RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数

FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM

TPM:

RSEM

TCGA数据库中的RNA-seq数据

RPKM FPKM TPM RSEM的更多相关文章

  1. TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?

    TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RN ...

  2. 对FPKM/RPKM以及TPM的理解

    对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...

  3. A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南

    A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读 ...

  4. FPKM\RPKM\TPM学习[转载]

    转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的rea ...

  5. 使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析

    仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的. ...

  6. Bulk RNA-Seq转录组学习

    与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-s ...

  7. 39、count_rpkm_fpkm_TPM

    参考:https://f1000research.com/articles/4-1521/v1 https://www.biostars.org/p/171766/ http://www.rna-se ...

  8. SUPPA 可变剪切分析

      SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时 ...

  9. 转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明

    在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说 ...

随机推荐

  1. Android ADB 实用总结

    一.背景 从系统架构上来说,Android是基于Linux系统基础上,做了进一步的定制与修改,并融入了自身的特有功能,且向应用层提供应用程序接口,供开发者使用.系统内核层面,主体依然是Linux内核. ...

  2. 自动化部署Ruby on Rails应用(docker + jenkins)

    docker安装参考链接docker官网jenkins中文官网 我的博客网站已经迁移到了https://johnnyting.github.io/,如果有兴趣的可以关注下.下面文章格式可能有点乱,可以 ...

  3. Java设计模式原型模式

    原型模式: – 通过new产生一个对象需要非常繁琐的数据准备或访问权限,则可以使用原型模式. – 就是java中的克隆技术,以某个对象为原型,复制出新的对象.显然,新的对象具备原型对象的特点 – 优势 ...

  4. 05 .NET CORE 2.2 使用OCELOT -- NLog

    加入NLog 按照官网的文档 https://github.com/NLog/NLog/wiki/Getting-started-with-ASP.NET-Core-2 一步一步操作下来,即可设置好. ...

  5. Servlet处理(jQuery)Ajax请求

    1. jQuery     jQuery是一个JavaScript函数库,极大的简化了JavaScript编程,很容易学习.jQuery是目前最流行的开源js框架,并且提供了大量的扩展. 2. Aja ...

  6. [转]Java游戏引擎

    JME(jMonkey Engine): JME是一个高性能的3D图形API,采用LWJGL作为底层支持.它的后续版本将支持JOGL.JME和Java 3D具有类似的场景结构,开发者必须以树状方式组织 ...

  7. 隐马尔科夫模型(Hidden Markov Models) 系列之二

    转自:http://blog.csdn.net/eaglex/article/details/6385204 隐含模式(Hidden Patterns) 当马尔科夫过程不够强大的时候,我们又该怎么办呢 ...

  8. FPM九:配置FPM Launchpad

    1.事物代码LPD_CUST,点击新建输入角色和实例保存. 2.新建文件夹: 3.新建应用程序 这样一个菜单的LAUNCHPAD就好了. 4.FPM_WB运行FPM工作台,新建OVP应用程序. 保存本 ...

  9. java全套学习资料

    1.背景 技术需要大家的共同努力,在这里我将平时学习过的觉得比较好的资料分享给大家; 当然,最好的学习就是输出,与大家分享,在分享的资料中有的是自己的总结,有的是分享来自互联网,如果有侵权请联系删除; ...

  10. 浅谈MongoDB基础及架构

    1.简述MongDB是一个强大.灵活而可扩展的数据存储系统,其将强大的可扩展特性与关系库最有用的特性进行了整合,像:次级索引,范围查询和排序等特性.而MongDB也内建了类似MapReduce汇聚和地 ...