NextPolish对基因组进行polish

NextPolish由未来组开发对基因组序列进行polish的工具，对三代以及二代均可进行polish。

gituhp地址：https://github.com/Nextomics/NextPolish

基因组进行de novo组装后，得到contig，必须使用三代（尤其是没有consensus，比如minimap2+miniasm），二代进行纠错。NextPolish是一个非常不错的选择，同时支持三代，二代，hifi进行纠错。

1 安装

本次安装的最新版本为v1.3.1, 下载后

tar -vxzf NextPolish.tgz && cd NextPolish && make

2 配置文件

[General]
job_type = local  ## local, sge, pbs... (default: sge)
job_prefix = nextPolish # 输入名
task = best # 有【all, default, best,1,2,5,12,1212..】1,2 针对二代reads，5 针对长reads，默认为best即可
rewrite = no # 以后文件是否覆盖结构；默认 no
rerun = 3 # 未完成jobs进行再次运行；默认 3
parallel_jobs = 2 # 并行的任务；默认6
multithread_jobs = 3 # 每一个任务线程； 默认 5
genome = ./raw.genome.fasta # 基因组文件
genome_size = auto # 自动即可
workdir = ./01_rundir # 输入文件
polish_options = -p {multithread_jobs} # 进行polish的进行数量

[sgs_option] ## 短reads参数设置
sgs_fofn = ./sgs.fofn #  含有二代reads路径的文本，每行一个文件
sgs_options = -max_depth 100 -bwa # 默认用bwa进行比对，还可以选择minimap2

[lgs_option] # 长reads 参数设置（如果仅用二代，这个可以删除）
lgs_fofn = ./lgs.fofn # 含有长reads的文本文件
lgs_options = -min_read_len 5k -max_depth 100
lgs_minimap2_options = -x map-ont ## pacbio为map-pb, ont为map-ont

3 运行示例文件

nextPolish test_data/run.cfg

结果为/NextPolish/test_data/01_rundir/genome.nextpolish.fasta

序列小写字母表示低质量碱基，一般由于杂合导致

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参考

• https://github.com/Nextomics/NextPolish