输入

input.txt

ATTCGATTATAAGCTCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC

ATTCGATTATAAGCACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT

ATTCGATTATAAGCATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC

ATTCGATTATAAGCACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA

ATTCGATTATAAGCACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA

编码

file = open("input.txt")

output = open("trimmed.txt","w")

for dna in file:

    trimmed_dna = dna[14:] #接头特定长度14

    trimmed_length = len(trimmed_dna) - 1

    output.write(trimmed_dna)

    print("processed sequence with length" + str(trimmed_length))

输出

trimmed.txt

TCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATC

ACTGATCGATCGATCGATCGATCGATGCTATCGTCGT

ATCGATCACGATCTATCGTACGTATGCATATCGATATCGATCGTAGTC

ACTATCGATGATCTAGCTACGATCGTAGCTGTA

ACTAGCTAGTCTCGATGCATGATCAGCTTAGCTGATGATGCTATGCA

【Python小试】去除核酸特定长度的接头序列的更多相关文章

  1. 【Python小试】计算目录下所有DNA序列的Kmer并过滤

    背景 Kmer是基因组组装算法中经常接触到的概念,简单来说,Kmer就是长度为k的核苷酸序列.一般长短为m的reads可以分成m-k+1个Kmer.Kmer的长度和阈值直接影响到组装的效果. Deno ...

  2. 【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列

    已知 genomic_dna.txt TCGATCGTACCGTCGACGATGCTACGATCGTCGATCGTAGTCGATCATCGATCGATCGACTGATCGATCGATCGATCGATC ...

  3. fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads

    高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的 ...

  4. 去除测序reads中的接头：adaptor

    之前用c写过一个程序,查找reads中是否包含了adaptor,如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads,这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多,为了提升组装效果,又不能很大地影响数据量, ...

  5. strncmp函数——比较特定长度的字符串

    strncmp函数用于比较特定长度的字符串. 头文件:string.h. 语法  int strncmp(const char *string1, const char *string2, size_ ...

  6. halcon算子之tuple_gen_const，用于生成特定长度的元组并且初始化其元素

    原文地址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_d38f8be50102wczk.html 函数原型: tuple_gen_const(: : Length, Const : ...

  7. Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录

    Application.StartupPath获取执行文件路径substring()取特定长度字符串取得根目录 2012-07-20 10:48 257人阅读 评论(0) 收藏 举报 path usi ...

  8. Python关于去除字符串中空格的方法

    Python关于去除字符串中空格的方法 在编写程序时我们经常会遇到需要将字符串中的空格去掉的情况,通常我们可以使用下面几种解决方法: 1.strip()方法:该方法只能把字符串头和尾的空格去掉,但是不 ...

  9. python 中去除空格的方法

    python 中去除空格的方法: def trim(s): l=[] for i in s: if i!=' ': l.append(i) return ''.join(l) 其中可以使用下面的 '' ...

随机推荐

  1. [技术博客]使用pylint实现django项目的代码风格检查

    使用pylint实现django项目的代码风格检查 前言 ​ 一个项目大多都是由一个团队来完成,如果没有统一的代码规范,那么每个人的代码的风格必定会有很大的差别.且不说会存在多个人同时开发同一模块的情 ...

  2. [no code][scrum meeting] Beta 5

    $( "#cnblogs_post_body" ).catalog() 例会时间:5月18日14:30,主持者:叶开辉 下次例会时间:5月19日11:30,主持者:黎正宇 一.工作 ...

  3. 通过Nacos动态刷新Spring Cloud Gateway的路由

    通过Nacos动态刷新Spring Cloud Gateway的路由 一.背景 二.解决方案 三.实现功能 四.实现步骤 1.网关服务的实现 1.pom文件 2.bootstrap.yml配置文件 3 ...

  4. 2021.8.16考试总结[NOIP模拟41]

    T1 你相信引力吗 肯定是单调栈维护.但存在重复值,还是个环,不好搞. 发现取区间时不会越过最大值,因此以最大值为断点将环断为序列.在栈里维护当前栈中有多少个与当前元素相等的元素,小分类讨论一下. 最 ...

  5. str数组

  6. Python基础——数据类型——字符串

    整数.浮点数.布尔值的用法大同小异,而Python字符串的一些用法不易记住,这里以廖雪峰教程为基础,进行一些思考和复习总结. 字符串是什么? 以单引号'或者双引号"括起来的任意文本,比如:& ...

  7. （转）linux下execl和system函数

    linux下,system函数和execl函数都是用于执行一条系统命令.今天仔细看了system函数的实现,想找出和execl函数的差别. 这里先进行一些背景知识补充: fork(创建一个新的进程): ...

  8. 牛客网 剑指Offer 索引

    二维数组中的查找 替换空格 从尾到头打印链表 重建二叉树 用两个栈实现队列 旋转数组的最小数字 斐波那契数列 跳台阶 变态跳台阶 矩形覆盖 二进制中1的个数 数值的整数次方 调整数组顺序使奇数位于偶数 ...

  9. gas-station leetcode C++

    There are N gas stations along a circular route, where the amount of gas at station i isgas[i]. You ...

  10. Gitee图床设置

    https://gitee.com/ 创建新仓库 点击右上角加号->新建仓库,填写基本信息后点击下面的创建即可 https://gitee.com/projects/new 创建新令牌 点击设置 ...