整个拷贝到public文件下,便可使用 2.BingMap(必应地图) Key申请之后,到Build/Cecium/Cecium.js更改默认Key, i.defaultKey ...

  2. python入门-异常

    1 报错的例子 print(5/0) 2跳过报错的例子 try: print(5/0) except ZeroDivisionError: print("You can't divide b ...

  3. POI 生成带联动下拉框的excel表格

    参考:https://www.cnblogs.com/cjbbk/p/7527276.html 解决POI3.17 与其它版本的不同的坑:https://blog.csdn.net/Weirdo_zh ...

  4. 基于OpenGL编写一个简易的2D渲染框架-07 鼠标事件和键盘事件

    这次为程序添加鼠标事件和键盘事件 当检测到鼠标事件和键盘事件的信息时,捕获其信息并将信息传送到需要信息的对象处理.为此,需要一个可以分派信息的对象,这个对象能够正确的把信息交到正确的对象. 实现思路: ...

  5. VC 判断网络连接函数

    IsNetworkAlive Bool IsNetworkAlive( _Out_  LPDWORD lpdwFlags ); Header Sensapi.h Library Sensapi.lib ...

  6. kafka offset 设置

    from kafka import KafkaConsumer from kafka import TopicPartition from kafka.structs import OffsetAnd ...

  7. Linux系统之更改默认块大小

    查看操作系统块大小:#tune2fs  -l /dev/sda1 |grep 'Block size'               ( tune2fs  -l  /dev/sda1可以查看更多相关文件 ...

  8. 【转】Java自学之路——by马士兵

    作者:马士兵老师 JAVA自学之路 一:学会选择 为了就业,不少同学参加各种各样的培训. 决心做软件的,大多数人选的是java,或是.net,也有一些选择了手机.嵌入式.游戏.3G.测试等. 那么究竟 ...

  9. UNION会自动删除重复项，union与union all的差异

    UNION会自动删除重复项,刷选出部分字段的时候要注意了,如果刷选出来的两个字段的值完全相同就会剩下一个. UNION ALL 和 UNION 不同之处在于 UNION ALL 会将左右两个查询的结果 ...

  10. How to Pronounce OF

    How to Pronounce OF Tagged With: OF Reduction Study the OF reduction.  There are many reductions in ...