生信实验室收集---Dana Pe'er Lab

Dana Pe'er Lab of Computational Systems Biology

Dana Pe'er是哥伦比亚大学生物科学系的副教授，被认为是计算系统生物学的主要研究人员之一。Dana Pe'er的研究重点是理解分子网络的组织，功能和进化，特别关注的是遗传变异如何改变调控网络，以及这些遗传变异如何导致癌症。

教育背景：
bachelor's degree --- 耶路撒冷希伯来大学(Hebrew University of Jerusalem) --- mathematics ---1995

master's degree --- 耶路撒冷希伯来大学(Hebrew University of Jerusalem) --- computer science --- 1999

PhD --- 耶路撒冷希伯来大学(Hebrew University of Jerusalem) --- computer science --- 2003

PhD 的主要工作是：应用机器学习和贝叶斯网络分析基因组数据，目的是自动推测基因之间的调控关系。

Postdoctoral fellows --- 哈佛医学院(Harvard Medical School)遗传学系George M. Church实验室，主要研究遗传变异如何改变个体之间的调控网络，以及这些遗传变异如何表现在表型多样性。

研究领域：Systems Biology, Cancer Genomics, Computational Biology, Molecular Networks

实验室简介：Dana Pe'er lab 致力于研究分子网络的组织、功能和演化。分子网络需要从环境中感知多个信号，强有力的方式处理一个适当的细胞反应，并协调数百个基因和蛋白质的调控来执行这个反应。这种显着的功能是通过不同的机制发生，包括转录调控、表观遗传变化、翻译、降解、翻译后信号和定位。高通量基因组和蛋白质组技术的出现为生物学提供了大量新的实验数据，定量地测量了在基因组范围内细胞分子的工作。

Dana Pe'er lab 开发了计算方法来整合不同的高通量数据，并揭示了细胞的整体系统水平视图，阐明了细胞对环境刺激作出决定或反应的原理。同时，该实验室也抛出一些问题，比如这种计算在细胞类型、个体和物种之间有什么不同? 调控网络如何适应一系列的刺激和进化过程? 在表型多样性和适应度变化中，调控网络的微小变化是如何传播和表现的? 功能失调性是如何导致癌症等疾病的？

探索的问题有：

How do multi-cellular organisms develop from a single cell, resulting in the vast diversity of progenitor and terminal cell types?

How does a cell’s regulatory circuit control the dynamics of signal processing and how do these circuits rewire over the course of development?

How does an ensemble of cells function together to execute a multi-cellular response, such as an immune response to pathogen or cancer?

How do regulatory circuits go awry in disease?

What is the consequence of intra-tumor heterogeneity?

Can we characterize the tumor immune eco-system to gain a better understanding of when or why immunotherapy works or does not work?

How does this calculation differ between cell-type, individual and species?

How does the network adapt its response to a series of stimuli and over the course of evolution?

How do small changes to the regulatory network propagate and manifest in phenotypic diversity and changes to fitness?

How does dysfunctional regulation lead to disease such as cancer?